機構設定行政機構（8個）：辦公室、計財股、政策法規宣傳股、畜牧獸醫綜合股、新農村建設股、科技教育股、農業產業規劃項目股、農業機械管理辦公室。 事業機構（20個）：局農業綜合執法大隊、丹寨縣市場信息與農產品質量安全監管站、丹寨縣茶產業中心（正科級）、丹寨縣農村能源環保辦公室、丹寨縣農業技術推廣站、丹寨縣土肥站、丹寨縣植保站、丹寨縣種子管理站、丹寨縣果蔬站、丹寨縣農村經濟經營管理站、中央農業廣播電視學校丹寨分校（副科級）、丹寨縣烤菸生產辦公室、丹寨縣動物衛生監督所（副科級）、丹寨縣動物疫病預防控制中心（副科級）、丹寨縣漁政水產站、丹寨縣草地畜牧業發展中心（副科級）、丹寨縣飼草飼料站、丹寨縣畜禽品種改良站、丹寨縣農業機械監督管理站、丹寨縣農業機械技術推廣站。 （縣扶貧開發辦公室根據檔案要求實行單列）