丸都城開始的名字是“尉那岩城”。西漢元始三年(公元3年),高句麗遷都到“國內城”,並築 “尉那岩城”為其衛城。東漢建安二年(197年),高句麗與公孫氏政權發生過一次大規模戰爭,高句麗敗,“國內城”被毀。建安三年(198年),高句麗第十代王山上王擴建尉那岩城,並將尉那岩城更名為丸都城。建安十四年(209年),山上王遷都於丸都。直到北魏始光四年(427年),高句驪長壽王時,為躲避北魏的威脅,以及鞏固在朝鮮半島上的勢力,高句驪都城再遷至平壤城(即今朝鮮平壤市東北六七公里處的大聖山城和安鶴宮城),再遷都平壤,國內城和丸都城都一直是高句麗的政治、經濟和文化中心。此後國內城作為“別都”, 列高句麗三京之一。 丸都山城於246年和367年先後兩次被毀,後又重建。
唐朝和新羅的聯軍滅高句麗後,國內城為唐朝安東都護府之哥勿州駐地。渤海國時期,為其西京所轄的桓州。遼代仍為桓州。清代光緒二十八年(1902年),輯安(今集安)建治後為其所轄。
丸都城的地理特點是北高南低,東、西、北三面城垣外臨陡峭的絕壁,內抱較為平緩的坡地,平面呈不規則的四邊形,形如簸萁狀。城周長為6395米,有城門6處,南側谷口處有一處瓮門,東北面城牆上各發現兩處門址,南牆西部有一處城門址,西城牆上至今未發現門址。城內有泉水兩處,一在城西北角,一在城東山腳下。在南城門匯於一處,經瓮門下涵洞注入通溝河。城內宮殿遺址在東側山坡下,南北長96.5米,東西寬80米。