保護區內海域流系較為複雜,一方面為長江、錢塘江逕流所控制,另一方面受南下的黃海水團和北上的台灣暖流的交匯影響,大陸逕流和長江口的“叢生流”給海區帶來了大量的營養物質。在海流、潮汐、風浪、徑流等自然條件的綜合作用下,形成了潮間帶塗質柔軟,灘涂平坦,水體交換快,水質肥沃,餌料豐富的特點。保護區純屬島礁區,為藻類生長提供附著基。潮汐屬正規半日潮,平均潮差為2.62m,最大潮差為4.42m。海水透明度大,潮間帶適於多種藻類的繁殖、生長。
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