主要職責
組織編制國家級自然保護區建設規劃，並提出新建和調整的各類國家級自然保護區審批建議。指導、協調、監督各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園環境保護工作。組織開展全國生態狀況評估。監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治和珍稀瀕危物種進出口管理工作。牽頭負責生物多樣性保護、生物物種資源（含生物遺傳資源）和生物安全管理工作。負責有關國際環境公約的國內履約工作。組織協調農村環境保護工作，組織指導農村環境綜合整治工作，指導生態示範建設與生態農業建設。監督管理農村土壤污染防治工作。承擔國家生物安全管理辦公室工作。內設機構
根據上述職責，設5個內設機構。1、綜合處
承擔司內文電、會務、機要、保密、安全、印章、檔案、財務預算、固定資產管理、政務信息與公開、工作計畫與總結等綜合性事務和綜合協調工作；擬訂生態保護規劃、法規、規章，並監督執行；擬訂生態補償政策，並組織實施；指導生態示範建設。
2、農村環境保護處（農村土壤污染防治處）（簡稱農村處）
擬訂農村生態環境保護和農村土壤（包括耕地、山地、林地、濕地、礦區等）污染防治政策、規劃、法規、標準、規範及土壤環境功能區劃，並監督實施；組織指導農村環境綜合整治工作；監督、指導農村土壤污染防治工作；監督、協調有機食品發展工作；指導全國生態農業建設。
3、生態功能保護處（簡稱生態功能處）
擬訂生態功能區劃、生態功能保護區和生態脆弱區建設與管理的政策、規劃、法規、標準，並監督執行；開展全國生態狀況評估；協調和監督濕地環境保護、荒漠化防治工作；監督自然資源開發利用活動中生態環境保護工作；參與監督指導旅遊生態環境保護工作。
4、自然保護區管理處（簡稱保護區處）
擬訂自然保護區建設和管理的政策、規劃、法規、標準，並監督執行；組織新建和調整各類國家級自然保護區的評審工作；指導、協調、監督檢查各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作；組織推動國家公園建設。
5、生物多樣性保護處（生物安全管理處）（簡稱生物處）
擬訂生物多樣性保護、生物物種資源和生物安全管理的政策、規劃、法規、標準，並監督執行；承擔全國轉基因生物、外來入侵物種、微生物環境安全、生物環保新技術管理；承擔有關國際環境公約的國內履約工作；承擔國家生物安全管理辦公室日常工作。
