主要職責
負責合作檔案談判和實施中的對外聯繫。組織參加有關環境保護的國際會議和其他活動。組織政府間環境合作計畫、合作協定、備忘錄等檔案的談判。組織實施外國政府、國際組織等對華和我國對外環境合作援助項目。負責部系統內人員因公出國（境）的審批。負責國（境）外來華參加環境合作與交流人員的審核。負責聯繫聯合國和其他國際組織以及外國政府、國際組織駐華機構涉及環境合作的事務。管理環境保護國際非政府組織的合作與交流。指導我駐外環境機構的工作。負責在國內召開的環境保護國際會議的審批。負責處理涉外的環境保護事務。處理涉及港、澳、台的環境保護事務。承擔核與輻射安全國際合作事務和負責聯繫國際原子能機構等國際核能組織。內設機構
根據上述職責，設6個內設機構。1、綜合處
承擔司內文電、會務、機要、保密、安全、印章、檔案、財務預算、固定資產管理、政務信息與公開、工作計畫與總結等綜合性事務和綜合協調工作；承擔部外事管理工作；處理世界貿易組織環境與貿易等事務；處理涉及港、澳、台的環境保護事務。
2、國際組織和公約處（簡稱國際處）
承擔與聯合國環境署及聯合國系統其他國際組織的聯繫與合作；承擔部牽頭的國際環境公約的對外談判；組織參與其他國際公約、國際會議中涉及環境問題的談判；指導我常駐聯合國環境署代表處工作；承擔與環境保護國際非政府組織的合作與交流管理工作。
3、亞洲處
組織與亞洲地區國家和地區組織的環境合作與交流；承擔本地區內雙邊、多邊環境保護機制下的合作；擬訂與本地區國家和地區機構的環境合作計畫；承擔相關環境合作協定、備忘錄的談判和簽署；承擔與本地區內非聯合國系統國際組織的聯繫與環境合作。
4、歐洲處
組織與歐洲、中亞地區國家和地區組織的環境合作與交流；承擔本地區內雙邊、多邊環境保護機制下的合作；擬訂與本地區國家和地區機構的環境合作計畫；承擔相關環境合作協定、備忘錄的談判和簽署；承擔與本地區內非聯合國系統國際組織的聯繫與環境合作。
5、美洲大洋洲處（西亞非洲處）（簡稱美大處）
組織與美洲、大洋洲、西亞、非洲地區國家和地區組織的環境合作與交流；承擔本地區內雙邊、多邊環境保護機制下的合作；擬訂與本地區國家和地區機構的環境合作計畫；承擔相關環境合作協定、備忘錄的談判和簽署；承擔與本地區內非聯合國系統國際組織的聯繫與環境合作。
6、核安全國際合作處（簡稱核國際處）
承擔核與輻射安全領域的國際合作與交流；承擔與國際原子能機構等國際核能組織的聯繫與合作；承擔國際核與輻射安全公約的對外談判；組織與相關國家和地區的雙邊、多邊核與輻射安全合作與交流；承擔相關核與輻射安全合作協定、備忘錄的談判和簽署。
