主要職責
(二)歸口水利工程移民行業管理工作，指導水利工程移民統計、業務培訓和信息管理工作。
(三)承擔中央審批(核准)的大中型水利工程移民安置規劃大綱審批和移民安置規劃審核工作，組織實施水利工程移民安置驗收、移民安置監督評估等制度。
(四)承辦對各省(自治區、直轄市)水庫移民後期扶持政策執行情況的指導、督促、檢查工作，承擔全國水庫移民後期扶持政策部際聯席會議辦公室的日常工作。
(五)指導大中型水庫移民後期扶持規劃、大中型水庫庫區和移民安置區基礎設施建設和經濟發展規劃的編制，承辦新建大中型水庫移民後期扶持人口的核定工作，組織全國水庫移民後期扶持政策實施的監測評估工作。
(六)組織對大中型水利工程移民安置和水庫移民後期扶持相關規劃實施的稽察和內部審計。
(七)組織編制水利扶貧政策研究和水利扶貧規劃，組織開展定點扶貧和對口支援工作，承擔水利部扶貧領導小組的日常工作。
(八)承辦水利部交辦的其他事項。
內設機構
辦公室（人事處）
核定人員編制6人，其中主任1名，副主任2名。
主要職責：協助局領導對各處室工作進行綜合協調，組織機關日常工作；負責局機關公文處理、政務信息、政務公開、檔案、保密、機要、督辦等工作；負責人事、退休人員管理、幹部培訓、勞資、外事、黨辦、紀檢監察等工作；負責機關物業、資產、車輛、住房、安全及後勤服務等管理工作；歸口負責宣傳、網路、信訪、維穩等管理工作；負責本局召開的全國綜合性會議、局務會議和局長辦公會議的組織工作；組織起草局綜合性重要文稿，負責機關內部管理和規章制度建設；組織辦理全國人大建議和全國政協提案；承辦局領導交辦的其他事項。
政策法規處
核定人員編制6人，其中處長1名，副處長2名。
主要職責：組織開展水庫移民政策、法律法規前期調研及起草工作；組織開展水利工程移民規章制度和標準的制定工作；監督、指導水利工程移民政策法律法規的實施；組織移民課題研究；總結、交流、推廣移民工作經驗；負責組織、指導水庫移民管理信息化建設；負責移民安置監督評估資質、資格管理工作；負責《水工程移民》雜誌的管理工作；歸口管理並組織實施業務培訓工作；承辦局領導交辦的其他事項。
移民安置處
核定人員編制4人，其中處長1名，副處長1名。
主要職責：指導全國水利工程移民安置管理工作。承擔中央審批（核准）的大中型水利工程移民安置規劃大綱審批和移民安置規劃審核工作；監督、檢查、指導重點水利工程移民安置實施工作；組織開展重點水利工程移民安置驗收工作；承辦局領導交辦的其他事項。
後期扶持處
核定人員編制5人，其中處長1名，副處長1名。
主要職責：組織對各省、自治區、直轄市水庫移民後期扶持政策執行情況的指導、督促、檢查工作；指導各省、自治區、直轄市開展大中型水庫移民後期扶持規劃、大中型水庫庫區和移民安置區基礎設施建設和經濟發展規劃的編制及實施工作；承擔新建大中型水庫移民後期扶持人口的核定工作；組織開展對全國水庫移民後期扶持政策實施的監測評估工作；承辦局領導交辦的其他事項。
稽察處
核定人員編制5人，其中處長1名，副處長1名。
主要職責：負責水庫移民稽察工作管理。組織開展對大中型水利工程移民安置規劃實施情況稽察；組織開展對大中型水庫移民後期扶持相關規劃實施情況稽察；組織開展對水利工程征地補償和移民安置、水庫移民後期扶持工作的專項稽察和舉報調查；開展稽察人員的業務培訓；指導地方稽察工作；承辦局領導交辦的其他事項。
計畫財務處
核定人員編制5人，其中處長1名，副處長1名。
主要職責：負責移民局項目計畫管理和移民局中央水利部門預算編制工作；負責水庫移民統計工作；監督、指導大中型水利工程征地移民安置、水庫移民後期扶持相關資金的管理工作，並組織開展內部審計；負責局機關並指導直屬單位的財務管理工作；組織對直屬單位領導幹部進行經濟責任審計；承辦局領導交辦的其他事項。
水利扶貧工作處
核定人員編制4人，其中處長1名，副處長1名。
主要職責：承擔水利部扶貧領導小組辦公室的日常工作；組織指導水利扶貧工作，組織編制水利扶貧規劃；督促落實行業扶貧、試點扶貧、定點扶貧和對口支援工作；組織開展水利扶貧宣傳工作；承辦局領導交辦的其他事項。
人員編制
核定局事業編制39名。其中，局級領導職數4名，處級領導職數l6名。
