1986年5月,中山市博物館在進行野外調查時發現遺址偏南處有夾砂陶片暴露,其散布範圍約三萬平方米。所採集的文化遺物非常豐富,有陶器、石器和青銅器。陶器的陶質為夾砂陶,陶色有灰褐色、灰黑色及橙黃色。紋飾以繩紋為主,曲尺紋為次,印紋清晰,燒制火候不高,質地疏鬆。以輪制製作並輔以手制。陶器器形多樣,有敞口、侈口圜底罐,帶流圜底壺,口沿卷邊器座等,出土遺物較為完整。此外還發現有單面鑄銅器陶范。石器類用細砂岩石和卵石製成。有礪石、石錛、有段石錛、網墜、穿孔砑璋和鑄銅石范。石范出土時僅剩單面,為銅斧狀,范長12.7厘米,寬8厘米。青銅器類有殘銅劍一件,長10.6厘米。
根據出土文化遺物分析,該處屬於新石器晚期至相當於商周至春秋戰國時期的沙丘遺址。
1988年8月,中山市博物館與廣東省博物館進行考古時發現遺址偏北處有彩陶片,並試掘了兩個探溝。1990年12月至1991年1月,廣東省文物考古研究所、中山市文管辦、市博物館組成考古隊對該處進行正式發掘,已掘面積約310平方米。堆積層分三層:第一層為表土層;第二層為擾土層,出土有明清時期的布紋瓦、青花瓷片及一枚北宋"景?元寶"銅錢;第三層為文化層,灰褐色沙土,距地表深65-130厘米。上部深65-86厘米,含有彩陶、夾砂陶,但遺物較少,間有紅燒土碎塊和炭屑;下部深90-130厘米,細沙顏色較灰白,尤以深100-110厘米中含遺物較多。出土遺物陶器類有夾砂陶釜、陶器座、陶支腳和白陶片;彩陶有鏤孔圈足盤、碗,為手制輪修,陶色磚紅,彩紋為卷狀水波紋、圓點、條帶紋,圈足刻划水波紋、折線紋和弦紋。石器類有敲砸器、石錛、石錘、石球、礪石、石餅、石拍等。該處屬於新石器中期沙丘遺址,距今約5500-5000年。1990年3月,龍穴彩陶遺址被中山市人民政府公布為第二批文物保護單位。