第一次：蘇聯模式的調整
1950年代初期，由於政治氣候和實現工業化的壓力，也由於蘇聯教育模式（一種國家集中計畫、中央政府各部委和省級政府分別投資和管理的體制）與中國傳統教育價值的某種相容性和一致性，新政權通過改造舊教育，重建教育體系，否定歐美式教育制度而移植蘇聯模式，院系調整即其產物。調整方針是撤去綜合性大學中設立的專門學院，建立獨立的專門學院，以適應當時國家經濟建設急需專業人才的現實需要，這使原來的綜合性大學被拆分，若干重要組成部分或者與其他院校的系科合併成立新的學校，或者調整出省（市）與外省（市）部分學校的系科合併成立新的學校。例如四大工學院——華中工學院（現華中科技大學）、南京工學院（現東南大學）、華南工學院（現華南理工大學）、大連工學院（現大連理工大學），例如現在北京學院路上的八大學院——北京科技大學（原北京鋼鐵學院）、中國地質大學（原北京地質學院）、原北京醫科大學、北京航空航天大學、中國礦業大學、中國石油大學、中國農業大學、北京林業大學等。又如，上海同濟大學醫學院內遷武漢，合併創建不久的武漢大學醫學院，重新命名為“中南同濟醫學院”。又如，整合山東大學、復旦大學和廈門大學海洋學科而組建的山東海洋學院（現已發展成中國海洋大學）。
此次院系調整，中國的高等院校數量大幅增加。本次院系調整造成了諸多問題。原綜合大學成了文理學校，與新建的學校，在本質上與原來高校的傳承在實質上並無差異，然而繼承了原來校名的文理學校常以原來院校正宗繼承人自居，造成了校友歸屬混亂不清等問題。南京工學院更名為東南大學，與南京大學爭奪校史校友便為其中一個經典案例。而後來所謂的綜合性大學，實質為文理學校，新建大學，多數也屬於專業性較強的文科或者理工科苑小，全國大學多數學科單一，發展不均衡。
第二次：歐美模式的調整
1992年起，由於觀念上的轉變，以及蘇聯解體等影響，中國逐漸開始了高等教育管理體制改革和布局結構調整，即由原先的蘇聯模式向歐美模式（主要是美國模式）轉變。高校合併實際是一種教育資源的重組，是聯合辦學、最佳化資源配置的最高形式，是體制改革中體制變動最深、涉及各方利益最深的一種形式。於是這類專業院校又開始與綜合性院校合併成新的綜合性大學。如北京醫科大學併入北京大學，上海第二醫科大學併入上海交通大學，上海醫科大學併入復旦大學，杭州四所校區分散的高校合併組建新浙江大學，華中理工大學與同濟醫科大學合併，更名華中科技大學等。
