位於南京總統府舊址。二十世紀八十年代，國內一些專家提出在總統府的基礎上設立博物館，並進行反覆論證，認為總統府象徵著中國兩千多年封建統治的終結，而且曾經是清代兩江總督署和太平天國的政權所在地，總統府在各個時期的建築交錯疊加但又不顯凌亂，反映了這三個不同歷史時期的風貌，既有歷史厚重感又有獨特的建築風格，百分之九十的建築仍在；而與總統府有關的文物則在多年的戰火和社會變遷中流失，館藏無幾，因此博物館最後被定位為遺址博物館，主要展示兩江總督署、太平天國天宮遺址和國民政府舊址。
一九一二年元月一日，孫中山在此處宣誓就任中華民國臨時大總統，並組建了中國歷史上第一個共和制的國家政權——中華民國臨時政府，同年四月，在這裡成立了南京留守府。一九一三年二次革命中，這裡成為討袁軍總司令部。一九一三年至一九二七年，這裡先後成為江蘇都督府、江蘇督軍署、江蘇將軍府、江蘇督辦公署、副總統府、宣撫使署、五省聯軍總司令部、直魯聯軍聯合辦事處等機構。程德全、張勛、李純、齊燮元、盧永祥、馮國璋、孫傳芳、楊宇霆、張宗昌等人曾在此任軍政主官。
一九二七年九月，南京國民政府移駐此處辦公。一九二八年十月，國民政府辟國府東院（東花園）為行政院辦公處，國府西院（西花園）為國民政府參謀本部和主計處。一九三七年十二月，南京淪陷。國民政府先後成為日軍第十六師團部和偽維新政府行政院，以及汪偽政府的立法院、監察院和考試院；國府東院成為偽交通部、鐵道部等機構；國府西院成為偽軍事參議院。一九四六年五月，國民政府還都南京，這裡仍為國民政府所在地。 一九四八年五月二十日，國民政府改稱總統府，延謂至一九四九年四月二十四日。建國五十年間，總統府一直作為機關的辦公場所。
一九九八年，中國近代史遺址博物館進入規劃階段。二零零一年正式開始施工，至二零零三年初具規模。博物館東起東箭道，西至太平北路，南起長江路，北至長江后街，占地面積約十萬平方米。有國民政府和總統府舊址、孫中山臨時大總統辦公舊址、近代史通史館、臨時展覽館、煦園、旅遊接待服務區、科研行政辦公區七大功能區，建築面積五萬平方米。中部以原國民政府和總統府原址為主線，東部以清代兩江總督署、太平天國天朝宮殿和原國民政府行政院為主線，西部則以孫中山臨時大總統辦公室為主線。遺址博物館的建築匯集了清末、太平天國、民國時期的不同風格，建築搭配和諧，獨具韻味。
一九九九年以來，博物館徵集、收購散落在民間的國民政府印章、照片和重要檔案等珍品，還曾通過一些專家學者和國家有關機構向海外的國民黨人士及其後裔徵集大量文物史料進行復原陳列，主要包括晚清與民國史料陳列、洪秀全歷史文物陳列、原國民政府五院文物史料陳列、總統府文物史料陳列和孫中山先生生平事跡展等，展示了中國近代史的演變過程。
