歷史沿革
2014年4月25日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所在深圳大鵬新區掛牌成立； 同年，獲批成為深圳市二類事業法人單位。
2015年，正式獲得中編辦批覆，是中國國內專門從事農業基因組學研究的國家級研究所。
園區風貌2016年8月，取得中央事業單位法人證書，；10月，獲得財政部批覆的中央預算戶頭，並開設中央國庫支付賬戶。同時，成立了中央所黨委、完成了研究所機構設定，並與深圳市溝通完成了幹部協管、屬地管理等事項。
科研條件
人員編制
截至2017年4月，研究所在職職工100餘人，其中科技人員90人，高級專業技術職務人員22人。基因組所到位人員85人，包括國家傑出青年基金獲得者3人、973計畫首席科學家3人、國家萬人計畫入選者4人，廣東省“珠江學者”1人、深圳市國家級領軍人才8人和海外高層次B類人才4人、農科院院青年英才15人，還打造了全基因組學貫穿團隊，組建了院創新團隊10個、深圳孔雀團隊1個，國家“千人計畫”入選者1人。
據2018年8月基因組所官網顯示，基因組所已引進基因組研究人才200餘人，包括國家傑青、973首席、千人計畫以及萬人計畫等國家和省部級人才40餘人。
| 姓名 | 入選時間 | 備註 |
| 張玉波 | 2016年 | 動物細胞工程實驗室和分子生物學實驗室 |
| 資料來源： | ||
| 姓名 | 獲獎時間 |
| 李奎 | 1999年 |
| 錢前 | 2004年 |
| 黃三文 | 2012年 |
| 資料來源： | |
| 學科集群 | 學科領域 | 研究方向 | 團隊首席 |
| 作物 | 生物信息學 | 農業生物組學基本算法 | 阮 珏 |
| 農業宏基因組學 | 樊 偉 | ||
| 農業生物轉錄組與翻譯組 | 李盛本 | ||
| 農作物表型組學 | 熊國勝 | ||
| 群體遺傳、進化、統計學 | 高 飛 | ||
| 作物分子生物學 | 綠色高產水稻品種的全基因組設計育種 | 錢 前 | |
| 抗逆水稻的全基因組設計育種 | 徐建龍 | ||
| 經濟作物的全基因組設計育種 | 黃三文 | ||
| 畜牧 | 動物分子生物學 | 農業動物全基因組設計育種方法體系與技術 | 唐中林 |
| 動物功能基因組學 | 張玉波 | ||
| 資料來源： | |||
科研部門
截至2017年5月，研究所建設了1個農業部重點實驗室，1個深圳市重點實驗室，建設了深圳中農京躍生物技術有限公司、 國家農業基因組科技創新聯盟。
農業部重點實驗室：農業基因數據分析重點實驗室
深圳市重點實驗室：農業基因組表型分析與利用重點實驗室
設備設施
•儀器設備
分子實驗平台截至2018年7月，Illumina的Miseq、Hiseq2500和Hiseq3000測試儀， 測序量每周可以達2.5T的數據，相當於830個人類基因組數據；分子生物學公共平台擁有螢光定量PCR儀、超速離心等大型儀器設備，具備了開展分子生物學實驗研究的基本條件。
截至2016年底，綜合實驗基地建成水稻育種試驗區、溫室、網室、冷藏室1萬餘平米，建設了30畝菊花資源圃。
| 資產名稱 | 型號規格 | 設備生產國家 | 啟用日期 |
| Illumina | Miseq | 美國 | 2014年6月 |
| Illumina | Hiseq2500 | 美國 | 2014年6月 |
| Illumina | Hiseq3000 | 美國 | 2014年6月 |
| 螢光定量PCR儀 | -------- | 瑞士巴塞爾 | -------- |
| 超速離心 | -------- | -------- | -------- |
合作交流
2016年2月23日，南京林業大學校長曹福亮院士到研究所開展銀杏基因組合作。
2016年9月6日，加拿大卡爾加里大學DaeKyun Ro教授來基因所學術交流。
2016年12月30日，中國農業大學楊淑華教授來基因所進行學術交流。
2017年1月17日，南京農業大學陳素梅教授來基因所開展學術交流。
2017年2月20日，特產所楊福合所長一行到基因組所開展學術交流。
2017年3月30日，哥本哈根大學姜平平副教授應邀到基因組所學術交流。
2017年5月3日，美國加州大學河濱分校徐士忠教授應邀到基因組所學術交流。
2017年6月13日，基因組所邀請優秀青年科學家開展學術交流。
2017年7月12日，美國華盛頓大學Sergey Ovchinnikov博士來研究所進行學術交流。
2017年7月20日，美國康奈爾大學Georg Jander博士訪問基因組所進行學術交流。
2017年7月24日，左建儒研究員和劉寶輝教授應邀來研究所進行學術交流。
科研成就
•綜述
據2018年8月基因組所官網顯示，基因組所在Science、Nature 、Cell等頂級學術期刊上發表SCI論文100餘篇，申請專利20餘項，審定國審品種2個、省審品種6個；共獲得各級科技經費超過2億元，國家和省市級項目160餘項，重大和重點項目20餘項，國家級項目30餘項。
2015年，該所職工以第一作者或通訊作者在SCI、EI、中文期刊累計發表文章共18篇。其中，院選頂尖SCI核心期刊3篇，院選核心SCI期刊12篇，中文期刊1篇，申請發明專利一項。
•代表性成果
科研成果入選“2014年度中國科學十大進展”熊國勝研究員和樊偉研究員為第一作者的成果入選科技部評選出的“2014年度中國科學十大進展”。
2014年7月和9月，錢前、熊國勝研究員在水稻品質調控方面的研究取得了突破，文章先後發表在Nature Genetics和Molecular Plant上；黃三文研究員在黃瓜卷鬚發育的機制、番茄生物鐘調控機制，為培育蔬菜新品種提供了指導；黎志康團隊完成了3000份國際水稻資源的重測序的工作，完成2000份水稻導入系的SNP基因型鑑定及表型鑑定和1500份水稻核心種質基因組的生物信息分析；徐建龍團隊培育的優質高產水稻新品種“廣兩優7203”已在試驗基地進行示範種植，同時在廣西、廣東、湖北等地已開展示範種植展示，向周邊省市進行推廣；阮珏研究員的三代測序組裝算法和樊偉研究員的變異檢測算法也取得突破。
人才培養
•教學建設
3M鵬博計畫旨在吸引海內外一流的優秀博士畢業生來所從事博士後研究；博士後在站三年間，提供100萬的工資和補貼、100萬科研經費和100萬創業股權投資基金（出站時需有創業基礎）。
文化傳統
精神文化
所訓：潛心科研、努力創新創業
形象標識
所徽所標外圍為中英文對照的所名與英文簡稱，標誌主體以和平鴿與麥穗的造型為結合體，採用扁平的“點線”進行設計，延伸出完整的“面”，象徵著世界之間多元合作和融合併進，表達了中國農業科學院深圳農業基因組研究所與國際科研事業的緊密合作、共同進步和可持續發展的願景。
機構領導
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 所長、黨委副書記 | 黃三文 |
| 黨委書記、副所長 | 駱建忠 |
| 副所長 | 饒敏傑 |
| 資料來源： | |
歷任領導
| 姓名 | 職務 | 任職時間 |
| 錢前 | 所長 | 2014.4-2017.5 |
| 資料來源： | ||
