1992年1月16日至17日，在定海召開農工黨舟山市第二次黨員大會，李隆華向大會作《中國農工民主黨舟山市第一屆委員會工作報告》。會議聽取和審議了該報告並選舉產生了農工黨舟山市第二屆委員會，委員7人，李隆華繼任主任委員，曾蘇漉任副主任委員，陳志義、王貴清、陳松菊、陳保羅、裘樟興為委員，陳志義兼任秘書長，王貴清為社會服務委員，陳松菊為宣傳委員，陳保羅為組織工作委員，裘樟興為三胞聯絡工作委員。市委委員中最大年齡70歲，最小年齡39歲，醫衛界4人，文教界1人，經濟科技界1人，從事專職黨務工作1人。時有黨員68人（男49人，女19人），醫藥衛生界42人，占黨員總數61.8%，文化教育界10人，占黨員總數14.7%，經濟科技界12人，占黨員總數17.6%，其他界別4人，占黨員總數5.9%。市委會下轄普陀區、嵊泗縣2個支部和直屬、定海區、定海城關綜合、舟山醫院和舟山衛校5個黨小組。二屆市委會期間，舟山醫院黨小組和定海區黨小組分別於92年7月和93年11月升格為支部，後又建立市中醫院支部。1992年2月27日，市委會二屆三次會議決定，任命賴承圭同志為市委會副秘書長。1995年3月全體黨員大會增選賴承圭、謝成官兩名同志為市委委員，市委會二屆二十三會議研究，賴承圭分工負責組織工作，謝成官分工負責三胞聯絡工作。同年12月21日市委會二屆二十四次（擴大）會議補選賴承圭同志為農工黨舟山市委員會副主任委員。
1996年11月22日，在定海召開中國農工民主黨舟山市第三次黨員大會。賴承圭作《中國農工民主黨舟山市第二屆委員會工作報告》，會議聽取和審議該報告並選舉產生第三屆委員會，委員9人，賴承圭任主任委員，曾蘇漉、陳松菊、周偉昌任副主任委員，陳志義、謝成官、詹亞園、袁惠生、鄧幼玲任委員，周偉昌兼任秘書長。李隆華同志為第三屆市委會名譽主委。時有黨員102人。其中具有中高級專業技術職稱的95人，占黨員總數93.1%；醫衛界人士72人,占黨員總數70.6%。1997年8月14日，市委會三屆七次會議決定，周偉昌同志因回普陀區中醫院工作不再兼任農工民主黨舟山市第三屆委員會秘書長職務。基層組織經過調整和更名，在第三屆市委會成立時有嵊泗縣支部、普陀區支部、舟山醫院支部、定海區支部、市中醫院支部、市直屬定海黨小組、舟山衛校黨小組、普陀市屬黨小組8個基層組織。2000年3月普陀區支部升格為總支部，下轄普陀區綜合支部和區人民醫院支部，後又相繼成立了普陀區中醫院支部（下屬於普陀區總支）和市骨傷醫院支部。嵊泗縣、舟山醫院和定海區支部委員會完成換屆工作。
2001年9月7日至8日在舟山召開農工黨舟山市第四次黨員大會。賴承圭作題為《團結奮進，開拓創新，在新形勢下爭取更大的成績》的工作報告，會議聽取和審議該報告並選舉產生了農工黨舟山市第四屆委員會，委員8人，賴承圭任主任委員，陳松菊、周漢任副主任委員，李虹、李翃斌、陳志義、詹亞園、虞亞菊為委員，周漢兼任秘書長。八位委員平均年齡45歲，均有大專以上學歷，其中高級職稱5人。李隆華同志為第四屆市委會名譽主委，曾蘇漉、周偉昌兩同志為第四屆市委會顧問。時有黨員130人（男85人，女45人），中高級職稱128人，占98.5%；大專學歷以上82人，占63%；平均年齡52.5歲。40歲以下黨員29名，占22.3%。界別分布：教育20人，科技3人，醫衛85人，文化1人，經濟13人，政府機關6人，黨派1人，團體1人。市委會下轄嵊泗縣支部、普陀區總支部、舟山醫院支部、定海區支部、市中醫院支部、市骨傷醫院支部、市直屬定海黨小組、舟山衛校黨小組8個基層組織，其中普陀區總支部下轄普陀區人民醫院、普陀區中醫院和普陀區綜合3個支部。同年11月23日，舟山醫院支委會換屆，12月13日嵊泗縣支委會換屆。2002年3月25日建立浙江海洋學院支部。2002年4月6日建立舟山市第三人民醫院（市婦保醫院）支部，6月29日成立定海區總支部，下轄綜合支部和市第三人民醫院（市婦保醫院）支部。同年2月19日在定海成立老黨員活動小組。10月10日建立參政議政工作委員會。
截止2003年底，共有黨員143人，其中女黨員49人，占34.92%。中高級職稱138人，占96.5%。大專學歷以上95人，占66%。平均年齡53歲，40歲以下黨員38人，占26.57%。界別分布：醫衛88人，科技4人，教育22人，文化1人，經濟16人，政府機關9人，民眾團體2人，其他1人。市委會下轄定海區總支部（下轄綜合支部、市第三人民醫院支部）、普陀區總支部（下轄普陀區人民醫院支部、普陀區中醫院支部、普陀區綜合支部）、浙江海洋學院支部、市直屬綜合支部、舟山市人民醫院支部、舟山市中醫院支部、舟山市骨傷醫院支部和嵊泗縣支部共8個基層組織。市委會機關有專職幹部1名。
截止2006年底，全市共有黨員157人。
現任主任委員：陳松菊，副主任委員：周漢、林鳴國，秘書長：周漢（兼）。
