評選標準
上榜各家醫院的得分由兩部分構成：“專科聲譽得分（聲譽排名）”以及“科研學術得分”。
“專科聲譽得分”是由專家綜合考慮每家醫院的學科建設、臨床技術與醫療質量、科研水平等關鍵因素後，對相關專科前10名醫院進行的提名和排序。《最佳醫院排行榜》則是根據每家醫院獲得的各專科聲譽排名，並結合該院的“醫院科研學術得分”，形成醫院的總體得分，最後產生全國100家最佳醫院。
據復旦大學醫院管理研究所所長高解春介紹，通過借鑑美國醫院排行榜的評選標準，探索出適合中國的醫院排名標準：來自28個專業的1359名專家，根據專科聲譽、科研水平為評估內容，忽視醫院規模、設備、專科差異，以學科建設、疑難雜症為主要引導方向。
2017年《中國醫院專科聲譽排行榜》和《中國醫院排行榜》評審專家來自中華醫學會和醫師學會，涉及37個臨床專科，向4173位專家發掛號信，收到有效回執2657份（每年有所變動）。
具體名單
中國最佳醫院排行榜前二十位
| 排名 | 名稱 | 專科聲譽 | 科研學術 | 總得分 |
| 1 | 北京協和醫院 | 80.00 | 12.05 | 92.05 |
| 2 | 四川大學華西醫院 | 70.38 | 20 | 90.38 |
| 3 | 中國人民解放軍總醫院 | 69.04 | 14.59 | 83.64 |
| 4 | 上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院 | 68.15 | 13.92 | 82.07 |
| 5 | 第四軍醫大學西京醫院 | 36.38 | 13.97 | 50.35 |
| 6 | 復旦大學附屬華山醫院 | 39.42 | 10.20 | 49.62 |
| 7 | 復旦大學附屬中山醫院 | 30.5 | 15.91 | 46.41 |
| 8 | 中山大學附屬第一醫院 | 29.31 | 14.50 | 43.81 |
| 9 | 北京大學第一醫院 | 31.83 | 11.25 | 43.08 |
| 10 | 華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院 | 31.33 | 10.70 | 42.04 |
| 11 | 北京大學人民醫院 | 29.44 | 11.83 | 41.27 |
| 12 | 北京大學第三醫院 | 19.12 | 9.02 | 28.14 |
| 13 | 浙江大學醫學院附屬第一醫院 | 13.59 | 13.76 | 27.35 |
| 14 | 第二軍醫大學長海醫院 | 15.36 | 11.94 | 27.30 |
| 15 | 中國醫科大學附屬第一醫院 | 14.48 | 12.70 | 27.17 |
| 16 | 華中科技大學同濟醫學院附屬協和醫院 | 15.50 | 10.59 | 26.09 |
| 17 | 中南大學湘雅二醫院 | 15.69 | 10.38 | 26.07 |
| 18 | 南方醫科大學南方醫院 | 14.75 | 11.29 | 26.04 |
| 19 | 上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院 | 13.47 | 10.70 | 24.17 |
| 20 | 江蘇省人民醫院 | 8.28 | 14.70 | 22.98 |
中國專科醫院各科室第一名
| 病種 | 名稱 | 專科聲譽 | 科研學術 | 總得分 |
| 腫瘤 | 中國醫學科學院腫瘤醫院 | 69.38 | 20 | 89.38 |
| 皮膚病 | 中國醫學科學院皮膚病醫院 | 69.04 | 14.59 | 83.64 |
| 骨科 | 北京積水潭醫院 | 39.42 | 10.20 | 49.62 |
| 口腔科 | 四川大學華西口腔醫院 | 30.5 | 15.91 | 46.41 |
| 精神科 | 北京安定醫院 | 29.31 | 14.50 | 43.81 |
| 小兒內科 | 復旦大學附屬兒科醫院 | 31.83 | 11.25 | 43.08 |
| 心血管病 | 中國醫學科學院阜外心血管病醫院 | 31.33 | 10.70 | 42.04 |
復旦版“中國醫院排行榜”公布，北京協和醫院名列榜首
中國最佳醫院排行榜2017年11月11日下午，復旦大學醫院管理研究所正式發布了《2016年度中國醫院排行榜》和《2016年度中國醫院專科聲譽排行榜》。在入榜的100家醫院中，有37個是專科醫院，北京協和醫院、四川大學華西醫院、中國人民解放軍總醫院繼續名列前三甲。
在本次的綜合榜單中，北京上海各有20家醫院上榜。
專家建議
有專家指出，榜單對全國範圍內的疑難雜症病人問診有較高指導意義，即當身處外地的病人求醫無效、需到頂尖專科醫生問診時，可參考榜單按圖索驥。但是對於常見病、多發病的病人，完全沒必要一味追求“榜上有名”的醫院專家。
