主系列
不同顏色的寶可夢在主系列中，不同顏色的寶可夢最早出現在第二世代，這個設定似乎是表明GBC上的神奇寶貝遊戲進入了彩色時代，並且也為神奇寶貝增加了一些珍惜度的要素。當野生不同顏色的寶可夢出現，或者從訓練家的寶貝球中放出的時候，神奇寶貝身上會出現一圈星星，並伴隨特殊音效（在心魂中，如果收服野生神奇寶貝失敗，從球中跳出的時候也會有星星的圖樣）。在第二世代中，音效在神奇寶貝的叫聲之前，從第三世代開始，音效就出現在叫聲之後了。
在神奇寶貝狀態屏上，也會對顏色是否不同進行標註。第二世代的時候是在性別標誌旁邊的三顆小行星，火葉中是一顆黃色的小星星，第四和第五世代是在圖片旁邊放一顆紅色的大星星。在紅藍寶石和綠寶石中，不同顏色的寶可夢圖片的背景也會從灰色變為白色，角落裡還會加上一個紫色的小方塊，在火葉中，性別、綽號和等級的框框會從紫色變為薄荷色。另外在寶石版中，圖鑑上遇到過的不同顏色的寶可夢的名字還會變成金色，在第四、五世代則變成紅色。
第二世代
在第二世代中，顏色是否不同由個體值決定。如果一隻神奇寶貝的速度、防禦和特殊個體值為10，攻擊個體為2、3、6、7、10、11、14或者15，那么這隻神奇寶貝就是顏色不同的。這條判定對第一世代傳送過來的神奇寶貝也有效，如果某隻不同顏色的寶可夢被傳送回第一世代，再被傳送到第二世代，其仍然會是顏色不同的。因為HP個體是由其他四項個體決定的，所以不同顏色的寶可夢的HP個體值只可能是0或者8。
動畫中的紅色暴鯉龍據此，在第二世代中遇到野生不同顏色的寶可夢的機率是⁄。培育的時候根據親方的個體值不同，獲得不同顏色的寶可夢的機率會有所變化，根據神奇寶貝不同，親方有一隻是不同顏色的寶可夢的前提下，最高有⁄的機率獲得不同顏色的寶可夢的蛋。
顏色不同是固定的狀態，不會隨著進化與否發生改變，但是在之後的世代中，發生了變化。
在第二世代中，格外需要注意的是在憤怒之湖的紅色暴鯉龍，這作為遊戲宣傳的賣點，是遊戲過程中必須要經歷的。在捕獲或打倒它後，可以獲得一個紅色的鱗片。鱗片可以拿給神奇寶貝爺爺，換得學習裝置。
因為在第二世代中，顏色不同與否是根據個體值決定的，因此：
•性別比7:1的母神奇寶貝不可能為不同顏色的寶可夢。
•只有I和V的未知圖騰有可能顏色不同。
•不同顏色的寶可夢的催醒只可能是草系或龍系，傷害只能是50或70。
而夢幻在第一世代配信已有固定個體值，即使傳送至第二世代也不符合上述條件，故也不會存在顏色不同的夢幻。
