劇情
在這個故事開頭，玩家昏迷在海灘上。由於進行時間旅行時的意外，使他/她成為了一隻寶可夢。同時，玩家的搭檔嘗試鼓起勇氣加入胖可丁公會，卻退縮了。灰心的搭檔沿著海灘散步，遇到了玩家，並告知玩家他/她變成了寶可夢。後來搭檔持有的寶藏被超音蝠和瓦斯彈偷了，於是玩家和搭檔把它搶回來。之後，搭檔邀請玩家和它一起加入工會作為新成員。在後來的劇情，玩家發現自己有稱作時空的呼喚的能力（觸及某種物體後可以看到過去和未來） 。
世界觀
![不可思議迷宮-時之探險隊[精靈寶可夢系列遊戲]](/img/3/34a/nBnauM3X0UjNxgTM0ATN3UDM2UTM1QDN5MjM5ADMwAjMwUzLwUzL1QzLt92YucmbvRWdo5Cd0FmL0E2LvoDc0RHa.jpg)
不可思議迷宮-時之探險隊[精靈寶可夢系列遊戲]不可思議的迷宮中的寶可夢世界（日文︰ ポケモン不思議のダンジョン世界，英文︰ Pokémon world (Mystery Dungeon)）是神奇寶貝不可思議迷宮系列的舞台。這個世界中沒有人類，由精靈寶可夢組建城鎮和創造文化。
主要人物
胖可丁公會
胖可丁
胖可丁公會的會長，非常喜愛完美蘋果。
角色經歷：在胖可丁還是寶寶丁的時候就很喜歡進行探險。就像進化後的他成為胖可丁後一樣，他非常天真並且無憂無慮。有一天，與胖可丁小時候生活的大草原上的兩位惡霸（紫天蠍和詛咒娃娃）挑戰他和他的朋友，一起探索暗黑森林。寶寶丁毫不畏懼這兩個惡霸，並將他們稱做朋友。他接受了這次挑戰，
胖可丁實際上寶寶丁認為這是一場探險。他和惡霸們探索暗黑森林，來到了大草原上所流傳的謠言所述的住著怪物的洞穴。紫天蠍和詛咒娃娃雖然有些害怕，但還是挑釁了所謂洞穴裡面的“怪物”。然而“怪物”卻真的出現了——當“怪物”走近時，紫天蠍和詛咒娃娃都逃跑了，只有寶寶丁沒有沒有逃跑。寶寶丁甚至還試圖與“怪物”相識，與它做朋友，才發現怪物竟然是一隻太古盔甲。儘管胖可丁還是寶寶丁的時候年紀十分幼小，但還是甚至被太古盔甲認為是探險神童。太
古盔甲起初很懷疑寶寶丁和對他天真且魯莽的動作有些惱火。當他說自己是一名探險家後，充分引起了寶寶丁的興趣。太古盔甲隨後給寶寶丁看了一張他無法解讀的藏寶圖，寶寶丁拿到地圖後把它燒著，讓太古盔甲嚇了一跳。然而，寶寶丁透露說，他這樣做是因為他注意到有東西在地圖上，而燃燒它似乎可以將表面的覆蓋的厚厚的一層灰燃燒，才能夠閱讀。在該地圖上顯示出，有寶藏位於東部洞窟。寶寶丁很興奮，希望和太古盔甲一起尋找寶藏。太古盔甲原本反對，不想離開自己的所定居的洞窟，但最終還是勉強陪伴寶寶丁的意願了。 第二天，寶寶丁再一次訪問了在黑暗森林裡的太古盔甲，一起前往東部洞窟。當他們穿越東部洞窟到達山洞迷宮的盡頭，他們遇到一個寶箱，成功的破解了太古盔甲的寶藏圖中的玄秘而成功地進行了一次探險，寶寶丁為此感到非常興奮和激動，以及開心。 在那之後，寶寶丁和太古盔甲經常前往各處去探險，並且發現了許多不可思議的迷宮中的寶藏。但是在這途中，兩人被探險家尼多王發現，大草原上的夥伴們以及寶寶丁的父母也意識到了寶寶丁經
常行蹤不明。一天，尼多王來到了寶寶丁居住的大草原，據紫天蠍和詛咒娃娃告訴了他們，寶寶丁天天都前往去暗黑森林。而經過兩位惡霸的描述，尼多王進一步確認在寶寶丁身邊的那位所謂“怪物”就是太古盔甲，他是一名通緝犯。 最終，在太古盔甲和寶寶丁前往財寶岩地探險，當他們到達迷宮深處是，有四把火炬所布製成的機關。太古盔甲主動對四個火把使用水槍，然而這卻觸發了陷阱讓寶寶丁和太古盔甲陷入了地底的怪獸屋。在一陣艱難的對戰後兩人找到了前往最終寶藏所在地的出口。不過同時，尼多王的大草原的各位也來到了此處，並且將太古盔甲逮捕。劇尼多王所述，太古盔甲是一個B級的通緝犯。寶寶丁很是不情願地哭訴，為什麼要將他的老師帶走？太古盔甲也親口說出自己的確是一個通緝犯。在寶寶丁依依不捨，不肯與朝夕相處的老師離別之際哭了起來，差點就發揮出了寶寶丁自己特有的怪力，而太古盔甲阻止了他，勸說了寶寶丁不要因為一點小事而讓自己也傷害到了別人，不要犯太古盔甲已經犯過的錯誤。太古盔甲將寶寶丁和他在東部洞窟第一次找到的寶藏——防禦之球送給了寶寶丁以作最後的紀念。
聒噪鳥聒噪鳥他是胖可丁公會的總副情報負責人，同時也是胖可丁最好的朋友。
角色經歷：在胖可丁陷入昏昏欲睡的狀態時，整個公會是由聒噪鳥所掌管的。他會派遣很多的公會學徒任務或者是探險的任務前去不同的不可思議的迷宮完成任務。儘管他是出於好意，但是聒噪鳥這個角色的性格仍然刻畫地比較衝動。聒噪鳥也同時有點古怪，但是比起深藏不露的胖可丁會長，聒噪鳥其實是差一個很大的距離。聒噪鳥總是對公會滿懷信心，有著最棒的意圖，眾所皆知的是他的訓練十分嚴苛。例如直接讓公會探險失敗的學徒去睡覺而不經過公會統一的晚餐時間，並且沒有理由解釋探險失敗的原因。聒噪鳥還有點偏執，尤其是對於胖可丁會長生氣的時候，他則睡在公會往上離開的樓梯口而確保公會內不會有任何人出來。聒噪鳥實際上對公會的成員十分關心，但是口頭上他有時是否認的，聲稱自己的行為是為了公會的最佳利益。他實際上對任何人都很友好，飽含關愛之情。儘管他被夜黑魔人的謊言搞暈得團團轉，後來也表示打從一開始就堅信主角和搭檔所述的，夜黑魔人的陰謀以及他們如何逃脫未來世界的故事。聒噪鳥還和主角兩人一齊通過鹽水洞窟，到了中繼站時由於遺蹟碎片被毒髏探險隊奪去而前去追趕，說明了他對主角兩人所要完成的使命的重視。他同時還防禦了鐮刀盔和多刺菊石獸的猛襲免於主角兩人受到傷害，在數年前聒噪鳥也是用同樣的方式在這裡保護胖可丁的。回到公會後，大家都很關心他，為他療傷。
龍蝦小兵
龍蝦小兵是胖可丁公會的學徒。他是一個“樂天派”，平常無憂無慮。而在在公會中，他也起到一個開心果的作用。在公會的大遠征中，他也是第一個發現固拉多雕像神奇寶貝。他雖然不常在公會中被提名或者有什麼事情發生在他的身上，他的過去也沒有在遊戲中被揭示出來，但是龍蝦小兵起到了一個在劇情上有推動著劇情前進並且支持主角兩人的作用。他在公會畢業考試的時候也有出現。
向日花怪她是公會所有成員的夥伴之一。她也和大牙狸一樣擁有一本日記，並且用這一本日記來記錄在遊戲中的一系列事情。在第二輪遊戲時，她也會間接告訴主角有關封閉之海的事情。
向日花怪不良蛙是胖可丁公會的學徒。他的存在感十分低，很少有神奇寶貝注意到他的存在。而且他還有點疑神疑鬼，甚至還會做出一些奇怪的事情。他在胖可丁公會經營著不良蛙交換店，專門做一些交換專屬道具的工作。
不良蛙大牙狸心地善良、天真、純潔，是主角和搭檔十分信任的好友。
角色經歷：
大牙狸【主線劇情】：是公會的所有成員包括主角和搭檔的合作夥伴之一。在大遠征之時他和主角和搭檔被分為一組。他也和向日花怪一樣擁有一本日記，並且用這一本日記來記錄在遊戲中的一系列事情。
【大牙狸的心愿】：在胖可丁公會生活之前，大牙狸和她的母親大尾狸以及兩個同樣是大牙狸的兄弟高興而又幸福的生活著。他們在胖可丁公會的訓練生活前是那么的無憂無慮，在一條小河流的岸邊悠閒地居住著，似乎沒有一點煩惱。但是，他有一個完美的心愿——他立志要成為一個最強的冒險家。於是，他離開家中，前去胖可丁公會當一名學徒從而完成自己的夢想。臨別時，大牙狸十分的激動而又開心。之後，他來到了胖可丁公會。他是在主角和搭檔來臨之前最弱小並且沒有什麼經驗的新人學徒，總是會弄出一些小毛病，所以只能經常做一些基本的任務或者是跑腿的工作。一天，他在寶藏鎮的街道上看見被寶貝龍和天蠍追趕著的雪笠怪，顯得十分的無助。大牙狸善良的心使他解救了雪笠怪。雪笠怪表示，那兩隻壞神奇寶貝的目的是自己手上的一張能夠找到能完成所有神奇寶貝任何一個心愿的幻之寶可夢基拉祈的藏寶地圖，目標是一個名叫做星之洞窟的迷宮。忽然，雪笠怪提議出要不要讓大牙狸和自己一起前往星之洞窟探險，大牙狸想到自己那偉大的成為第一的夢想，而爽快的答應了。然而這只是一場苦肉計：在雪笠怪和大牙狸一齊冒險就快要到迷宮的盡頭之時，雪笠怪突然轉過身來，而寶貝龍和天蠍也出現在了大牙狸的眼前。雪笠怪說明他們三人不過是一夥的。他們在寶藏鎮上時時上演著你追我趕的可怕場面，就是為了要讓大牙狸這種天真的神奇寶貝上鉤，從而利用他們前去星之洞窟找到基拉祈實現他們的野心。當他們聽到了大牙狸的心愿的時候更是哭笑不得，嘲諷他連這一希望的第一步也不能達成。大牙狸和三隻壞神奇寶貝進行了苦戰，此時公會來臨，擊退了三神奇寶貝，胖可丁表示不準欺負胖可丁公會的任何一個成員。隨後，胖可丁又讓大牙狸獨自一人繼續前進，表示這是大牙狸一個人的心愿，需要讓他一個人去實現。最終，大牙狸找到了基拉祈。但本想要成為最強的探險家的大牙狸突然意識到用直接許願而換來的成果並不好，並且提出另一個心愿——他希望能夠在公會出現一個新的學徒，讓他能夠好好帶著他們（主角和搭檔）。基拉祈因大牙狸而感動，他明白大牙狸的用心，希望自己獨自完成這偉大的夢想。
【角色設定】：大牙狸是一個善良而又樂於助人的神奇寶貝。他有一個十分巨大的閃光點，就是忠誠，他信任著他的朋友們。在主角和搭檔提出森林蜥蜴其實並非壞人而是大家的夥伴之時他也是第一個站出來表示他相信主角和搭檔。他是公會的一個名副其實的“菜鳥新手”，缺乏經驗，是在胖可丁公會探索成員中地位最低的學徒。他的性格一直在劇情當中不斷反覆又反覆的給玩家們暗示出，並且這給了他許多的困境。他的另一個閃光點就是純潔的心靈。在公會主角和搭檔在畢業考試的時候，他也是無知的掀開了“天網”讓“大魔王”的身份敗露出來。大牙狸有“是啊是啊”的口頭禪。在向日花怪的“我的天哪！”日記中標註了大牙狸的“是啊是啊”，並且他的日記也有自己的口頭禪——“是啊是啊日記”。 他的主要的性格全都展示在了特殊劇情1 大牙狸的心愿當中，揭示了探險一直是大牙狸的一個永遠的偉大心愿。他的天真表現在雪笠怪這些惡習神奇寶貝就可以待在他的身邊，利用它許久。他的善良，在和基拉祈的言語中也進一步的證明。這讓基拉祈十分爽快的答應完成他的心愿。同時，他在準備要許願成為最偉大的探險者之時也將心愿變成“朋友，學徒”的，這可以解釋大牙狸初次看到了主角和搭檔的吃驚表情。在第一輪遊戲中的最後一篇章，他雖然對搭檔因為主角的消失痛哭流涕而感到沒有辦法阻止，但是內心其實他還是在同情並且急切的想要安慰搭檔。
吼爆彈
風鈴鈴風鈴鈴是胖可丁公會的學徒。她在公會中會為公會的各位成員準備食物，同 時也擔任召集探險隊隊員的隊伍編成工作，可以在她的隊伍編成處查看招募後的探險隊成員的信息、改變隊長（學徒不可）或者解僱探險隊成員。隊長也可以使用風鈴鈴鈴鐺來在十字路口或隨時召喚她。
吼爆彈在胖可丁公會的其中學徒成員之一。他是在公會中負責叫醒公會學徒起床去晨訓喊口號的神奇寶貝，但是一般都被認為是“擾人清夢”。他的大嗓門在整個遊戲中都有強烈的體現。他一般與地鼠做胖可丁公會的門衛工作。吼爆彈和向日花怪十分合不來，經常會吵架，但是雙方在每一次吵架過後都會後悔，然而又因為某些感情元素總是使得他們不能和好。儘管如此，他們兩個還是很好的搭檔。
地鼠父子是胖可丁公會的其中學徒成員之一。地鼠是公會中負責看守門口有什麼神奇寶貝進入的工作，通過神奇寶貝的腳印來辨識。而三地鼠則是負責更新通緝犯欄目的工作。地鼠和三地鼠兩人是父子關係。
三地鼠主要角色
森林蜥蜴目的是拯救未來世界的星之停止，阻止因為時限之塔的崩塌而黑暗化的黑暗帝牙盧卡，將5枚時之齒輪鑲嵌入時限之塔塔頂的槽從而拯救世界。所以森林蜥蜴在遊戲一開始在暴風雨中穿越雪拉比準備的時間長廊前往搭檔所在的過去世界。不過由於主角失去了記憶，所以在第一輪遊戲的主線劇情當中隨著自爆磁怪警隊和夜黑魔人的介紹，森林蜥蜴是一名偷盜時之齒輪的巨大通緝犯。但在之後的遊戲中，森林蜥蜴證明了他的清白，夜黑魔人也展露出了他與黑暗帝牙盧卡的陰謀，主角、搭檔與森林蜥蜴便攜手合作拯救世界。
森林蜥蜴【角色經歷】起初，森林蜥蜴被描述成一個通緝犯的形象，並且被形容成“妄想偷盜時之齒輪的可怕的盜賊”，使得神奇寶貝世界的時間流動陷入停滯狀態，並且想引來星之停止。森林蜥蜴起初從木崎森林毫不費力地偷走了第一顆時之齒輪。接著，在胖可丁公會計畫大遠征，前往神秘的霧之湖探索，主角和搭檔經過濃霧森林，穿過固拉多雕像的機關，通過熱水洞窟並且來到了迷宮深處與幻影的固拉多進行對戰。主角和搭檔費力打敗固拉多之後，由克希出現並且說明固拉多是它親手創造的幻影用於趕走霧之湖的侵略者，他作為守衛時之齒輪的湖中的傳說寶可夢之一，會將居心叵測的入侵者消除記憶。胖可丁公會的成員們目睹了霧之湖美麗的景色之後，向由克希保證不會泄露霧之湖的存在。經過眾人的友好溝通，由克希也相信了公會的成員們，沒有消除他們的記憶。 而森林蜥蜴正是在這之後來到了霧之湖，盜走了時之齒輪，還讓由克希誤解成胖可丁公會是森林蜥蜴的幫凶。緊接著，在胖可丁公會宣布要全面追捕森林蜥蜴並且阻止他偷走時之齒輪後，主角和搭檔的探險隊被派遣到北方沙漠。在北方沙漠迷宮深處的流沙漩渦底部有一個流沙洞窟，流沙底洞深處是地下湖，便是艾姆利多守護時之齒輪的地方。主角和搭檔被誤會成入侵者與艾姆利多對戰後，森林蜥蜴出現並且打倒了艾姆利多和主角搭檔三人偷走了時之齒輪，地下湖的時之齒輪也被盜走。
最後，在大水晶之道的迷宮深處，水晶湖，存在著最後一枚沒有被偷走的時之齒輪。在利用主角時空的呼喚的特殊能力預知到森林蜥蜴會前往水晶湖盜取，眾人前往水晶湖，主角和搭檔來到迷宮深處時卻為時已晚。森林蜥蜴和亞克諾姆進行著最後的拼搏，主角兩人趕來一同挑戰森林蜥蜴，卻不幸落敗被打傷倒地。不過亞克諾姆最後選擇用厚厚一層的水晶封住最後一枚時之齒輪的水晶湖，而夜黑魔人也出場和森林蜥蜴戰鬥且一同消失。經過在寶藏鎮廣場的一陣策劃後，夜黑魔人終於透露其實他是來自於未來世界的追捕森林蜥蜴的一個探險家，並且說明了星之停止的嚴重性。在策劃計謀之後，夜黑魔人終於抓獲了森林蜥蜴。但是在穿過時間隧道時，夜黑魔人突然抓住主角和搭檔兩人一同前往了未來世界。
在未來世界，主角和搭檔以及森林蜥蜴被關在地牢中，被夜黑魔人和準備進行處決的勾魂眼軍隊綁在三根石柱上準備被處死。好在森林蜥蜴思維敏捷，利用勾魂眼軍隊的瘋狂亂抓而在繩子斷開的一剎那使用了照明之玉，並且在眾人看不到的那一瞬間使用了挖地洞潛入地底讓夜黑魔人找不到他們。從而森林蜥蜴三人逃脫後，森林蜥蜴打算前去尋找雪拉比。起初主角的搭檔並不相信森林蜥蜴，後來在主角的決心和勸慰下才決定一同去尋找森林蜥蜴離開已經陷入星之停止的未來世界。
找到雪拉比後，眾人前往森林高台迷宮深處的時間長廊準備好的地方，不料夜黑魔人和勾魂眼軍隊已在那裡等待著主角四人的到來。夜黑魔人說道，主角曾經就是森林蜥蜴的夥伴，在穿過時間長廊時由於意外的阻撓而失去記憶並且化為了一隻神奇寶貝。主角原本是人類，打算和森林蜥蜴一同收集時之齒輪拯救世界。夜黑魔人宣布了真相，這便是黑暗帝牙盧卡眾想將森林蜥蜴四人處決的原因，因為他們要阻撓星之停止，企圖讓時間恢復正常。而雪拉比在夜黑魔人阻撓且攻擊四人的一瞬間使用了瞬間移動，不料卻被黑暗帝牙盧卡切斷瞬間移動的旅程。
在最後一刻，主角搭檔和森林蜥蜴三人穿過了時間長廊，倖免逃過一劫。回到過去世界後，森林蜥蜴說道，他和主角（當時為人類）試圖在過去世界改變星之停止的歷史。但是由於在時間長廊被阻撓，主角和森林蜥蜴走散，主角失去了記憶並且變為一隻神奇寶貝出現在海灘上。盜竊時之齒輪是為了要在時限之塔塔頂鑲嵌進去後阻止時間的停滯且防止星之停止的到來。黑暗帝牙盧卡的計畫將要被森林蜥蜴和主角阻撓，造成了黑暗帝牙盧卡的憤怒和暴躁。而黑暗帝牙盧卡的心腹夜黑魔人，前往了過去世界要將主角和森林蜥蜴趕盡殺絕。
在那之後，主角、搭檔和森林蜥蜴一同前往木崎森林獲取時之齒輪，但是發現已經放回去的時之齒輪，在木崎森林時間仍然是停止的。森林蜥蜴發現星之停止即將來臨，告訴主角眾人需要加快腳步。同時，搭檔揭開了遺蹟碎片之謎，在鹽水洞窟的底部召喚拉普拉斯並且前往夢幻大地。
主角、搭檔與森林蜥蜴來到了夢幻大地，卻在夢幻大地的深處、可以搭乘彩虹石舟的古之神殿被夜黑魔人阻撓。主角中一番拼搏打敗夜黑魔人，夜黑魔人還想做最後的抵抗，森林蜥蜴不得已將夜黑魔人與自己強制帶往未來世界好阻止夜黑魔人，讓主角和搭檔兩人前往時限之塔塔頂拯救世界。森林蜥蜴在離別時囑咐道：“離別固然悲傷，但是你們是最好的搭檔。”提醒了主角一旦改變歷史，未來世界的神奇寶貝們將會消失。為了不讓搭檔喪失信心，兩人必須要全力拯救世界，刻不容緩。終於，主角兩人到達了時限塔頂，與還沒有完全喪失理智的黑暗帝牙盧卡交手並且成功地將時之齒輪放入槽中，拯救了世界，阻止了星之停止的到來，帝牙盧卡也恢復了理智，世界回到了和平。不過，在從時限之塔回去，搭乘彩虹石舟時，主角已經瀕臨消失。主角告訴搭檔真相：歷史一旦被改變，未來世界的神奇寶貝們都會消失。而搭檔卻不捨得主角的離去，痛哭欲絕。主角安慰著搭檔便在消失的光芒中漸漸離去……不過，作為主角兩人的勇敢果斷，拯救世界的功勞，並且同時兼顧了傷心欲絕的搭檔，帝牙盧卡利用時間的扭曲將主角送回了搭檔身邊，繼續生活了下去。
森林蜥蜴是一位勇敢並且強大的神奇寶貝，一名為了拯救世界不惜貢獻生命的戰士。他願意做任何事情來改變黑暗的未來，同時感化了夜黑魔人，森林蜥蜴的確擁有一顆堅強而又善良的心。
可變的寶可夢
妙蛙種子，傑尼龜，小火龍，皮卡丘，火稚雞，木守宮，水躍魚，小鋸鱷，火球鼠，菊草葉，小火猴，波加曼，草苗龜，喵喵，小卡比獸，向尾喵。
不可以作為搭檔選擇的寶可夢
喵喵，向尾喵，小卡比獸。
沒有自己想要的
所有可以變成的精靈寶可夢如果選擇目錄里沒有你想要的先選一個寶可夢，遊戲會提示是否選擇×××作為自己的夥伴，選否返回列表後你會發現列表的寶可夢變了。
參考攻略
第一章：風暴之海
（當問題測試時出現“放鬆。讓自己冷靜下來......現在輕輕地將手指按在觸控螢幕上。”時發現壓根無法進行遊戲，其實很簡單只要你一直按著下屏不鬆手就行了）一段劇情後玩家需要去海岸洞窟奪回搭檔的遺蹟碎片，這個迷宮只有四層，迷宮寶可夢（LV1大舌貝，LV1化石盔，LV2太陽珊瑚，LV2無殼蝸牛）主要為水系，很簡單的迷宮，第一層可以拾取2-42口袋幣，第二層可以拾取到藍橘，第三層起可以拾取爆炸之種和睡眠之種。
迷宮頭領一：LV3【超音蝠】23血，毒系+飛行系，特性精神力，只會吸血。
迷宮頭領二：LV6【瓦斯彈】39血，毒系，特性漂浮，只會毒瓦斯和衝擊。
建議唯一（第一次進迷宮）能攜帶的道具攜帶種子，爆炸種子對這個迷宮的迷宮頭領起到達到秒殺效果，睡眠種子讓已方處於優勢。
之後搭檔會問主角是否一起組建一支探險隊，同意後一段畫面第一章完結。
Chapter-2
ギルドにゅうもん 一開始跟著聒噪鳥走，之後可以給自己探險隊取個名字，還能得到背包等一些物品，被安排到房間裡睡一覺第2天被叫醒後接受到任務委託，幫忙尋找一顆珍珠，之後自動進入迷宮しめったいわば！ 有了背包可以裝16個道具，探險方便多了，任務目的地在迷宮的B7F，拿到珍珠後得到一些物品獎勵，獎金則由2000變成200……晚餐後本章結束！
Chapter-3
じくうのさけび 起床後跟著聒噪鳥走，被帶到一公告板前，之後跟著齙牙狸走，他會給村子做個簡介，之後可以到商店購物了，同時有店鋪可以進行存錢、存道具等操作。在道具店買好東西後露力麗和瑪麗露出現，聽見有奇怪的聲音，之後右邊走再見到他們，發現スリープ很可以，回去告示板那裡發現スリープ是通緝犯，接到新任務幫助露力麗，進入トゲトゲやま。 這迷宮怪物要比之前梢厲害些了，小心蜘蛛的減速技能，還有姆克兒的技能攻擊力很高。6F後會出現尼多娜，小心攻擊它自己會中毒…在10F會見到スリープ正在欺負露力麗，上前戰鬥，注意迷宮頭領攻擊力很高，而且還會催眠、麻痹等技能，一旦中了就完蛋了，多用技能攻擊吧！勝利後背包可增大至24格！
之後回村，到告示板隨便領取個分支任務做完，（一般都是到之前去過的某某迷宮的某某層和某怪物交談或者幹掉任務就完成，任務說明中都有迷宮名和層數的說明，在這就不詳細介紹了）分支做完回村自動進入第4話！
Chapter-4
みはりばん 本話很簡單，一開始接到地鼠的委託，之後要玩個小遊戲，就是給出四個寶可夢的腳印來判斷腳印是屬於哪個寶可夢的，4選1，隨著時間慢慢減少，提示也會越來越明顯，比如出現頭部，之後全身，一共要猜6次。
遊戲完成後再到告示板完成1次分支任務本話就能結束了。
Chapter-5
はじめてのたんけん 起床後上樓去告示板右邊櫃檯的編成所處，這裡以後可以招募其他怪物做同伴，暫時不理，先東邊出村進入出現的新地點瀑布洞穴ひみつのたき。（另外村中去商業街到ガラガラ的道場中的話可以挑戰各式各樣的迷宮，共10種，比如全是龍系怪的迷宮等…） 此時幹掉敵人可將他們收為同伴了，迷宮裡怪物大都是水系的，而且會有商店出現了。在9F會看見那裡有顆大寶石，不過搬不動，結果觸發了機關被水衝到洞外的1溫泉……本話結束。
Chapter-6
ドクローズ 先到告示板那裡去，發現第一章被打敗的瓦斯彈、超音蝠那一隊怪物，現在無事可乾可以先去做幾個分支任務，期間有時還要玩之前找腳印的迷你遊戲，到第3天分配新任務時瓦斯彈那隊會再次出現，之後還是得繼續做分支任務，繼續經過一天后領來真正的任務去蘋果森林リンゴのもり找食物。（此時村中技能店開業）
迷宮中以草系敵人為主，到第13F後發現一棵大果樹，正準備摘時結果被瓦斯彈、臭鼬他們那一夥把果實全給搶走了，空手回村… 大廳左邊的交易所正式營業了，了解點情報後再去做2天的分支小任務和找腳印遊戲，到第3天后得到增加到32格的背包，之後準備點藥去大廳找聒噪鳥對話選第一項，此時它會安排好隊伍3個3個1組開始遠征出發，自己這邊加入了個齙牙狸。本話結束！
Chapter-7
ギルドえんせいへ 進入洞口發現分為2個迷宮。えんがんのいわば和ちいさなよこあな，2迷宮分別為10層和6層。可以只去10層的那個，注意進來之前洞口的那個雕像是用來存取道具和存檔的。 由10層的迷宮出來後再次碰到2選1的迷宮，選擇進ツノ山，那個いわのよこあな進去只有6層，可以不去。ツノ山有15層，通過即可進入第8話。（從本話起殺怪有可能會得到寶箱）
Chapter-8
グラードンのしんぞう 一出來是在一個臨時營地里，明確下一步任務後進入前面上洞，這裡又有岔路，迷宮もりのよこみち只有6層，可以不去，我們的目的是のうむのもり，到達第12層後看見傾倒的一座雕像，右邊還有些奇怪的文字，夢境過後臭鼬那隊跑了出來，劇情後本話結束。
Chapter-9
きりのみずうみのなぞ 繼續冒險，由前面的洞口進入ねっすいのどうくつ迷宮。到達第9層後聽見深處有聲音傳來，這裡的雕像處只可以存檔，上面進該迷宮的深處，再次前進到達第8層後迷宮頭領登場，迷宮頭領就是迷宮入口傾倒的那個雕像上的怪物グラードン，這次迷宮頭領比以前的那些強多了，攻擊力防禦力都很高，而且還會同時給自己加攻和防，最好把它攻防都降了再用技能狂攻，HP大概400左右，勝利後進入裡面，景色非常迷人，至此遠徵結束，背包增大到40格。
Chapter-10
ヨノワール 又回到了村中，村中來了一位客人ヨノワール，現在沒事可以先去做一天的小分支任務，第2天接到新任務，先去一趟變隱龍兄弟的店子，之後再做一天的小任務，第3天接到小馬力鼠的委託出村進入新迷宮エレキへいげん。 迷宮裡基本全是電系的怪物，看著辦吧，走到11F時有存檔點，之後繼續深入在第9F的時候就會遇到迷宮頭領了，迷宮頭領是8隻雷電獅+1隻獅子頭領，小心別被群毆了……勝利後本話結束！
Chapter-11
とうぞくジュプトル 第一天起來劇情對話結束後助教門就到了商店區，回到基地對話完後去打迷宮（15層），打完後進入第二天。 第二天就可以去打新的迷宮20層10層後出現儲存點接著10層後打迷宮頭領。完了後出現劇情11關結束。
Chapter-12
のこされたかのうせい 起來後仍然是大段對話，接著就可以直接去打迷宮了第一個迷宮11層，12層的石頭他它們全部變成藍色（變成藍色前先儲存因為下面還有迷宮）開啟新的道路。下去後就是第二個迷宮13層，通過後打迷宮頭領。
Chapter-13
ヨノワールのひみつ 一開始還是無聊的對話，完了後去做2天任務。隔天被之前幫主角的夜黑魔人抓進了時空隧道之後完結。
Chapter-14
みらいせかいへ 在混亂的情況下主角一行人趁機逃脫，接著就是一路的迷宮。迷宮——15層迷宮——迷宮——打倒迷宮頭領鬼盆栽救出森林蜥蜴。
Chapter-15
ほしのていしのしんじつ 森林蜥蜴加入隊伍為了返回原本的世界一行人進入了迷宮（8層）由於森林蜥蜴的加入隊伍實力大大加強，通過後雪拉比加入一行人又進入了迷宮（13層）打通後出現劇情，2位主角和森林蜥蜴都回到了原本的世界。（雪拉比之後不會再出現了，好好珍惜有大神庇護的日子吧= =）
Chapter-16
劇情對話後就自動去到迷宮入口，迷宮層數20層。打通後進入17關。
Chapter-17
起來後就去打迷宮（帶！號的地點）由於以前打過的所以非常簡單，打通和煤炭龜說話，第二天起來說完話後就去森林蜥蜴的洞穴（商店區左邊）發現一封信（類似遺書的東西= =），然後去沙灘（10字路口的下方）~進入18關。
Chapter-18
一早醒來對話完後都去到了洞穴邊，接著不說也明白了吧第一個迷宮9層左右，第二個迷宮5層都比較簡單。然後打迷宮頭領鐮刀蟲和2隻石菊怪打完後劇情…………進入19關。
Chapter-19
主角連同森林蜥蜴一起去到天空，打過15層迷宮出現儲存點，接著再打8層迷宮頭領戰，迷宮頭領是夜黑魔人和6個外星生物。先打小怪再伺候他老人家= =。打完後森林蜥蜴為了保護主角用盡力氣推夜黑魔人進入未來，而森林蜥蜴也進去了因此森林蜥蜴脫離隊伍。（PS：這會才是最悲劇的，過迷宮超級困難，3D家族全螢幕放電最煩人= =）
Chapter-20
直接去到迷宮入口打起精神打通這個迷宮吧，打到一半依然會有儲存點然後再打完後面的就到了最終迷宮頭領的地方了！帝牙盧卡參上！奮力一戰！（扔種子種子種子慢慢耗……）打敗迷宮頭領，“星之停止”銷毀，來自未來的主角消失，帝牙盧卡再次開掛，主角回歸，一周目完結。
主角和搭檔仍然不能進化。
二周目
主角和搭檔繼續著修行，突然有一天胖可丁宣布他們可以畢業了～
接著胖丁告訴了他們關於進化的地點，這裡也是畢業考試的地方，
在しんぴのもり（神秘森林）有著ひかりのいずみ（光之泉），不過看起來有強敵等待呢……
到寶物鎮發生劇情遇到二熊，之後就可以出發去新迷宮了。
迷宮：神秘森林
層數：13F
迷宮頭領：胖丁+聒噪鳥+向日花怪+地鼠+風鈴鈴+毒蟾鬥士+三地鼠+龍蝦小兵+重音怪
通過後掉入陷阱，黑暗的“大魔王”正在恐嚇時，突然亮了，一看，靠，居然是行會的那群傢伙……
不過這次真的是大危機……風鈴鈴的呵欠，胖丁的唱歌和封印……胖丁的HP700左右，打不過他就別想進化了……
大魔王失敗了！大家逃啊！一群亂七八糟的傢伙……
進入森林，主角預感到那東西居然是胖可丁放在那裡的？打開一看……原來是……胖丁最喜歡的食物……
這時光之泉出現，劇情以後就可以進化了！
◎進化說明：此後在迷宮列表中會出現光之泉，前往後會詢問是否進行進化，然後會出現已經滿足條件的怪獸列表（全部怪獸，包括隊伍里的和非隊伍里的），然後只要選擇讓哪只進化就可以進化了～很簡單的系統～
不過……主角和搭檔無法進化！因為他們經歷了時空扭曲的緣故！
失望了……白培養了……日……
畢業成功！慶祝！此後房間變成了鯊魚岩上的那個洞穴里的床，記錄也是這裡，不要再走錯了～
之後風鈴鈴會告訴主角們可以換隊長了，喔也，終於成為自由的探險隊了～（此處有Bug：如果在到十字路口之前進了嘎拉嘎拉的訓練館，沒有可以換隊長的通知也可以有自由形體制（即副主角可以回去了））
◎轉換隊伍首領的方法：在風鈴鈴處選擇隊員，藍色的是隊長，黃色是隊員，白色是非隊員，對於白色的，選擇後加入隊伍成為黃色，對於黃色的，選擇改為隊長成為隊長變成藍色，OK。但是在寶藏鎮和溫泉里四處走的依然是兩主角
四個新迷宮出現：ゼロのしまほくぶ、ゼロのしまとうぶ、ゼロのしませいぶ、ゼロのしまなんぶ（零島北東西南部），這幾個迷宮進入後打到怪獸不會獲得經驗值……相當於戰鬥塔的系統，且整個島嶼內不可招募隊員
零島北部可以整隊帶包進入，迷宮75層.迷宮內不會獲得經驗，完成後獲得黃金假面*1奇蹟箱子*1不可思議軟糖*1
南部：只允許隊長單獨進入，進入後沒收全部道具&金錢且等級強制歸為1，智慧度0，能力值重新計算。出島後恢復，迷宮99層，完成後獲得豪華寶箱*1
西部：整隊進入，進入後沒收全部道具且全員等級強制歸一，智慧度0，能力值重新計算，迷宮40層，完成後獲得寶箱
東部：整隊進入，進入後沒收背包第三頁以後的所有物品（包括第三頁）全員等級強制歸一，智慧度0，能力值重新計算
機密等級
一天在變隱龍商店右邊看到吸盤魔偶，對話後新迷宮出現，
【暴風雪之島20F】無迷宮頭領無獎勵
突破後緊接著出現新迷宮
【雪縫洞穴，10F+4F】迷宮頭領雪妖女
救出巨鉗螳螂以後收到謝禮『シークレットランク（機密等級？）』
瑪娜菲之蛋
一天與行會裡的向日花怪對話，得知封閉之海的事情，新迷宮開啟。
【封閉之海，20F】通過後獲得3個寶箱+1個瑪娜菲的蛋
第二天蛋孵化了，果然是瑪娜菲……去找聒噪鳥鑑定完畢後得到訊息要去給小瑪娜菲找特定的食物藍色軟糖了。
當然如果你的身上或者倉庫里有或者碰巧可以買到的話就不用去找了
帶著軟糖跟瑪娜菲說話，小傢伙高興了～以後就一起生活吧～到迷宮裡去再找些軟糖餵它……難道是寵物設定么……
再餵一個藍色軟糖就可以帶著瑪娜菲出去散步了，帶著它來到海岸，但是當天晚上，瑪娜菲就消失了……第二天著急的他們在行會門口遇到聒噪鳥，然後來到海岸，終於找回瑪娜菲，但是瑪娜菲病了……聒噪鳥告訴兩人，需要找到海之精靈菲奧奈才能治好瑪娜菲，他們就在奇蹟之海。新迷宮出現。
【奇蹟之海18+4F】迷宮頭領暴鯉龍
幫菲奧奈趕走了暴鯉龍，獲得謝禮菲奧奈的水滴，拿回去發生劇情瑪娜菲就好了～不過為了它能健康快樂地生活，只能強行讓他回到海里去生活了……痛苦的離別……
三聖柱、聖柱王與藏寶之地的秘密
一天來到行會，在地下二層看到大家正在圍著三位美女歡呼，原來是有名的又強大又美麗又漂亮又可愛的明星寶物獵人三人組“魅力探險隊”來了——瑜伽王，女郎兔和超能女皇。原來他們與行會老闆胖可丁在很久以前一起探險過，相互是朋友。不過這次他們不是來敘舊的——曾經完全不知道什麼用途的特殊道具“鑰匙”的作用終於探明了，打開看守洞穴的道具，據說在那裡沉睡著巨大的寶藏！不過胖可丁卻說自己忘記了……可是當三人拿出胖可丁最喜歡的食物時它又說想起來了！回房一陣巨響後找到了！那么大家一起去探險吧！新迷宮開啟。就在大家議論著“魅力探險隊”重出江湖時，卻同時知道了另一個訊息：傳說中的最強探險隊“強襲探險隊”——エルレイド，ロズレイド，ドサイドン三人組。
【看守的洞穴】
【第一階段：冰，3F無限循環】要求收集ICE三塊字母石，迷宮頭領冰神柱
【第二階段：岩，3F無限循環】要求收集ROCK四塊字母石，迷宮頭領岩神柱
【第三階段：鋼，4F無限循環】要求收集STEEL五塊字母石，迷宮頭領鋼神柱
這個洞穴里出現的基本上全部是安農，在迷宮中打倒安農，就用幾率獲得對應字母的石頭，根據各段石板上的字母集齊對應的字母石頭後調查石板，就能夠打開通路——打開通路時石頭會消失。
戰勝聖柱王后紅色石板出現，啟動聖柱王機關，開啟新迷宮。
【隱藏的遺蹟，30F】通過後獎勵6個寶箱，無迷宮頭領
真假克雷色利亞、帕路奇犽登場
一夜，電閃雷鳴，這時想起了在光之泉處被告知不能進化的事情……森林深處，閃電照亮了一個黑影的面孔，達克萊伊！原來一切罪惡的根源就是它！似乎在追尋著空間扭曲……而隨後趕到的克雷色利亞就是來抓捕他的！
又是一夜，主角發現自己在夢裡看到有誰在……克雷色利亞出現了，他說主角的存在導致這個世界正在走向毀滅……突然間主角驚醒了，一個奇怪的夢……
又一夜，怪夢又來了，克雷色利亞告訴主角，由於他是從未來而來的人類，這造成了空間扭曲，並且正在擴大，最終導致這個世界的毀滅……
次日，主角回憶起克雷色利亞所說的話，原來空間的扭曲就是自己不能進化的原因啊，可是正在擴大會導致這個世界……
走到地面，齙牙狸突然跑來說露麗麗出事了！來到行會，看到陷入噩夢中無法醒來的露麗麗，齙牙狸說如果能知道它在做什麼夢沒準就能醒來，那么就需要進入它的夢！聒噪鳥提出，如果能讓素利普來的話，也許能夠進入夢境。但是素利普不抓走後被關在しゅぎょうのやま（修行之山），那么就去吧！新迷宮出現。此迷宮限定主角和搭檔兩人進入。
【修行之山20F，無迷宮頭領】注意迷宮內有鬼蟬！
改過自新的素利普馬上答應去幫助露麗麗了，出去稍微準備一下之後，與素利普對話進入露麗麗的噩夢迷宮！本迷宮仍然限定主角與搭檔兩人進入。
【噩夢之中，17F】無迷宮頭領
在最深處見到了克雷色利亞，原來搭檔也做了怪夢……克雷色利亞說，如果現在的噩夢的世界擴大的話，世界就會毀滅！突然克雷色利亞變了臉色，要向他們撲來，這時有人來了，克雷色利亞一看不好，消失了……來者竟然是素利普？回到行會，雖然告訴了眾人見到克雷色利亞和噩夢擴大的事實，但卻隱瞞了是因為自己的原因……回到居住地的搭檔為自己的謊言懊悔不已……深夜，主角回想起了這段時間發生的事情……半夜醒來時發現搭檔不見了，來到懸崖，和搭檔長談，他們的確不應該屬於這裡，無論是穿越時空的搭檔，還是在帝牙盧卡獸的神力下復活的主角，也許就是這樣“そうかもしれない……”，不過還是有些地方感覺有些不對勁“でもどこかみようなかんじが……”，是什麼地方呢？克雷色利亞的話“クレセリアのことば”，終於，主角想起來了，當自己在次元之道消失的時候聽到的話與克雷色利亞的話有些許不同！但是儘管如此仍然改變不掉眼前的事實……太陽升起來了，兩人回想起和森林蜥蜴一起第一次看日出的情形……搭檔提出，關於空間扭曲，也許能去往幻之大地的乘龍知道些什麼。
來到海岸，乘龍雖然不知道，但是卻給了他們有用的信息——去找控制空間的生物，パルキア。他就住在そうのさけめ（層之裂縫），但是乘龍也無法到達這個地方……不管怎么說，總算是有點眉目了～
這天半夜，突然發生了地震！這時，空間掌管者パルキア突然出現在兩人面前！它化作一個巨大的光球，把兩人帶到了層之裂縫！但是不由分說地又把兩人打下了深淵，自己又化為光球追了下去！新的冒險，開始了！
QUOTE:
【空間裂縫15+9F】迷宮頭領帕路奇犽
正當帕路奇犽獸被打倒時，突然時間停止了……一個陌生的聲音傳來：帕路奇犽獸也和露麗麗一樣陷入噩夢了～黑暗的力量將吞掉整個世界！那么，是否要進入帕路奇犽獸的噩夢的世界呢？當然了！但是夢境中的帕路奇犽獸說出了與克雷色利亞所言相同的殘酷事實……這時克雷色利亞也出現了，步步進逼。正在這時，帕路奇犽獸卻為主角們說話了，但是克雷色利亞卻毫不讓步地撲了上來！就在危機關頭，另一隻克雷色利亞出現了？！克雷色利亞的力量終於使達克萊伊顯出原型，原來大家到現在為止都被欺騙了，一切都是達克萊伊做出來的假象。但是達克萊伊又一次逃脫了，並且留下話，他在暗之火山口等著兩人！
回到廣場，露麗麗終於醒來了，克雷色利亞有著驅散黑暗的力量，而達克萊伊卻在計畫著把主角與搭檔從這個世界清除。原來當初星之停止的計畫就是達克萊伊搞的鬼，而主角與搭檔不僅破壞了次元之道，還阻止了星之停止的發生，達克萊伊因此懼怕著兩人，而黑暗擴張才是空間扭曲的真正原因！為了抓住達克萊伊，準備一下出發吧！在懸崖處與克雷色利亞對話，就可以來到噩夢所在的地方了。這次是主角搭檔克雷色利亞三人同行。
【黑暗火山口15+15F】迷宮頭領達克萊伊+阿柏怪+波士可多拉+熔岩蝸牛+夢妖魔+超鐵暴龍+鴨嘴焰龍
來到最底層，達克萊伊說出了在森林蜥蜴和主角前往過去的世界時出現時空事故的真正原因——是他製造的！包括次元之道的建立，星之停止的實施……為了把礙事的主角和森林蜥蜴除去，故意製造了時空事故使主角變成了怪獸，但是他卻與搭檔相遇了……這時，達克萊伊突然提出要和二人聯手製造黑暗的世界，更讓人想不通的是搭檔居然認為這不是完全不可行的，他不僅加入了達克萊伊一方，還讓主角也一起過來，這到底是為什麼？！該作出最後的回答了：那種事情，辦不到！“そんなことできない！”因為，這是在噩夢中！主角打破了達克萊伊的噩夢結界，三人終於都清醒了過來，是的，信任自己的搭檔怎么可能作出那樣的事情！惱羞成怒的達克萊伊召喚出一群怪獸，發起了最後的攻擊。
達克萊伊的確是噩夢，一群纏人的小弟不說，自己的反擊+影分身+催眠就相當難對付，而且自身特性的存在一旦被催眠每回合都會減少15HP……
終於打敗了達克萊伊，可它卻打開了時空之門，他又要逃到未來去嗎？眼看達克萊伊就要逃走時，帕路奇犽趕到了，正義的帝牙盧卡把時空之門破壞掉了，但是並不意味著噩夢已經消失了，克雷色利亞推斷，他可能會和主角一樣，出現在某個時代，同時也失去了原來的記憶……不過眼下總算是阻止了空間扭曲，帕路奇犽也回到了自己的地方……
回到村鎮，大家看到打敗了達克萊伊凱旋的二人，歡呼了起來……雖然還是不能在光之泉進化，但是——只要在這裡，這要在這裡生活著，即使僅此而已，也會感覺到幸福……謝謝你，我們一直在一起，以後也請多關照！
（迷宮空間裂縫、黑暗火山口地圖追加）
二周目劇情完後，瑪娜菲會回歸，海洋聖地在其回歸三天后會出現。
接著去空間裂縫帕路奇犽招募回來之後，主角和副主角就能進化了。
謎
從整篇劇情來看，未來是有人類的，而過去卻沒有？
如果說口袋妖怪是因為時間的關係變得殘暴具有攻擊性，為什麼帝牙盧卡恢復後，迷宮裡的精靈寶可夢仍然會攻擊？
穿越來的主角為什麼途中沒有見到除反派以外的生物（人類）？
1.從整篇劇情來看，未來是有人類的，而過去卻沒有？
2.如果說口袋妖怪是因為時間的關係變得殘暴具有攻擊性，為什麼帝牙盧卡恢復後，迷宮裡的精靈寶可夢仍然會攻擊？
3.穿越來的主角為什麼途中沒有見到除反派以外的生物（人類）？
道具
波動蝴蝶結
•遊戲開始時根據玩家手指的波動顏色獲得的蝴蝶結，能輕微提升攜帶者的攻擊力、防禦力、特攻和特防能力值。
•總共有紅色、棕色、橙色、黃色、黃綠色、綠色、深綠色、青色、淺藍色、藍色、深藍色、紫色、紫紅色、桃紅色、桃色、銀色16中顏色。
•簡紹：一條擁有能量波動的紅色蝴蝶結，輕微提升攜帶者的攻擊力、防禦力、特攻和特防。
•每個蝴蝶結都簡紹只是顏色不同。
各種蝴蝶結簡紹飽腹度食物
•這些道具食用後只能恢復神奇寶貝的飽腹度。
恢復飽腹度的食物