機械工程設計研究所、港口機械虛擬研究中心和雷射套用實驗室是現代港口機械設計理論與方法研究的研究基地。機械工程設計研究所是港口物流與工程較早成立的研究所,通過近10年的發展,已經在國內有一定的影響力,特別是在大型港口機械設計方面。作為國際上主要的大型港口機械研發、生產和出口基地――上海振華港機(集團)股份有限公司,已經占據國際大型港口機械設備70%的市場份額,而該基地生產的60%大型港口機械設備是由我校的機械工程設計研究所設計,機械工程設計研究所成為了振華港機不可替代的合作單位,該研究所已經承接國內外現代港機設計項目1020.5餘萬元,同時開始承接整機設計製造工程,由原先的大型港口設備的部件設計向整機設計轉變,而且在大型港口設備的製造和安裝調試也進一步拓展。增設的港口機械虛擬研究中心通過自身的努力,在科學研究上也取得了一定的成果,其研發的”貨櫃起重機仿真駕駛訓練器”已經在南通航運職業技術學院得到了套用,並將逐步推廣到各個貨櫃碼頭;雷射套用實驗室引入國際上先進的雷射加工設備,已經和解放軍總裝備部展開合作研究,解決軍方相應的技術難題,提升我軍的武器裝備的技術水平。
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