上海市農業科學院院長吳愛忠任實驗室主任；潘迎捷研究員任學術委員會主任，學術委員會由13名專家學者組成。
農業遺傳育種重點實驗室是一個跨專業、跨學科的綜合性實驗室，涉及植物、菌物和動物三個研究領域，由植物生物工程、菌物遺傳育種和動物遺傳工程三個研究分室組成。
實驗室的研究方向：
根據上海現代都市農業生產和發展中的要求，圍繞種源農業、裝備農業、創匯農業和生態農業中的關鍵問題。
(1) 在基因、細胞、和整體三個層次開展動植物種質創新和新品種培育；
(2) 研究建立轉基因作物及其加工產品的檢測方法和安全評價體系。
(3) 研究畜禽重大疫病的基因快速診斷方法及轉基因克隆動物；研製獸用基因工程疫苗和基因工程生長免疫調節劑。
實驗室注重現代生物技術與常規技術的有機結合、技術創新與成果轉化的結合。
實驗室以套用研究為主，並向套用基礎和產業化兩側延伸。
實驗室的目標：建成一個具有上海現代都市型農業科技特色的國內一流水平的開放型實驗室，成為農業生物高新技術的研究與孵化基地、科技創新基地和人才培養基地，為上海率先基本實現農業現代化提供有力的技術支撐。
實驗室現有固定人員37人。其中，技術職務結構為高級23人、中級10人；學位構成為博士10人、碩士13人、學士9人。實驗室成員平均年齡36歲。
實驗室近三年承擔科研項目90餘項。其中，國家和上海市重大重點項目56項。獲得上海市科技進步一等獎3項，二等獎1項，三等獎1項；發表了一批高質量論文，SCI影響因子達29.693，其中一篇SCI影響因子為7.06；獲得授權發明專利4項；獲得自主產權新品種審（認）定證書35份。成果轉化力進一步提高，通過優質、高產新品種的套用推廣，累計產生社會經濟效益2億元以上；通過生物工程產品的轉讓，獲得1200萬元直接經濟收益。
實驗室分別和美國、德國、澳大利亞、日本、波蘭、紐西蘭等十多個國家以及我國香港特區與台灣地區進行了人員互訪、學術交流，有的建立了長期科研合作關係。
實驗室在市郊、農場和江浙等地設有科技興農示範基地，進行新品種（新技術）示範和推廣，有的已經產生了較好的社會經濟效益。
為加速高新技術產業化，實驗室以技術為資本，進行科企聯合，在1998年與上海永業股份有限公司、上海延中複印工業公司和山東煙臺九發食用菌有限公司分別組建了上海永業農科生物工程有限公司，上海延農生物工程有限公司和上海九發食用菌工程中心。在2001年與上海高龍生物科技有限公司組建了上海高農科生物技術研究中心。
