生態所確定的發展方向為:環境科學和綠色技術的開發研究;持續農業和新型肥料的開發研究;設施農業條件下,水肥現代化調控技術研究;經濟作物和城市綠化等植物的病蟲草害發生規律、綜合治理技術研究;有益微生物的開發套用研究;生態環境保護研究等。承擔市科委、市農委等各級科研項目30餘項。自1990年以來,主持獲省、市級以上科技進步獎40多項。
目前生態所與加拿大國際磷鉀研究所,日本東京大學、神戶大學、琵琶湖研究所,澳大利亞聯邦研究院等單位建立了密切學術交流與合作研究關係。原環境科學研究所和植物保護研究所在全國農業科研機構研究開發能力綜合評估中,兩次被農業部授予“百強研究所”稱號。
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