目前該所的行政機構設定有:所長室、辦公室、業務科、財務科;業務機構設定有:醫學氣功綜合實驗室(國家二級實驗室)、氣功原理研究室、氣功教研室、氣功文獻情報研究室、氣功醫療門診部。目前全所在職職工58人,其中高級職稱13人。該所目前承擔國家自然科學基金、國家體育總局、上海市科委、上海市衛生局等國家各級各類科研課題及有關橫向協作課題十餘項。本所在氣功的電生理研究方面,始終保持了國內乃至國際的先進水平。該所重視對外交流和國際合作,從1986年起,定期召開國際氣功研討會,迄今已召開九屆;已舉辦各類國際氣功學習班200餘期,近千名國際友人通過學習掌握了中國的氣功。
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