土木工程系已設立的碩士點專業包括岩土工程（081401）、結構工程（081402）、防災減災工程及防護工程（081405），其中結構工程專業於 2003 年獲得了博士學位授予權，岩土工程2005年獲得了博士學位授予權。2007年岩土工程被評為上海市重點學科。2009年建立土木工程博士後科研流動站。2011年獲土木工程一級學科博士點。本學科近年來結合國家與上海市的重大工程建設，圍繞土木工程建設，承擔了大量高水平的科研項目，2009年科研經費近2000萬元。近年來，在國家“211”和“985”工程建設項目支持下，引進了包括“千人計畫”學者、“青年千人計畫”學者和特別研究員在內的一批優秀人才，土木學科師資力量、實驗條件、教學科研等方面取得較大發展。如近3年在研國家自然科學基金項目近50項，專任教師人均近1項。2010年來，土木工程領域SCIE論文發表量已進入全球高校前40名，且在影響因子前25%期刊的發表論文數量躋身全球高校前30名。2012年度QS世界大學排名（The 2012 QS World University Ranking for Law Lists）上海交通大學土木工程學科再度入圍土木工程領域世界百強。這也是連續第二年進入世界百強。 該排行榜數據顯示，2012年度我校土木工程學科位列世界第51名~100名區段，居中國大陸地區第2名。
土木工程學科現有科研機構有：岩土力學與工程研究所（葛修潤院士任所長），空間結構研究中心（董石麟院士任主任），結構工程研究所（趙金城教授任所長），安全與防災工程研究所（陳龍珠教授任所長），土木工程與建築實驗中心等。
著名教授有葛修潤（院士）、董石麟（院士）、劉西拉等。
系主任：瀋水龍 副系主任：王建華、滕念管
