基本簡介
部分傳說中的神奇寶貝之間有著密切的聯繫，並組成了傳說中的神奇寶貝組合。然而往往有個別傳說中的神奇寶貝與某個組合也有密切關係，但在劇情設定中的地位要高於這個組合的成員，往往是這個組合的創造者或是領導者。 由於有這種情況的組合幾乎都是由3個神奇寶貝組成，所以這個在其上的神奇寶貝就被稱為“三神之主”，儘管如此也並非所有三神之主對應的組合的成員都為3個。
洛奇亞
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洛奇亞 超能力飛行 | 傳說中的鳥神奇寶貝 |
| 急凍鳥 冰飛行 | |
| 閃電鳥 電飛行 | |
| 火焰鳥 炎飛行 |
洛奇亞是城都地方的傳說中的神奇寶貝，本來是與鳳王分別棲息於鍾之塔和鈴鐺塔上受人朝拜，但因為鍾之塔發生火災使得洛奇亞離開了圓朱市，從此居住於漩渦列島的深處，被當地人稱為海神。
洛奇亞與三神鳥的關係來源自電影 夢幻之神奇寶貝 洛奇亞爆誕，電影中因為三神鳥而引起災難，小智召喚了洛奇亞，來平息三神鳥的暴亂。
片中召喚洛奇亞所需要的寶珠分別由三神鳥所守護，因此可以看出洛奇亞是三神鳥的領導者或統治者。另外動畫的OP畫面中也多次出現三神鳥跟從洛奇亞的鏡頭，於是洛奇亞和三神鳥的關係被愛好者廣泛接受。
但在遊戲中從未提過洛奇亞和三神鳥有什麼聯繫，因此也有人質疑它們的聯繫。
鳳王
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鳳王 炎飛行 | 傳說的三聖獸 |
| 雷公 電 | |
| 炎帝 炎 | |
| 水君 水 |
鳳王本來是棲息於鈴鐺塔上，但因為鍾之塔的大火災對人類失去了信心而離開了圓朱市。跟洛奇亞不同，有關鳳王的傳說在城都地方廣為流傳，人們相信直到有一天鳳王會再次相信人類而回到鈴鐺塔上。
三聖獸是當時在那場火災喪生的三隻神奇寶貝，鳳王用其力量復活了它們，從此它們便成了鳳王觀察人類的使者，對鳳王忠心耿耿。
烈空坐
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| 超古代神奇寶貝 | |
烈空坐 龍飛行 | 蓋歐卡 水 |
固拉多 地上 | |
烈空坐是豐緣地方的傳說中的神奇寶貝，和鳳王不同，它本身也是超古代神奇寶貝的一員，傳說蓋歐卡、固拉多和烈空座分別創造了海洋、陸地以及天空。
但蓋歐卡和固拉多的關係水火不容，它們分別都想擴張自己的領地因此會發生爭鬥。而烈空座則會在這時出面制止它們。
在遊戲中烈空座的設定和種族值和都壓過蓋歐卡和固拉多，它的特性也是抵禦蓋歐卡和固拉多的特性的氣閘，因此被看做是超古代神奇寶貝的首領。
雷吉奇卡斯
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雷吉奇卡斯 一般 | 永遠的神奇寶貝 |
| 雷吉洛克 岩石 | |
| 雷吉艾斯 冰 | |
| 雷吉斯奇魯 鋼 |
雷吉奇卡斯是神奧地方的傳說中的神奇寶貝，傳說中它推動了大陸的移動，並用岩石、寒冰和鋼鐵按照自己的樣子創造了永遠的神奇寶貝，而自己進入了沉睡之中。
在遊戲中，根據圖鑑說明來看，雷吉奇卡斯似乎因不知名的原因而被限制了力量，它擁有遠超過其他非封面級別傳說中的神奇寶貝的670的種族值和但卻有一個負面效果的特性，似乎說明了這點。
除了夢幻之神奇寶貝以外，雷吉奇卡斯是擁有最高捕捉條件的神奇寶貝，而它所創造的永遠的神奇寶貝卻與它分隔兩地，不禁令人對其的故事浮想聯翩。因此有的玩家認為雷吉奇卡斯可能會在以後的遊戲中出現新的型態。
阿爾宙斯
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阿爾宙斯 一般 | 神話的神奇寶貝 | 湖中的傳說神奇寶貝 |
| 帝牙盧卡 鋼龍 | 由克希 超能力 | |
| 帕路奇犽 水龍 | 艾姆利多 超能力 | |
| 騎拉帝納 幽靈龍 | 亞克諾姆 超能力 |
阿爾宙斯是神奧地方的傳說中的神奇寶貝，在傳說中它創造了帝牙盧卡和帕路奇犽，但也意外的創造出了騎拉帝納，因為騎拉帝納的凶暴而將其驅逐到破格的世界之中。之後為了制約帝牙盧卡和帕路奇犽，它又創造了湖中的傳說神奇寶貝。
遊戲中，阿爾宙斯擁有除超進化外最高種族值總和，並擁有可以變化為任何屬性的能力，因此被玩家視為擁有比任何傳說中的神奇寶貝更高的地位。
土地雲
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| 傳說的三雲神 | |
土地雲 地上飛行 | 龍捲雲 飛行 |
雷電雲 電飛行 | |
土地雲是合眾地方的傳說中的神奇寶貝，它與三雲神的關係很類似烈空座，本身也是組合的一員，但三雲神之間的卻是互相敵對。龍捲雲和雷電雲是引起災禍的神奇寶貝，並且是死敵，見面就會爭鬥。而土地雲的立場與他們截然相反，作為豐饒之神會在龍捲雲和雷電雲發生爭鬥的時候出現並制服它們來以保護農田。
黑白版和ORAS中召喚土地雲需要同時擁有各自版本限定的龍捲雲和雷電雲，因此顯然地位比另外的雲神高出一籌，種族值和也比它們多出20。因此被認為是三雲神之首。
在動畫中，美洛耶塔是寫形鏡的守護者，而寫形鏡則是擁有解放和控制三雲神能力的道具，因此也有人認為美洛耶塔是三雲神之上的三神之主。
凱路迪歐
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| 聖劍士 | |
凱路迪歐 水格鬥 | 勾帕路翁 鋼格鬥 |
| 代拉基翁 岩石格鬥 | |
| 畢力吉翁 草格鬥 | |
凱路迪歐是合眾地方的傳說中的神奇寶貝，它是聖劍士中最年輕的成員。聖劍士的原型為大仲馬的小說《三個火槍手》中的人物，凱路迪歐對應的正是主角達爾達尼央。
在遊戲中凱路迪歐是聖劍士中唯一的夢幻之神奇寶貝，並且擁有其他成員所沒有的專屬技能：神秘之劍。因此被人視為地位比其他成員更高，所以是聖劍士之首。
但在原著《三個火槍手》中隊伍的首領是與勾帕路翁對應的阿多斯，而 酋雷姆VS聖劍士 凱路迪歐中也的確是這樣的設定，因此很多愛好者認為勾帕路翁才是聖劍士的首領。
細節
•阿爾宙斯擁有所有屬性的板塊，唯獨沒有一般系，而雷吉奇卡斯正是一般系，聯繫板塊上的銘文“敗北巨人之力注入板塊”。因此有的玩家猜想阿爾宙斯的板塊正是由和雷吉奇卡斯的同類變化而成。
•有趣的是，阿爾宙斯的原型來自古希臘神話中的主神宙斯。在古希臘神話中，巨人是由宙斯帶領眾神所打敗的舊神族，而雷吉奇卡斯的原型正是神話中的巨人。
•阿爾宙斯是唯一一個對應兩個傳說中的神奇寶貝組合的三神之主。
•只有洛奇亞和雷吉奇卡斯與其對應的組合不是出現在同一世代。
•雷吉奇卡斯是唯一與其對應組合的所有成員之間都沒有共同屬性的三神之主。
•更有趣的是，它們有一個共同弱點——被格鬥系克制。
•土地雲是唯一有性別的三神之主。
•有愛好者認為酋雷姆可以融合捷克羅姆和雷希拉姆並作為主體，並且被圖鑑劃分為酋雷姆的型態差異，所以理應是道之三龍的三神之主。
•但酋雷姆本體的種族值和也好，設定也好都次於捷克羅姆和雷希拉姆，這與其他的三神之主截然相反。
•而在ORAS中，召喚酋雷姆需要同時擁有各自版本限定的捷克拉姆和雷希拉姆，反而顯得它的地位比另兩者高出一籌。
