一開始時是由三聖佛前來追究一頁書使用天龍吼傷人一事；最後出現是假素還真被無極殿之主－金小開鴆殺斬首，青陽子被迫逃入天地門，而在百里抱信死亡後，三教組織確定滅亡。
後來出現的三教頂峰：疏樓龍宿、劍子仙跡、佛劍分說等人並非三教組織所從出，而是三教先祖其他傳承。
組織架構簡圖
※2：「三世」指一切，即人之過去、現在與未來。
※3：「大如」取名自如來，三人名號取自「三界」，即天地人。
※4：取自儒家「五倫」，即人、義、禮、智、信。
※5：取自道家「三陽」，即青陽（生）、血陽（住）、白陽（滅）。
※6：使用照世明燈名稱之人，因為早期霹靂編劇更換之故，設定無法考察（涉及歐陽世家與九天神罩之劇情），至霹靂狂刀時代，天真君出現，紛亂情況始塵埃落定。
1．千燈石的照世明燈（葉小釵、半駝廢認識。）～霹靂眼
2．歐陽上智假冒的照世明燈（短暫出現，命葉殺人。千燈石的慈郎之友人）～霹靂至尊（短期）
3．命七天（崎路人所幫忙化裝，有白髮、黑髮二版本，後來命七天被下毒後，臉型丕變，無法變回原本跟慈郎一樣的真貌）～霹靂劍魂
4．寒夜殘燈‧照世緣（靈蝶所化）～霹靂異數
5．崎路人故交（名稱不詳，可能就是天真君慈郎）
6．天真君～霹靂狂刀
老教主
為了幫助武道萬教免於魔教的屠殺，一百八十年前與第四魔域之主－－－魔魁在荒龍道決死之戰，之後失蹤，留下菁英俱喪的三教（詳見亢無後幽靈箭計畫一事），雖然消滅魔魁，卻讓其他野心勃勃的萬教順勢推翻三教秩序，沒有了魔教（泛稱魔域四大派），武道反而更亂。
老教主再現，因當年血液被魔魁取去，被下血咒，反而成為三魔人，被魔魁之女所操縱。
九大掌教
百年修堂八朝元老、九代令公、三世道君所統稱，領導普通的人物，讓三教步入衰退期，引起三教主下第三代菁英不滿，引起了強人青陽子為首的「三教合修會」改革，因為當世道君的跋扈、九代令公的默許、八朝元老的軟弱，三教內血腥大清洗，不論是合修會（改革派）或保守派的菁英俱消失殆盡，三教遂退出武道。
因為三教之子一案出現，再度出現武道，卻又因為當世道君的跋扈、九代令公的默許、八朝元老的軟弱再次成為武林劊子手，對武道助益不大，成立霹靂王朝後，又加速內耗。直到魔魁之女出現後，三教使意識到必須團結，然而當世道君、聖賢諸懷有異心，老教主再現，反而成為三魔人，被魔魁之女所操縱，三教不論人才、號召力均跌停板，甚至於逐出要殺死三教主的三傳人。
由因果來、百里抱信、青陽成為戰後新掌教。
面對歐陽世家與無極殿的再興，外強中乾的三教被攻城掠地，敗如水銀瀉地，因果來戰敗後不知所蹤，道教全滅，青陽遁入天地門，忍辱負重臥底的百里抱信被殺，三教終結。
教下
三聖佛七彩雲天主事，庸碌無能，地藏被合修會滲透，造成武林混亂。
五儒生南宮布仁、歐陽上智（歐陽勝天冒名）是豺狼之輩，無惡不作。
司徒守義（骨董）為友復仇，決定殺死歐陽勝天，因而破門出教。
上官知禮，唯一克禮復己的人，但是實力太差。
百里抱信，原為投機者，最後卻選擇為正道而戰。
有忠有奸，有賢有愚，合修會一戰後忠誠者幾乎全死，而好人玄真君、天真君等人又被當世道君所忌。
玄天六陽十三道的侄輩，反對三世道君的跋扈，引發合修會之亂。後來因為座下菁英俱亡，合修會腐敗，被三教聯盟再次收編。
特殊份子
三教授命者素還真，依三教主所託，壓制武道萬教群起作亂，以及消滅魔魁之女。
三教押差官拒生郎，負責押解三教重犯，懲奸除惡，卻被三教遺忘，但是仍舊為武林和平奮鬥至死。
三教之子非凡公子，魔魁之女利用三教主之血、三教聖地之靈氣，配合魔血與魔氣所生的聖魔之子。
三傳人自知無法抵抗魔魁血咒之三教主，委託素還真所找的三人：葉小釵、劍君、狂刀，希望此三人能夠在三教主入魔時，以三教秘招：般若懺、君子風、天地根將其殺死。
後來對抗三魔人失敗，招致三教罷黜；對抗魔魁亦未盡全功。
