具體例子

例外
此一法制並非畫一的實施,而是有彈性的運用。
毛利家的例子
毛利家擁有周防國、長門國兩令制國,但只有一城。根據山本博文所著“江戸お留守居役の日記”記載,毛利家向幕府報告保留長門國的萩城,岩國城等廢除,而幕府的反應是“毛利家有周防國與長門國兩國,因此周防國的岩國城沒有廢除的必要。(毛利家は周防國、長門國の二國だから周防國の岩國城まで破卻する必要はなかった筈)”。毛利家內部基於支藩統制上必要,因而進行先行廢除的動作。
其他例外
仙台藩白石城與熊本藩八代城等,雖為大名的家臣,但因對幕府有功績,其子孫的居城例外不屬於廢城的對象。 秋田藩的大館城與橫手城(於戊辰戰爭中燒毀)屬於對象外,包含久保田城在內,被允許擁有3城。這是屬於大大名的佐竹氏轉封至秋田的抵押,亦有一說為政情不安定地區被允許擁有城池。