中國學者為了便於研究和介紹該書，於是把該書的內容分別歸類如下：
（1）、宇宙的發生、結構和人類的起源
（2）、印度諸王和印度佛教史
（3）、西藏諸王和西藏佛教史
（4）、蒙古諸汗與佛教關係史
但還有人把《蒙古源流》分成六部分：第一部分等於“序言”；第二部分是“緒論”；第三部分是“印度史”；第四部分“西藏史”；第五部分是“蒙古史”；第六部分是相當於“後記”。其中，明代蒙古史部分是《蒙古源流》一書的重點，大約占全書內容的一半。作者的故鄉-內蒙古鄂爾多斯部落的歷史又占一半多。
《蒙古源流》的學術價值，從史學角度概括地說，在於它比較系統的和集中的記述了15-17世紀蒙古社會的概況，是一部明代蒙古的編年史，也是蒙古史著作中較早的一部從古至17世紀中葉的通史。
《蒙古源流》的版本系統雖多，但歸納起來，基本上分為兩個系統：(1)是作者薩岡徹辰的原著系統。如前所說，它是一部嚴肅的歷史文學著作，有一定的思相深度，特別是書中感情真摯的韻文頗有文學價值。(2)經喇嘛篡改的系統，喇嘛教徒染指此書，竟將一部蒙古族通史篡改為蒙古政教發展史，由於古王公貴族及大喇嘛的大力支持和宣揚，這種本子在蒙古地區廣為流傳，尢其是當1766年喀爾喀土謝圖親王成袞扎布將此書呈送乾隆皇帝，經過一系列的修改後，就更成為蒙古黃金家族史和佛教在蒙古地區的傳播史。
從國內外的學者對此書的研究而之廣，版本較多來看，《蒙古源流》在蒙古史學和文學發展史中的確是一部極為重要的著作。
