《華南師範大學學報（自然科學版）》（季刊）學報創刊於1956年10月，原刊名為《華南師範學院學報》，1956和1957年各出1期，是社會科學和自然科學綜合版，16開。1958年起分社會科學版和自然科學版出版，各出1期。1959年改名為《華南師院學報（自然科學）》，出2期。1960年出4期（分物理化學專號、地理專號、生物學專號、數學專號）。1961年停刊。1974年復刊，刊名改為《廣東師院學報（自然科學版）》，改為半年刊。1978年改為《華南師院學報(自然科學版)》。1983年刊名改為《華南師範大學學報（自然科學版）》。自1993年起改為季刊。1980年起國內公開發行，1988年起改為國內外公開發行，1998年起由中國出版對外貿易總公司向國外發行。
50年來，學報一直堅持正確的辦刊方向，貫徹“雙百”方針，突出學術性、地方性和師範性，注重套用性。如對珠三角高新技術發展、農業、漁業、生態環境、可持續發展等課題作了相當比重的報導；關注並報導套用於教學和教育各方面的網路技術研究等。在數學、生物技術、光學、量子電子、人文地理等學科形成優勢和特色。特別是近年來，抓住本校進入國家“211工程”有利時機，堅持改革、創新，依託學科建設和科研優勢，注意基礎理論研究和實際套用研究並舉，及時報導本校重大科研成果和科研進展，並注意吸納社會上的高學術性的優秀論文，使學報在學術性上始終代表學科發展前沿。
長期以來，《華南師範大學學報（自然科學版）》對華南師範大學的教學、科研工作起了十分重要的促進作用。作為高等院校理工類學術刊物，對國內外學術交流也起了很大的促進作用。分別獲得了國家教育部（1999）、廣東省委宣傳部、廣東省新聞出版局和廣東省科技廳（1997、2001）、教育部科技司和中國高校自然科學學報研究會（2004，2006）等頒發的各種優秀期刊獎。
《華南師範大學學報（自然科學版）》是中國科技核心期刊。長期被美國《數學評論》（MR）、美國《化學文摘》（CA）、美國《劍橋科學文摘》（CSA）、德國《數學文摘》（ZBL）、俄羅斯《文摘雜誌》（AJ）、EIEnCompassLit、烏利希國際期刊指南等和《中國數學文摘》、《中國物理文摘》、《中國生物文摘》、《中國無機分析化學文摘》、《中國水產文摘》、《全國報刊索引》等摘錄，摘錄率達95%以上。並被中國科學引文資料庫、中國核心期刊（遴選）資料庫、中國學術期刊綜合評價資料庫（CAJCED）、中國期刊全文資料庫（CJFD）、中國期刊網、中國學術期刊（光碟版）、中文科技期刊資料庫、華藝CEPS中文電子期刊資料庫、書生數字期刊網等多個資料庫收錄。
