演化歷史
三清山的第一次大海浸發生於14億年前的中元古界。那時三清山地區的地殼運動正處於“地槽”沉降階段，海水浸沒達4億年之久，沉積數千米厚的雙橋山群的復理式海相碎屑岩，並夾雜有海底火山噴發物。在“晉寧運動”後，才結束了地槽式沉降歷史，地殼開始逐漸回返上升，出水為陸，三清山地區進入相對穩定的“地台”階段。10億年前，三清山地區成為華南洋中的一個島弧，9-8.5億年前後，洋盆消失、揚子古板塊與華夏古板塊碰撞，三清山地區恰處於古板塊結合帶。中生代以來，陸內A型俯衝與陸內伸展奠定了地質構造和地理格架，為三清山花崗岩地質地貌的形成、生物的繁衍以及人類的發展提供了優越的地質環境。
三清山 約9億年前後，揚子古板塊與華夏古板塊碰撞對接，並成為Rodinia超大陸的組成部分，留下了珍貴的古洋殼殘跡即蛇綠混雜岩帶（9.68億年）和蘭閃石片岩（8.66±0.14億年），是古板塊對接和晉寧造山運動的重要見證。8.3~8億年前進入裂谷期，Rodinia超大陸裂解，三清山位於揚子大陸板塊與華南裂谷海盆之間的過渡帶，形成了海相磨拉石—復理石和雙峰式火山岩建造。南華紀早期，區內處於濱海—陸表海的沉積環境中，以碎屑建造沉積為主；隨之“雪球事件”出現，留下了古冰川活動的遺蹟—南沱組冰磧岩。
震旦紀，陸殼基本固結，氣候轉暖，冰雪消融，到了震旦紀末期，發生第二次大海浸，海水浸沒達1.6億年之久，一直延續到奧陶紀末期，沉積4000多米厚的淺海相砂頁岩和碳酸鹽岩類，並含有三葉蟲、筆石和海綿等海相古生物化石，沉積了一套淺海相泥矽質和碳酸鹽建造。經奧陶紀末期的“加里東第一幕”造山運動，三清山從此完全脫離海水環境，不再接受沉積。在距今4.4億年前的志留紀早期，雖發生第三次大海浸，但海水僅到達三清山東南角的邊緣部分。2億多年前，三清山結束了長期的海洋歷史，開始進入內陸發展的新階段。1.8億年前，侏羅紀晚期與白堊紀，三清山區域內發生異常強烈的造山運動，即燕山期運動，並伴隨有大規模的酸性岩漿浸入活動，從而奠定三清山構景的地質基礎。中生代是三清山花崗岩成岩、成山的重要時期，也是花崗岩地質、花崗岩地貌、花崗岩生態的奠基時期。此後，又通過新生代的變化，才造就了現今的奇特的花崗岩景觀和獨特的生態系統。
三清山雙面風化殼的演化 三疊世印支運動之後，三清山及其相鄰地區為陸內地勢相對較低的複式向斜。此後，才逐漸形成今日所見的盆嶺地貌格局。
在中—晚侏羅世—早白堊世盆嶺雛形期，由於歐亞板塊與古太平洋板塊相互作用，區內發生了強烈的燕山期陸內造山動動，隨著贛東北深斷裂的陸內俯衝作用，形成了北東向三清花崗岩基，懷玉山脈開始呈擠壓型“坳中隆”式低緩隆起，並逐漸發生弱剝蝕，兩側出現陸相盆地。當時，包括三清山在內的古歐亞大陸與古北美古大陸曾是相連的。
在晚白堊世盆嶺伸展成型期，進入喜馬拉雅期，地殼於造山後，強烈伸展，發生大規模斷塊作用。懷玉山脈急劇隆升，強烈剝蝕，花崗岩體暴露地表，估算剝蝕厚度約4000~5000m。山脈兩側作不均衡斷陷，形成紅色碎屑岩斷陷盆地，北側盆地規模較小，南側信江斷陷盆地規模大，堆積紅色碎屑岩厚度2000~3000m。山體與盆地存在巨大反差。是懷玉山脈主要的形成期。歐亞古大陸與北美古大陸開始分離。在古近紀至新近紀盆嶺緩變期，為地殼強烈伸展後的相對休眠期，山體剝蝕微弱，盆地萎縮，缺失沉積。
在第四紀盆嶺改造期，地殼作波浪狀緩慢抬升，在懷玉山脈上部和近山麓地帶的三清湖喀期特峰林都保留有3級夷平面，信江河谷形成3級階地。從懷玉山山脈、山麓至信江盆地，地殼隆升幅度依次降低。同時沿部分斷裂，發生差異升降作用。三清山受周邊所圍繞的3條正斷裂控制，再次緩慢抬升，在懷玉山脈隆起的背景下，形成“隆上隆”，成為懷玉山山脈的最高峰，也是三清山峰林景觀的造景時期 。
地質構造
區域地層
三清山區域地層自元古宙至第四紀地層均有不同程度的出露。包括有中新元古界的張村群、河上鎮群、南華系、震旦系、古生界、中生界等。
三清山區域大地構造位置圖 中新元古界的張村群，分布於三清山北部地帶，為洋盆島弧型蛇綠混雜岩，岩石組合有淺變質細碧岩、石英角斑岩、火山凝灰質-泥砂質濁流沉積，混雜大量蛇綠岩塊體。新元古界主要分別於三清山的北部地區，其下部為河上鎮群，以淺變質的砂岩、板岩為主夾裂谷型雙峰式火山岩（玄武岩、流紋岩），不整合於張村群之上；中部為南華系海相碎屑岩、冰磧泥礫岩夾灰岩；上部為震旦系矽質岩、碳酸鹽岩。
古生界主要分布於三清山山體周圍及周邊地區，寒武系以碳酸鹽岩為主夾泥、矽質頁岩，底部為黑色頁岩；奧陶系以頁岩為主夾瘤狀灰岩，產豐富的筆石動物化石；志留係為泥砂質碎屑岩；泥盆係為砂礫岩、石英砂岩、粉砂質頁岩，往往不整合於前泥盆系之上；石炭系與二疊係為碳酸鹽岩。中生界以侏羅系和白堊係為主。
三疊系局部分布，中下部為碳酸鹽岩與頁岩、上部為含煤碎屑岩且往往不整合於早期地層之上；侏羅系出露於三清山外圍的中生代盆地的邊緣地帶，下部為淺色砂岩、中部為雜色砂頁岩並產有矽化木化石、上部為陸相火山雜岩；白堊系分布於三清山外圍的中生代陸相盆地內，以紅色及雜色碎屑岩係為主，下部為陸相火山碎屑岩，上部產有恐龍蛋及恐龍骨骼化石。
新生界僅發育第四系，且分布局限，主要分布於溝谷凹地和平地，以沖洪積粘土、亞粘土、砂礫石層或碎石粘土層為主 。
褶皺構造
分布於三清山的北西、北東部，為由南華系—志留系沉積蓋層組成的北東向侏羅山式褶皺。在區域上本期褶皺常被侏羅紀以來的地層不整合覆蓋，故推斷其應為印支期褶皺。主要有:
（1）黃土嶺複式背斜：位於三清山北西部的黃土嶺一帶，屬於區域上的黃土嶺—開化複式背斜的一部份，其軸線走向北東，褶皺向北東傾伏、向南西撒開，區內延長約15km。軸面近直立，兩翼產狀比較紊亂，北西翼產狀較陡，為300~350°∠30~75°，南東翼產狀較緩，為120~150°∠30~60°。核部地層為南華紀地層，翼部地層由震旦紀—奧陶紀地層組成。南翼出露較廣泛，常形成一些次級背向斜構造。
（2）華眉山向斜：分布於三清山的北東部，其軸線走向北東—南西向，其南西端起於懷玉山岩體旁側，北東端經源頭向區域上延伸，軸線走向67°，北西翼略陡，傾角40°~60°，南東翼較緩，傾角30°~50°。核部地層為早奧陶世印渚埠組，翼部由晚寒武世地層組成 。
斷裂構造
三清山花崗岩中的一個斷裂帶 區內斷裂構造非常發育，斷裂方向主要為北東向，其次為北北東向、北西向，從形成時間上來看，北東向斷裂最早形成，其次為北北東向，而北西向斷裂帶最晚形成。主要斷裂構造有正斷層、逆斷層等。主要斷層為楓林—紫湖鎮斷裂帶、小坑—芭蕉塢斷層、芭蕉塢—下西坑斷層，它們均以正斷層性質為，形成斷層谷並把三清山主體部分切割成了一個“三角形斷塊山”。
（1）楓林—紫湖鎮花崗岩斷層：位於三清山東南部，由數條呈北東50°~60°延伸斷層所組成，傾向南東，傾角60°。北西盤上升，南東盤下降。沿斷層見有早期剪下活動形成的劈理化帶、片理化帶和後期活動形成的斷層角礫岩帶，寬10~40m，為一多期活動斷裂，沿斷層為溝谷水系。如線狀沖溝、“膝”狀延伸的水系等。
（2）鵝公嶺—下西坑花崗岩斷層：位於三清山東—北東部，走向北西，傾向北東，傾角65°~70°，其南西盤上升，北東盤下降。斷層面發育片理化花崗岩、構造角礫岩，岩石強烈矽化，礦物重結晶，見石英晶簇和瑪瑙。沿斷層形成斷層谷地貌，在其南東段還斷斷續續可見矽化帶形成的斷層崖。
（3）小坑—芭蕉塢花崗岩斷層：位於三清山北西部，走向北北東，傾向北西，傾角70°，切斷了北東向斷層，其南東東盤上升，北西西盤下降。順斷層發育構造角礫岩、矽化岩、碎裂岩。沿主斷層走向形成斷層谷地貌 。
岩石構成
三清山岩體情況 三清山地區岩漿岩活動較頻繁，岩漿岩分布較廣泛，其岩漿岩主要為 超酸性侵入岩，即燕山晚期形成的三清山花崗岩體（屬懷玉山岩體的一部分），構成了三清山的主體。三清山花崗岩體位於三清山山體的中心部位，其平面形態呈不規則狀，在山體內出露面積約98km 。花崗岩侵入於黃土嶺複式背斜南翼的南華紀—奧陶紀地層中，呈岩基、岩株狀產出，侵入接觸界線不規則，呈波狀、港灣狀或枝叉狀，接觸面產狀傾向圍岩。內接觸帶見1~3cm寬的緻密堅硬的細晶冷凝邊，岩體中殘留頂蓋常見，為淺剝蝕程度。外接觸帶具較強的熱接觸變質作用，形成寬500~2000餘米的熱接觸變質暈。岩體內原生流動構造不發育，繼承性脈岩發育，主要有花崗細晶岩、偉晶岩、花崗斑岩、閃長玢岩及輝長輝綠岩脈等。岩體內常見較多大小不等，形態不規則的暗色礦物相對富集閃長質包體。圍岩蝕變主要有矽卡岩化、矽化及綠泥石化等。岩體主要礦物成分為鉀長石、斜長石、石英、黑雲母等。
三清山花崗岩體內，常見有較多大小不等，形態不規則的暗色礦物相對富集的閃長質包體。花崗雜岩體明顯受北東向斷裂構造控制，但岩體的侵入接觸界線不規則，岩體中殘留頂蓋發育，外接觸熱變質帶出露寬度較大，原生流動構造不明顯，岩石的氧化係數平均為0.47。花崗岩基中的主體侵入期岩體分為三個相帶，邊緣相為細粒似斑狀鉀長花崗岩，過渡相為中粒至中粗粒似斑狀鉀長花崗岩，中心相僅見於溝谷中為粗粒似斑鉀長花崗岩，且圍岩殘留頂蓋較多，說明岩體剝蝕程度淺。花崗岩的侵位深度估算為4000~4500m。
• 岩性岩相
三清山花崗岩的主期侵入體可劃分為三個相帶，即：
邊緣相：岩性為細粒（微細粒—含斑）斑狀黑雲二長花崗岩；
過渡相：岩性為中細粒斑狀黑雲鉀長花崗岩；
內部相：岩性為中粗粒斑狀黑雲鉀長花崗岩。
三個相帶在平面上並未構成同心環狀形態，尤其是內部相成不規則狀分布，這是由於岩漿上侵過程中區內構造應力場變化較大、岩漿冷凝結晶的環境較動盪，加上地殼上升後，地形切割程度和剝蝕程度的不均一性造成的。
• 花崗岩體內部構造
在三清山花崗岩體的內部，主要發育兩組方向的垂直節理，其一為北東—北北東走向、其二為北西走向，二者構成棋盤格式的組合方式。這些節理裂隙構造均具張—剪性特徵，密度稀，強度大，延伸長，切割深，呈帶狀產出，是三清山花崗岩成景的主控改造。另外區內還發育一組近水平節理，它們共同組成的裂隙網路，經沖刷剝蝕風化作用，形成各種造型獨特的景觀。節理的構造形跡在大多數的峰林景觀中均可見及。前者自南西往北東，整體走向具有由收斂至撒開的趨勢，在巨觀上形成似帚狀產出，發育規模較大，在空間上往往呈帶狀展布，是控制西部峰牆（西海重牆、九天長城等）和南部峽谷（福壽門、一線天等）的主要構造。後者總體走向北西向，往南東部略轉向近南北，其規模自北往南逐漸加大，且呈帶狀產出，是控制中部峰柱、南東部峰牆及部分峽谷的主要構造。另外花崗岩中還發育一組近水平節理，是造型石景的主控構造，即峰牆、峰柱等景觀經水平節理切割和風化剝蝕沖刷作用，形成各種造型獨特的景觀 。
地形地貌
地貌類型
三清山的山勢是東、南、西三面陡峻，北面平緩，地勢高差很大。從整體看，東坡從金沙至玉京峰，西坡從橫坦、汾水至玉京峰，恰為兩個相靠的凹球面，它們與南部的凸球面合成高聳入雲、層巒疊峰的奇特地貌。東坡比西坡平緩，南坡又比東坡平緩。組成三清山主體的岩石為燕山晚期花崗岩，其中邊緣相和過渡相的花崗岩是構成三清山峰巒的主要岩石，近谷底則多為內部相的中粗粒斑狀、似斑狀黑雲母花崗岩，因其極易風化剝蝕，故多形成稍緩地形。
• 地貌形態
三清山地貌基本形態可分為山地和丘陵兩種類型，其中的山地又可分為中山和低山兩個亞類，丘陵又可分為高丘和低丘兩個亞類。
• 成因類型
根據地貌發育的主營力，三清山地貌成因類型為構造侵蝕和流水侵蝕地貌，又可分為4種類型，即構造侵蝕中山地貌、構造侵蝕低山地貌、流水侵蝕剝蝕高丘地貌、流水侵蝕剝蝕低丘地貌 。
單元區劃
• 地貌形態類型單元區劃
三清山式地貌示意圖 若以形態量計（比高和發布面積百分數）特徵為劃分依據，可將三清山花崗岩地貌劃分為以下4種地貌區：
（1）強烈中切割中山地貌區：以玉京峰為中心，從其南西的雲蓋峰一直延伸至其北東的大塢頭一帶均屬此地貌區，海拔1000~1800m，1000m以上的山峰也占到山體總面積的1/3，切割深度數百米至千餘米，切割程度>50%。
（2）強烈淺切割低山地貌區：鵝公嶺-王山、上橫坦—大源塢、酒盞地-上西坑等地均屬此地貌區，海拔500~1000m，切割深度100~500m，切割程度達50%。
（3）微弱淺切割高丘地貌區：分布於楓林、中坑、雙溪、汾水等地，海拔300~500m，只有少數山頭超過500m，切割深度100~200m左右，切割程度
