解釋一：構效關係指的是藥物或其他生理活性物質的化學結構與其生理活性之間的關係，是藥物化學的主要研究內容之一。
狹義的構效關係研究的對象是藥物，廣義的構效關係研究的對象則是一切具有生理活性的化學物質，包括藥物、農藥、化學毒劑等。
最早期的構效關係研究以直觀的方式定性推測生理活性物質結構與活性的關係，進而推測靶酶活性位點的結構和設計新的活性物質結構，隨著信息技術的發展，以計算機為輔助工具的定量構效關係成為構效關係研究的主要方向，定量構效關係也成為合理藥物設計的重要方法之一。
解釋二：藥物的化學結構與藥效的關係。
根據藥物的化學結構對生物活性的影響程度，巨觀上將藥物分為非特異性結構藥物和特異性結構藥物。前者的生物活性與結構的關係主要是由這些藥物特定的理化性質決定的。而多數藥物，其化學結構與活性相互關聯，藥物一般通過與機體細胞上的受體結合然後發揮藥效，這類藥物的化學反應性、官能團分布、分子的外形和大小及立體排列等都必須與受體相適應。
