中國海洋微生物菌種保藏管理中心（MarineCultureCollectionofChina,MCCC）成立於2004年，掛靠於國家海洋局第三海洋研究所，是專業從事海洋微生物菌種資源保藏管理的公益基礎性資源保藏機構，負責全國海洋微生物菌種資源的收集、整理、鑑定、保藏、供應與國際交流。該中心依託於國家海洋局海洋生物遺傳資源重點實驗室，中心與實驗室在海上調查、新資源採集、套用潛力評估、資源共享與平台建設等方面開展了大量工作。
從2004起本中心作為牽頭單位承擔了科技部“海洋微生物資源整理、整合與共享試點”項目，整合了包括國家海洋局第三海洋研究所、國家海洋局第一海洋研究所、中國極地科學研究中心、中國海洋大學、廈門大學、香港科技大學、青島科技大學、山東大學威海分校、華僑大學、中山大學等10家涉海科研院所在內的近海、深海與極地的微生物菌種資源。初步建立了我國第一個具有代表性的海洋微生物菌種保藏管理中心，具備了微生物菌種的保藏、管理與服務的基本功能。
海洋是微生物資源的寶庫，有大量的新資源等待開發。海洋微生物在新型活性物質篩選、工業用極端酶與生物催化劑開發以及污染物生物治理等各方面有重要的套用前景。MCCC設有冷凍真空乾燥菌種保藏庫、液氮凍結菌種保藏庫和超低溫冰櫃凍結菌種保藏庫。目前庫藏海洋微生物2.1萬株，其中細菌933個屬3491個種；酵母43個屬，141個種；真菌123個屬，251個種。MCCC海洋菌種資源種類新穎多樣，套用潛力巨大。從分離的海域看，已經涵蓋了國內海洋微生物的所有的分離海域和生境，來源多樣，除了我國各近海，還包括三大洋及南北極。有較多的嗜鹽菌、嗜冷菌、活性物質產生菌、重金屬抗性菌、污染物降解菌、模式弧菌、光合細菌、海洋放線菌、海洋酵母以及海洋絲狀真菌等等，而更多菌的資源價值還有待深入研究。
MCCC為國內科研院所以及檢驗檢疫等部門提供各種菌種服務，包括資源共享與委託保藏。此外，作為WFCC（WorldFederationforCultureCollections）成員，可為海洋微生物新物種發表提供菌種保藏證明。
