CPO作為一種單體存在於pH值為中性的溶液中,分子量約為42kDa。它是一種血紅素糖蛋白質,大約含有25%—30%的糖類化合物,以氨基葡糖和阿拉伯糖為主。在胺基酸組成成分上以天冬氨酸、谷氨酸、絲氨酸和脯氨酸殘基為主,約占胺基酸總量的45%,還有25%—35%為非蛋白質。CPO的輔基是高鐵(IX)原卟啉,與過氧化物酶超級家族中的其它成員相似。然而,大量研究表明,CPO在結構和催化活性上與普通的血紅素過氧化物酶有較大的差別。CPO中鐵卟啉環上的第五軸向配體是半胱氨酸的硫原子,而不是在大多數血紅素過氧化物酶中發現的組氨酸的氮原子。而且CPO是以谷氨酸而不是組氨酸來作遠端酸鹼催化成分。這兩個特點是明顯有別於其它過氧化物酶的地方[。CPO獨特的活性位點結構在已知的血紅素過氧化物酶中是套用範圍最廣的生物催化劑。它既有血紅素過氧化物酶的活性,還有過氧化氫酶和細胞色素P-450的活性。
