人類CD44基因位於11號染色體短臂，全長約50kb，共由20個高度保守的外顯子組成，每個外顯子長度70-210bp不等，中間由長短不一的內含子分隔。CD44基因的20個外顯子按照轉錄方式不同可分為組成型外顯子（C）和變異型拼接外顯子（V）兩大類。組成型外顯子共有10個，存在於所有轉錄產物之中。僅含由組成外顯子的CD44轉錄子稱為標準CD44（CD44S），其編碼產物由361個胺基酸組成，該蛋白質有4個功能區。成熟CD44蛋白無信號肽區，預計分子量37.2KD，經過翻譯後糖基化等加工，CD44S蛋白質分子量可達80-90KD，這種蛋白質可與組織間隙中微靜脈末端的高柱狀內皮細胞表面的透明質酸結合，在淋巴細胞回歸到黏膜和引流淋巴結中具有重要作用。變異性拼接外顯子也有10個，位於第5、6組成型外顯子之間，總長1245bp，含有變異性拼接外顯子的CD44轉錄子稱為CD44V。CD44V轉錄方式十分複雜，可連續性轉錄，也可跳躍性轉錄，參加拼接的外顯子可多可少，從而使轉錄片段長短不一。
CD44蛋白的主要功能可歸納為：（1）介導淋巴細胞與毛細血管後小靜脈中的高柱狀內皮細胞結合，使淋巴細胞穿過血管壁回到淋巴組織；（2）參與淋巴細胞的激活過程；（3）與細胞外基質中的透明質酸、層粘連蛋白等基質分子結合；（4）能與細胞骨架蛋白結合，參與細胞偽足形成，並與細胞的遷移運動有關。
CD44與腫瘤侵潤轉移關系的研究已有大量報導。已在人類各種惡性腫瘤的研究中發現CD44S普遍存在，CD44V在惡性腫瘤組織中陽性表達率高低不一但陽性表達者較易發生脈管浸潤和遠處轉移，陽性表達者無瘤生存期短，生存率低，預後差。
近年來有研究表明CD44v6可能是β-cat-TCF/LEF複合體的靶基因。對其與腫瘤轉移關係的研究報導較多。廣西醫科大學韋敏怡、張增鋒等用免疫組化SP法檢測了81例鼻咽癌組織中CD44v6蛋白產物。結果CD44v6表達率為72.8%。51例頸淋巴結轉移陽性組CD44c6蛋白表達率（82.4%）高於30例陰性組（56.7%）(P<0.05)。表明CD44v6基因在鼻咽癌淋巴結轉移過程中起重要作用，CD44v6基因的表達可作為臨床預測淋巴結轉移和估計預後的重要指標。
