預賽階段
預賽時間：5月5日-9月29日
南區
| 排名 | 球隊 | 勝 | 平 | 負 | 進球 | 失球 | 淨勝球 | 積分 | 備註 |
| 1 | 四川 | 8 | 3 | 1 | 22 | 7 | +15 | 27 | 進入決賽階段半決賽 |
| 2 | 安徽九華山 | 7 | 2 | 3 | 17 | 11 | +6 | 23 | 進入決賽階段第一輪 |
| 3 | 湖南湘濤 | 4 | 4 | 4 | 8 | 6 | +2 | 16 | 進入決賽階段第一輪 |
| 4 | 廣西天基 | 4 | 4 | 4 | 14 | 14 | 0 | 16 | 進入決賽階段第一輪 |
| 5 | 寧波華奧 | 4 | 3 | 5 | 11 | 14 | -3 | 15 | |
| 6 | 蘇州趣普士 | 4 | 1 | 7 | 7 | 17 | -10 | 13 | |
| 7 | 廣東日之泉佛山傳媒 | 2 | 1 | 9 | 11 | 21 | -10 | 7 |
北區
| 名次 | 球隊 | 勝 | 平 | 負 | 進球 | 失球 | 淨勝球 | 積分 | 備註 |
| 1 | 上海東亞 | 9 | 3 | 2 | 30 | 12 | +18 | 30 | 進入決賽階段半決賽 |
| 2 | 新疆體彩 | 8 | 4 | 2 | 27 | 15 | +12 | 28 | 進入決賽階段第一輪 |
| 3 | 天津東麗奧瑞克 | 7 | 3 | 4 | 22 | 15 | +7 | 24 | 進入決賽階段第一輪 |
| 4 | 天津火車頭泰利達 | 7 | 2 | 5 | 21 | 11 | +10 | 23 | 進入決賽階段第一輪 |
| 5 | 呼和浩特濱海 | 4 | 6 | 4 | 19 | 19 | 0 | 18 | |
| 6 | 杭州三超 | 5 | 3 | 6 | 18 | 20 | -2 | 18 | |
| 7 | 鎮江中安 | 3 | 3 | 8 | 12 | 23 | -11 | 12 | |
| 8 | 青島黎明 | 0 | 2 | 12 | 7 | 41 | -34 | 2 |
中國大學生足球聯賽晉級球隊
| 冠軍 | 三峽大學 | 進入決賽階段第一輪 |
| 亞軍 | 山東大學 | 進入決賽階段第一輪 |
決賽階段
第一輪
| 首回合 | 11月10日 | 新疆體彩 | 0-1 | 廣西天基 |
| 首回合 | 11月10日 | 湖南湘濤 | 1-0 | 山東大學 |
| 首回合 | 11月10日 | 天津東麗奧瑞克 | 1-0 | 三峽大學 |
| 首回合 | 11月10日 | 安徽九華山 | 1-0 | 天津火車頭泰利達 |
| 次回合 | 11月12日 | 三峽大學 | 3-1 | 天津東麗奧瑞克 |
| 次回合 | 11月12日 | 天津火車頭泰利達 | 1-1 | 安徽九華山 |
| 次回合 | 11月12日 | 廣西天基 | 1-0 | 新疆體彩 |
| 次回合 | 11月12日 | 山東大學 | 2-0 | 湖南湘濤 |
第二輪
| 首回合 | 11月14日 | 廣西天基 | 2-0 | 山東大學 | 安徽九華山 | 0-0 | 三峽大學 |
| 次回合 | 11月16日 | 山東大學 | 2-1 | 廣西天基 | 三峽大學 | 1-2 | 安徽九華山 |
半決賽
| 首回合 | 11月20日 | 廣西天基 | 0-4 | 四川 | 安徽九華山 | 1-1 | 上海東亞 |
| 次回合 | 11月22日 | 四川 | 3-1 | 廣西天基 | 上海東亞 | 2-1 | 安徽九華山 |
季軍賽
| 首回合 | 11月24日 | 廣西天基 | 1-2 | 安徽九華山 |
| 次回合 | 11月25日 | 安徽九華山 | 0-1 | 廣西天基 |
| 加時賽 | 11月25日 | 安徽九華山 | 3-0 | 廣西天基 |
決賽
| 決賽 | 11月25日 | 上海東亞 | 2-1 | 四川 |
