清鹹豐二年（1852年），龔繼昌在廣西投奔清軍楚勇將領劉長佑，為鎮壓李秀成的太平軍，先後轉戰於湖北、江西、安徽等省。後隨曾國藩的湘軍席保田部轉戰江西、湖南、雲南、貴州數省，因在貴州金溪、崇仁等地立下卓著戰功，被提升為游擊加參將銜，並在城步一、二、四都招兵百餘人入其部。同治三年（1864年），龔繼昌在貴州生擒太平天國領袖洪秀全之子洪福?，翌年被賞換花翎加提督銜，且全家均受誥封。
同治六年（1867年），貴州鹹同起義苗軍攻打會同，守將龔繼昌領兵迎擊，苗軍敗走。此後，他又在貴州施洞等處執行清廷“擒渠掃穴犁庭”政策，大肆鎮壓苗民起義軍，劫掠銀兩無數。同治十年（1867年）冬，他在貞豐殺害苗軍首領岩大五。次年，在烏鴉坡之戰擒獲苗民起義領袖張秀眉、楊大六，鹹同起義的苗軍盡被其剿滅。鹹同起義苗軍被其鎮壓後，龔繼昌被清廷加授貴州鎮遠府總鎮，賞雲騎蔚世襲。授湖北鄖陽總兵後，湖南巡撫上奏將其留下統帶西路防營兼長勝水師，駐守辰沅，同治十三年（1874年），赴鄖陽任助修堤工。
龔繼昌從貴州帶兵回家時，沿途逢山開路，遇水架橋，所築綏寧關峽、茶江一帶經楓木界至城步西岩的青石通道至今猶存。光緒元年（1875年），龔繼昌為踐行其諾言，不惜萬金，委呂贊臣督修了城步縣城南端的巫水河石墩風雨橋，並將其取名“榮昌橋”。
光緒十五年（1889年），又捐資修建城步文廟（即孔聖廟），以播儒家風氣。同年，城步大飢，他從辰沅運米到縣內賑災，生人給棉衣，死者給棺材。但也在同一年，龔繼昌因與一官僚爭奪妻妾而埋下禍根，後被對方告為貪官，於光緒十五年冬被清廷處斬，終年58歲。
