家族起源
龍亢桓氏本為齊人，是齊桓公的後裔，以齊桓公諡號命氏。西漢中期，桓榮的六世祖遷入譙國龍亢。西漢末年，桓榮自洛陽跟隨朱普學習《歐陽尚書》，後被漢光武帝任命為議郎、太子少傅、太常。漢明帝繼位後，為感謝老師，拜桓榮為五更、關內侯。桓榮之後，其子孫承襲家業，累世傳襲《尚書》，成為經學世家。
晉元帝時期，散騎常侍桓彝子五人均典要職，尤以桓溫、桓沖二人為代表。桓溫消滅成漢後，名聲震主，地位隆高，成為一代權臣；桓沖接掌桓溫權位時，由於性格較溫和，未有以權臣的姿態凌駕皇室，但其朝中地位同樣崇高。桓溫之子桓玄後來更曾篡奪皇位，建立桓楚，改元永始，幾乎覆滅東晉。但桓楚政權不得人心，未達兩年而遭劉裕等人擊潰，桓玄死後其堂弟桓謙奉還國璽於晉室，《晉書》再以桓石綏之死，標誌著桓楚政權的滅亡。桓楚敗亡後，桓氏家族亦走向沒落。
另外，三國時期曹魏大司農桓范亦為沛國人士，但由於史籍上未有記載其是否龍亢人士，故此未能肯定他是否龍亢桓氏的一脈，姑且存疑。
家族簡介
龍亢桓氏是譙國桓氏的一支，是中國東漢初年興起的一個世族，自桓榮習《歐陽尚書》後成為著名經學世家，桓榮、桓郁、桓焉祖孫三代曾為漢明帝、漢章帝、漢和帝、漢安帝、漢順帝五代皇帝的老師。東晉初年，譙國桓氏再度以軍功崛起，在政壇上與琅琊王氏、陳郡謝氏分庭抗禮，桓玄甚至一度篡奪了東晉的帝位。桓玄失敗後，譙國龍亢桓氏徹底衰落，其支族譙國銍縣桓氏則一直延續到唐朝。
桓姓源出有四：一是出自姜姓。春秋五霸之首齊桓公，他的庶子稱為桓族子弟，後來以桓為姓，稱桓氏。二是源出於子姓。宋桓公有個兒子叫公子肸（xī），字向父，向父的後人稱為向氏，是宋國執政公卿之一。向氏子孫眾多，又分出其他姓氏。向戍有曾孫叫魋（tuí），在宋景公時任司馬，以宋桓公的諡號為姓，亦稱桓氏。三是由北魏桓侯氏簡化而來。周代晉國（姬姓）、杞國（姒姓）、曹國皆有桓侯，其後裔有桓侯氏，簡稱桓氏。四是據《魏書·官氏志》說，後魏鮮卑族複姓烏丸氏，原為烏桓國之王族烏桓氏，進入中原後改為漢族單姓桓氏。東晉桓氏乃是『孤微發跡』，寒門無世譜，世系難詳，引起時人許多議論。後世子孫也力圖隱蔽桓氏家世，這一切正因為桓氏乃是出身『刑門』，就是有犯罪前科的家族。
桓溫
刑門之餘
桓溫，字元子，譙郡龍亢人（今安徽懷遠縣西北龍亢集）。桓溫的六世祖就是三國時的桓范。桓范是魏大將軍曹爽的智囊，在高平陵之變後被司馬懿所殺。曹魏嘉平元年（249年）桓范預於曹爽之獄而被誅夷。司馬懿處置曹爽一黨，手段極其殘忍。《晉書》卷一《宣帝紀》曰：“誅曹爽之際，支黨皆夷及三族，男女無少長、姑姊妹女子之出閣者，皆殺之。”由於桓范被誅，桓氏成為刑家，因而在逃子孫力圖隱蔽桓氏家世。司馬氏子孫，也是非常避忌誅曹爽一案的，魏晉載籍當然也不敢盡其詞。隨著時間的推移，洞悉嘉平之獄實情的人越來越少，桓范事跡也越來越湮沒無聞於世。所以，桓溫以滿門抄斬劫後之餘出仕晉廷，與司馬氏積有累世之怨，這是否可以說明以後桓溫的一些作為？
桓溫的父親是東晉宣城太守桓彝。桓彝本人，一直心忠晉朝。因平定王敦之亂而上升為與郗鑒、溫嶠、庾亮等名望相近的名臣，深受明帝信任。蘇峻之亂，兵弱民寡的桓彝毅然赴難，當其時，周圍郡縣守令大多投降或“偽降”，桓將軍誓言“義在致死”，終於力屈城陷，為蘇峻所殺，時年五十三歲。
桓溫少年時乃是一少年無賴。桓家家貧，而桓溫卻喜歡賭博，有一次輸慘了，債主逼得緊，桓溫走投無路，只好去求擅長賭博的表兄袁耽。袁耽當時正在服喪，桓溫本來擔心他不答應，不料袁耽大聲說好，對桓溫說，你到時候只管大聲喊就行了，包你贏。於是急匆匆地換掉喪服，興沖衝出去後才發現喪帽還戴在頭上，於是把喪帽藏在懷裡。債主見來了個毛頭幫手，不以為然，說：“你總不會就是傳說中的袁眈吧！”
當下擺開賭局。袁耽邊賭邊大呼小叫，旁若無人，加上桓溫在旁大喊助陣，債主被詐唬得不行，很快就輸了上百萬，袁耽見賺夠了，於是從懷裡取出喪帽扔向債主，得意地說：“你難道真的認識袁耽？”
桓彝戰死改變了桓溫，勤王犧牲是聲名提高了，可是家道又中落了。桓氏家世不顯，渡江又晚，在東晉看重門第的社會風氣下不免壓抑。桓彝憑著自己的努力終於在政治上躋入了上層，但是其家族地位並沒有得到世家大族如琅琊王氏的認同。桓溫兄弟家貧無援，母親生病要以羊為藥引，竟也無力購買，結果把幼弟桓沖典押給賣主，才換得一頭羊，此情此景讓浪子桓溫在一夜間成熟。
桓彝被殺時，桓溫年僅十五歲。由於知道殺害父親有涇縣縣令江播參與，桓溫“枕戈泣血，志在復仇”。三年過後，江播病死，他三個兒子害怕桓溫來鬧喪，在靈堂迎接弔孝來人時也在杖中暗藏利刃，以備不測。嚴密如此，仍無法躲避復仇心切的桓溫。這位青年人身著素白衣衫，佯稱是弔客，混進靈堂，突然之間於衣中抽出刀來，把驚嚇得瞠目結舌的江播長子江彪一刀捅死在當地。
接著，他又猛追倉皇逃散的江播另外兩個兒子，一刀一個，把江氏三兄弟盡數殺死，終於替父報仇，片刻之間就使害父仇人江播成了絕戶。正是此種為父報仇的剛烈勇猛，為桓溫在當時贏得了至孝、猛毅的良好聲名。
桓溫之父桓彝生前與國舅庾亮是好友，桓溫本人也與庾亮之弟庾翼相交甚密。明帝時，庾翼作為太子舅氏，就向皇帝極力推薦這位好友：“桓溫少有雄略，願陛下勿以常人遇之，常婿蓄之，宜委以方召之任，托其弘濟艱難之勛。”才氣、名氣、運氣，可以說在青年時代的桓溫身上全都匯聚在一起了。既有手刃仇人三子的孝義之舉，又是忠良之後，東晉明帝選女婿，自然把此等人物作為首選。桓溫二十出頭，便娶明帝愛女南康公主為妻，拜駙馬都尉，襲其父爵。一入龍門，節節高升，很快就“除琅琊太守，累遷徐州刺史”。
荊州老兵
桓溫娶得南康公主，但其家族地位仍沒有根本改變。謝奕與桓溫是布衣之交，做了桓溫的司馬，曾經在宴會上逼桓溫喝酒，桓溫不勝酒力，急忙迴避，謝奕就抓住桓溫帳下的一名軍官共飲，戲謔道：“失一老兵（指桓溫），得一老兵。”魏晉時代兵卒身份低下，兵成為對人侮辱的稱呼，“凡奮身行伍者以兵與卒為諱”。
桓溫與當時名士區別頗大。按照劉惔的說法，他的樣子是“鬢如反蝟皮，眉如紫石棱”（鬢毛像刺蝟刺那樣硬而四向豎起，眉毛像紫石英稜角那樣剛健分明）。桓溫的個人喜好，也與當世士族名士有所不同。史書記載，桓溫與殷浩、劉惔清談不勝，心下鬱悶，於是上馬持槊來回賓士，還有意將槍頭指向殷、劉，搞得他二人心驚膽顫，而桓溫卻感到大為解氣。還有一次，某日大雪，桓溫出獵，先去拜訪老友，劉惔見桓溫一身戎裝，持刀握棒，一副刺眼的武夫樣子，就趁機諷刺道:“老賊欲持此何為？”，桓溫笑道：“我不為此，卿安得坐談乎？”
桓溫行政寬和，連他自己的兒子都不理解。有一次他杖責屬下，刑杖只是從官服上掠來掠去，碰巧被他的第三個兒子桓歆看見，就諷刺說，這受杖簡直是“上捎雲根，下拂地足”，就是打不到身上。桓溫也不生氣，還說這還嫌刑罰重了。
還有一次，他曾經派部下羅含檢查屬下謝尚，結果部下在謝尚那兒喝了幾天酒就回來了，什麼也沒幹。桓溫詢問檢查報告，羅含反問道：“不知道您認為謝尚是什麼樣的人？”桓溫回答說：“比我強。”羅含就說：“比您強的人怎么會做壞事呢？所以我什麼都沒問。”桓溫一笑了之，也未計較。
另外，桓溫為人深沉而多情。一次進軍途中，有人抓了一隻小猿猴，它的母親尾隨船隊，一路悲號，行百餘里不去，終於趁船隊靠岸的時候跳上了船，卻已經精疲力竭，當即氣絕。解剖後發現腸子都斷成一節節了，這就是所說“肝腸寸斷”的來歷。桓溫聽說後大怒，下令將肇事者趕出軍隊。
還有一例，在一次宴會上，一位參軍吃蒸薤，蒸薤黏在一起夾不起來，同坐的人不肯幫忙，終於連筷子都黏住了，滿堂鬨笑。桓溫卻面色沉重，說：“同盤尚不能相助，況復危難乎？”下令罷免同坐之人的職務。
西滅成漢
荊州刺史庾翼死後，各路門閥競相爭奪荊州地區，朝廷出於權力上的平衡，想推舉出一位遠非豪門望族的人來接替庾翼，恰好桓溫適合這個條件。庾翼自己當初也沒有想到，他所竭力舉薦的桓溫，後來會占了自己兒子的位置。朝廷詔下，以桓溫為都督荊梁四州諸軍事、安西將軍、荊州刺史、領護南蠻校尉。如此，命世英雄終於有了施展雄心和抱負的人、財、力、地。
桓溫得以進入荊州地區，但是憑他那時的威望，遠不能站穩腳跟，各大士族也仍然輕視他。待到桓溫冒險西進，一舉攻滅西蜀成漢政權，才牢固地掌握住了荊襄這塊地盤，聲望才有所改善。
永和二年（346年），割據今四川大部、雲貴局部的成漢發生了一樁變故。成漢大臣李奕起兵反叛，應者雲集，很快就打到成都。要不是李奕在成都城外被戲劇性的射死，成漢君主李勢的皇位就做到頭了。不過李奕的猝死也只延緩了李勢幾個月的皇帝生涯而已，因為在荊州虎視眈眈的桓溫從這次事件中嗅到了契機，於永和二年（346年）十一月辛未，率領7000精卒，沿長江西上，開始了滅蜀之役。
永和三年（347年）二月，桓溫軍隊到達成都南100多公里的青衣江。李勢這才反應過來，但他派出的三支軍隊陸續被桓溫擊潰。於是孤注一擲，集合殘餘兵力出戰。決戰在成都城外爆發。成漢軍隊的攻勢相當激烈，桓溫軍隊前鋒受挫，參軍龔護戰死，流矢險些射中桓溫馬頭。桓溫下令撤退，這時候奇蹟發生了，鼓吏在驚慌之下，錯把退兵鼓擊成了進兵鼓，晉軍士氣被再次鼓舞，終於大破成漢軍隊，桓溫軍隊長驅直入，一直追逐到成都城門下，放火焚燒城門。蜀人鬥志崩潰，李勢徹底絕望，反綁自己，攜帶棺材，赴晉營投降。成漢覆滅。
伐蜀之役是晉朝南渡來第一次滅掉割據政權，這證明了桓溫的確是第一流英雄。但成都決戰時桓溫下令退兵的決定，實在是致命錯誤。晉軍只攜帶了三日糧草，桓溫退兵的命令一旦執行，成都難免久攻不下，晉軍很快就會絕糧，全師而退的可能性也微乎其微。
桓溫的這一失誤反映出了他性格的一面：謹慎持重，難於冒險。在桓溫力量顯著優勢的時候，這種性格並無害處，甚至可以確保他的成功。但是一旦敵我勢力在伯仲之間，這種性格就會成為弱點，制約他的成功，讓他往往在距成功一步之遙的地方受挫。
北伐中原
北方五胡政權後趙石氏衰落，皇帝石虎死後，其部下冉閔叛亂，北方大混戰爆發，東晉荊揚相持的僵局鏇即被打破。桓溫從北方的變故中覺察到了契機，準備經略北方。
東晉朝廷一向擔心桓溫在征伐中壯大，當年桓溫伐蜀時就有爭議。現在桓溫北伐在即，所以不難想像中樞對桓溫北伐的極力反對，然而，阻撓恢復故土，從道義上無論如何說不過去。唯一的變通方法，便是由朝廷一方親自北伐。
朝廷於是以褚裒自京口搶先出師北伐，以拒桓溫要求。但褚裒鏇即敗歸，慚憤而死，使桓溫少了一個可以與自己抗衡的對手。
褚裒死後，朝廷士人領袖殷浩親自經營北伐。他只是聯絡北方降胡，虛張旗幟，並不急於出軍。於是桓溫於永和七年冬率師自江陵下駐武昌，聲稱北伐，又似東進，逼朝廷表明態度。朝廷一方面以書止桓溫軍，一方面催殷浩興師北伐。殷浩北伐終以前鋒姚襄倒戈而徹底失敗。朝廷不但喪失了可以制約桓溫的實力，也丟掉了北伐旗幟。
朝廷北伐力量消耗已盡，能夠北伐的，只有桓溫一人。桓溫必須真正投入兵力進行北伐戰爭而不是虛聲威脅，才能以戰爭的成果進一步改善自己的處境，提高影響建康政局的能力。所以在永和十年（354年）二月，桓溫第一次北伐之師就上路了。
永和十年（354年），桓溫深入前秦腹心之地，在藍田兩次擊敗前來攔截的五萬秦軍，直逼秦都長安。當地的耆老感泣曰：“沒想到今日又見到官軍了！”後來苻堅採取堅壁清野的策略，桓溫軍糧不繼，只得退走。雖然在撤退時遭到秦軍的全力追襲，桓溫最後還是帶了中原3000餘居民回來。
歷來都認為當時長安苻堅不過5000餘士卒，桓溫不應退走，應該攻下長安，伐秦的最終失利，桓溫的徘徊灞上難辭其咎。
當時王猛入見，他身穿麻布短衣，徑投桓溫大營求見。桓溫請王猛談談對時局的看法，王猛在大庭廣眾之中，一面捫虱(捉掐虱子)，一面縱談天下大事，滔滔不絕，旁若無人。桓溫見此情景，心中暗暗稱奇，脫口問道：“我奉天子之命，統率十萬精兵仗義討伐逆賊，為百姓除害，而關中豪傑卻無人到我這裡來效勞，這是什麼緣故呢？”王猛直言不諱地回答：“您不遠千里深入寇境，長安城近在咫尺，而您卻不渡過灞水去把它拿下，大家摸不透您的心思，所以不來。”桓溫“嘿然無以應”。可見桓溫此時已失去當地居民的支持，晉軍缺糧問題變成了致命問題，並最終導致伐秦失敗。
由是人們推斷桓溫北伐不過是為了擴張個人威望“以功名鎮服江東”。其實仔細分析一下他的當時處境，桓溫的策略可能是直搗敵人國都，使對方喪膽失措，待敵方內部生變，外有中原故老接應，就可趁機取勝。可是當他發現苻秦內部矛盾不激烈，當地的百姓又覺得苻秦政權比前趙要溫和許多，加上苻堅堅壁清野，斷絕了晉軍的糧食補給，形勢就複雜了。桓溫害怕面對倍於我，而又為保國守土而戰的秦軍，如果貿然闖入長安，就有可能被困死在城中。
所以，桓溫不進長安，說是為了“以功名鎮服江東”，這是一種猜測而已，王猛的那番對話很可能是後來史官虛構的，不進長安應該還有桓溫軍事上的慎重。所以，後來人不理解時人的處境，空發議論。但桓溫隨後的應對措施實在是消極的，說桓溫的“過於”持重就在此處，王猛離他而去，不是因為桓溫有做亂臣賊子的野心，而正是看透他永遠不會真正成功。
桓溫退回荊州之後，很快便恢復了元氣。此時，羌豪姚襄降而復叛，北返中原，取得了許昌至洛陽之間一大塊地盤。同時，前秦和前燕正受內亂困擾，桓溫看到這正是進軍河洛一帶的大好機會。
為此，桓溫十餘次上表要求進軍黃河，還都洛陽，朝廷卻都不允許。此時建康城中的君臣，早已忘記當初剛剛建國時“唯有蹈節死義，以雪天下之恥”的誓言一心偏安江東。不過姚襄忘恩負義地叛去，有失朝廷顏面，所以還是讓桓溫當上征討大都督，去討伐姚襄，這就是他的第二次北伐。
桓溫進軍到洛陽附近，與姚襄隔水而戰，把姚襄打得大敗。隨即進駐洛陽，拜謁了先皇陵墓，把遭破壞的靈寢都修繕好，派專人看管。這是東晉立國之後，晉軍第一次也是唯一一次回到故都。但是一心偏安的東晉君臣不敢也不願返回故地，桓溫只能徒然嘆息：“廢神州於龍漠，令五尺之童掩口而嘆息！”桓溫退回荊州，隨即四州得而復失。
桓溫主持的第三次北伐，目標是前燕政權。桓溫率5萬步騎從鎮地姑孰出發，兵分東西兩路。西路由王導時留下的宿將袁真帶領，任務是穿過譙、梁二郡，打通石門水道，把糧草運到黃河前線。桓溫自領主力，從東線水路進入黃河，沿河西上與袁真會合。
但是袁真一直打不開石門一帶的水道，桓溫在行進到枋頭一帶得不到軍糧接濟，只得燒毀船隻，向南撤退，途中被前燕慕容垂的精騎追擊，於是有枋頭之敗。
簡文帝對於桓溫的事業來說，敗於枋頭，不僅影響他的聲望，也削弱了他的軍事實力。桓溫儘管控制了中樞，卻由於此次戰敗，故無力斷然篡位，只有以廢立樹立威望。鹹安元年（371年），桓溫入建康，廢司馬奕而立會稽王司馬昱為帝，這就是簡文帝，他實際上是桓溫欲行篡位之前的一個緩衝。
桓溫原計畫簡文帝會禪位於他，他將要在政治權力的階梯上走完最後幾級的時候，極大的障礙出現了。幾家最有影響的門閥士族，主要是太原王氏，陳郡謝氏，他們在朝廷還擁有潛在力量，亟思抗拒桓溫的非分之求，以圖維護東晉司馬氏的帝位，恢復門閥士族之間的平衡狀態。
當時朝廷在位的士族人物，多數曾居桓溫軍府，是桓溫的故吏，他們都深知桓溫的政治志向。但是他們之中願意協助桓溫，為桓溫所用的，只有郗超一人。當簡文帝立，郗超為中書侍郎入直宮省之時，謝安、王坦之為侍中，都在簡文帝左右。所以桓溫並不放心朝局，一直居於姑孰而不敢入朝，直到翌年七月簡文帝之死為止。
簡文帝死後數月，寧康元年（373年）二月，桓溫由姑孰來朝，本有誅王、謝，移晉鼎的打算，但是迫於形勢，未敢下手，只就前一年冬所謂彭城妖人盧悚率眾突入殿庭一事窮加究治，此年稍後，桓溫病，病中猶諷朝廷求九錫，謝安等延宕其事。七月，桓溫死。
身後之名
龍亢桓氏，經過桓溫十餘年的經營，已經囊括東晉半壁江山，掌握天下大半兵權，成為當時最有實力的士族。東晉操縱國柄的最頂級士族為琅琊王氏，潁川庾氏，譙郡桓氏，陳郡謝氏。琅琊王氏南渡之前已為高門，潁川庾氏以外戚晉身，白手起家的，只有桓氏、謝氏。謝氏的崛起大致與桓氏的崛起同時，但是一直為桓溫壓制，經過謝尚、謝安、謝玄多人幾十年經營才憑淝水殊勛成為頂級士族。只有桓氏，憑藉的是桓溫一人之力，在短短十幾年裡，迅速竄升為頂級士族。桓溫之能，斯為可觀。
與王敦相比，王敦只想做霍光，桓溫才是真的想當曹操，與劉裕相比，桓溫的失敗並不是因為他不如劉裕，而是因為劉裕實在是比桓溫運氣好，桓溫給了東晉政權狠狠一擊，雖然東晉政權僥倖存活了下來，但是其基石已經搖搖欲墜了，劉裕所要做的不過是再在脆弱的基石上狠狠踢一腳。諷刺的是劉裕走向成功最重要的砝碼之一就是平定了桓溫之子桓玄的叛亂，不知道九泉下的桓溫知道這一切該做何感想。
桓玄
父為九州伯
桓玄，字敬道，一名靈寶，他是桓溫之子。桓溫去世，遺命其弟桓沖統率軍隊，並以時年五歲的桓玄襲爵南郡公。史載其母馬氏半夜見有流星墜於銅盆中，變成了二寸左右的火珠，就以水瓢接取吞服，過後就懷孕，生下桓玄。桓玄的小名因此就叫靈寶，他從小就姿貌端妍，聰慧不凡，桓溫非常喜歡這個兒子。
桓溫的一年喪期滿，昔日的文武屬官都齊集於桓溫之弟桓沖的府中拜辭。面對滿府的僚屬，桓沖撫摸著桓玄的頭，對這個小孩子說：“這些人都是你家的故吏啊。”桓玄雖小，聽此語憶念慈父，頓時淚流滿面，使得一府文武都大相嘆息。
桓玄長大後，形貌瑰奇，風神疏朗，琴棋書畫，無不關涉，又寫得一手好文章。對自己的才能和門第頗為自負，總認為自己是英雄豪傑，然而由於其父桓溫晚年有篡位的跡象，所以朝廷一直對他深懷戒心而不敢任用。到了23歲那年（391年），才被任命為太子洗馬。
有一次，桓玄去拜見琅琊王司馬道子，正逢飲宴，賓客滿座。司馬道子突然睜著兩隻醉醺醺的大眼對眾人說：“桓溫晚年想造反，是不是？”桓玄嚇得汗流浹背，拜伏在地，不敢起身。琅琊王驃騎長史謝重舉起手版回答說：“已故宣武公（桓溫）廢昏立明，功過伊尹、霍光，人們的種種議論，應當有所識別。”道子點頭，桓玄這才爬了起來。從此，桓玄的心中更加惴惴不安，對司馬道子恨得咬牙切齒。
後來，桓玄出補義興太守，鬱郁不得志，曾登高眺望震澤，長嘆說：“父為九州伯，兒為五湖長！”桓玄向來不甘屈居人下，他為自己出身元勛之門卻負謗於世而憤憤不平，乃上書晉孝武帝，棄官回到了自己的封國。
荊州是桓氏發跡之地，桓氏執掌荊州數十年，故吏賓客遍布各地。而新任荊州刺史殷仲堪只是一個玄學名士，對桓玄也甚為敬畏。有一回，桓玄到刺史廳前跑馬，手持馬槊在殷仲堪面前比劃。殷仲堪的中兵參軍劉邁看不下去，譏刺說：“你的馬槊之技有餘，只是精通義理則不足。”桓玄滿臉不悅，揚長而去。殷仲堪大驚失色，對劉邁說：“卿是狂人！桓玄晚上派人殺你，我豈能相救？”讓劉邁馬上回建康躲避。桓玄果然派人來追殺，劉邁勉強逃脫。
公元396年，宮中張貴人因怕色衰被廢，乘晉孝武帝司馬曜醉臥內殿，用被子蒙住他的頭使他窒息而死。太子司馬德宗即位（晉安帝）。
此時，太傅、琅琊王司馬道子乘機專制朝政。他嗜酒如命，不問政事，尚書左僕射王國寶與從弟王緒專權用事，威震內外。當時，青、兗二州刺史王恭，荊州刺史殷仲堪士馬強盛，王國寶、王緒勸司馬道子削弱方鎮兵權，加強中央實力。訊息傳出，內外騷動。桓玄備受朝廷排抑，早已心懷不滿，見有機可乘，乃遊說殷仲堪聯合王恭起兵，匡正朝廷。
公元397年，王恭以清君側為名起兵。司馬道子驚慌失措，殺王國寶、王緒，以平息眾怒，王恭遂罷兵回到京口。殷仲堪得知朝廷誅王國寶後亦退兵。事後，桓玄趁機提出要作廣州刺史。司馬道子懼怕桓玄，又不願讓他久居荊楚，便想調他到廣州去。桓玄並不應命，仍然留居江陵，以等待時機。
公元398年，王恭聯合豫州刺史庾楷，以討伐江州刺史王愉及譙王司馬尚之兄弟為名，再次起兵。桓玄、殷仲堪一齊回響，共推王恭為盟主。司馬道子不知所措，慌忙把軍權交給十六歲的兒子司馬元顯，表示下野。殷仲堪命楊佺期與桓玄率5000兵馬同為先鋒，自己率兵兩萬，沿江東下，乘勝直搗建康。
這時，王恭軍中突然發生變亂。王恭軍的主力是北府兵，受淝水之戰的著名將領劉牢之指揮。劉牢之並不信任王恭，而且又是個輕於去就的人，他被司馬元顯所收買，決定率兵倒戈。有人向王恭告發，他卻不信，還擺酒宴請劉牢之，並當眾拜他為兄，又把精兵全都交給他指揮，劉牢之回去後卻立刻命令兒子劉敬宣回兵襲擊王恭，王恭兵敗被殺；庾楷也兵敗，投奔桓玄。劉牢之率北府兵抵禦荊州軍，桓玄、楊佺期只得回軍蔡州。
戰後為了分化荊州軍，司馬道子又採納桓沖之子桓修的建議，任命桓玄為江州刺史，楊佺期為雍州刺史，桓修為荊州刺史，而貶黜殷仲堪為廣州刺史。殷仲堪一聽詔命，大為惱怒，催促桓玄、楊佺期進兵。桓玄、楊佺期得到好處，不想出兵。但桓玄由於羽毛未豐，還需要殷仲堪相助；殷仲堪丟掉了荊州刺史，也需依仗桓玄的聲望。他們便在尋陽重新結盟，桓玄被推為盟主，大家共同約定，不接受朝廷詔命；又聯名上書朝廷，為王恭伸冤，要求處死司馬尚之、劉牢之等人。司馬道子被迫讓步，宣布恢復殷仲堪的荊州刺史。這次起兵，桓玄取得江州，得到最大的實惠。他被推為盟主後，更加驕矜，每以寒士裁抑楊佺期。而楊佺期為人驕悍，出自北方高門弘農楊氏，最恨被別人瞧不起，在盟誓壇上就想發難襲擊桓玄，但被殷仲堪制止了。桓玄覺察到楊佺期的陰謀，於是暗中準備對付他。公元399年，荊州遇洪水，水深三尺，殷仲堪實力大損。桓玄乘機襲擊，殷仲堪見大事不妙，急召楊佺期相救，終因糧草奇缺而慘敗，二人都被擊斬。桓玄一舉奪得荊、雍二州。
當時，東晉暫時壓制住了孫恩的起義軍，權臣司馬元顯就決定剷除桓玄，元興元年（402年），以手握晉軍精銳北府兵的將領劉牢之為前鋒都督出兵討伐，然而劉牢之唯恐消滅桓玄後，不能被司馬元顯所容，又打算假借桓玄的力量以除掉當政者，自己再趁機奪權，因此不戰而降。桓玄遂順利東下，進入建康，殺司馬元顯。不久，並解除劉牢之的兵權，劉牢之因此叛變，事敗被殺。桓玄更矯詔以任命自己為太尉、都督中外諸軍事、揚州牧、領豫州刺史，完全掌控國政，隨即又接連誅殺司馬道子父子、北府將領，以剷除其政敵。
憑藉門第顯貴以及父親名望，桓玄在優遊中縱橫捭闔，文武並用，最終能在東晉的混亂政局中節節而勝，一步步清滅了殷仲堪、楊佺期、劉牢之、司馬道子父子，終於掌握了東晉朝廷的最高權力。
劉裕一擲
桓玄掌權後，隨從六十人，劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名，跋扈無禮。同時，他又對桓氏族人大加封賞：桓玄自己任命兄桓偉為冠軍將軍、雍州刺史，侄子桓振為淮南太守。與前代王敦一樣，大事完畢，桓玄出鎮姑孰，但朝中大政皆要他點頭後才可施行。
在姑孰，桓玄又造數艘輕巧小船，遍載書畫古玩奇物。有左右問其原因，桓玄說：“兵荒馬亂，倘有意外，這些東西輕而易運。”大家聞之一笑，心裡皆開始有輕視桓玄之意。
安帝元興二年（403年）九月，桓玄親兄桓偉病卒，桓玄想以堂兄桓修代領荊州刺史一職，為其屬下所阻，說：“桓謙、桓修兄弟專據內外，權勢太重。”於是，桓玄就以另一位堂兄桓石康（桓豁之子）為荊州刺史。
兄長病死，桓玄也加快了篡晉的步伐。其左右親信卞范之、殷仲文等人都暗勸他早受晉禪，私下已經把九錫文和冊命準備妥當了。元興二年（403年）陰曆十月丙子，晉廷以桓玄為相國，總百揆，封十郡，為楚王，加九錫，楚國置丞相以下官。封王、開府、置官、加九錫，這是篡位的第一步。
桓謙私下問來京城述職的彭城內史劉裕說：“楚王桓玄功高德重，若禪讓之事發生，您以為如何？”劉裕馬上回答：“您是桓溫的兒子，現在晉室軟弱，本來就該禪讓給您家。”桓謙大喜，說：“劉裕說行，一切就沒問題了。”
其實，早在來京之前，劉裕與高參何無忌就想在山陰起兵討桓玄，但桓玄未篡位，罪名不夠。此時，劉裕期待的，就是桓玄篡位事成的那一天。
各項工作準備就緒，公元403年陰曆十一月丁丑，卞范之作“禪詔”，派臨川王司馬寶逼安帝照貓畫虎抄了一遍，禪位於桓玄，“百官詣姑孰勸進”。
十二月庚寅，桓玄築壇於九井山。壬辰，繼皇帝位，追尊桓溫為宣武皇帝，桓溫正妻南康公主為宣武皇后，封其子桓升為豫章王。
桓玄改元為“建始”，右丞王悠之忙進言說“建始”是“八王之亂”中趙王司馬倫篡位用過的年號。桓玄馬上下令更改，改為“永始”，但這個年號又是當年大奸王莽當權西漢時的不祥年號。接著，桓玄下詔封安帝為平固王，遷於尋陽軟禁。
隨後，桓玄的儀仗大隊從姑孰出發，向建康皇宮進發。當日大風異常，所有的儀仗旗皆被吹折刮散。桓玄臨登御座，大龍椅子忽然散垮，朝臣們皆倉皇錯愕。幸虧殷仲文有捷思，忙在一邊說：“陛下聖德深厚，地不能載也。”桓玄大悅。
桓玄為了顯示他的仁主形象，以皇帝之尊，親坐殿中面審罪人，罪無輕重，都一律釋放，以示其“寬仁”。百姓中不少有當街攔乘輿呼冤叫貧的，桓玄時時散金銀與之，行此小惠，以惑人心。同時，他本性苛細，喜歡炫耀學問，臣下奏事，連筆畫之間稍有細誤，都會被這位皇帝以御筆朱點而出，“必加糾撻，以示聰明”。由此，天子似吏，其臣下苦不堪言。桓玄凡事都“親力親為”，自任官員，手書條令，最終導致綱紀不治，案牘山積，法令不行。
桓玄大興土木，擴建建康諸殿大門，重修寬廣的馳道，興造可容3000人坐的大輦，以兩百人牽曳。他還愛好出外打獵，令人製作了極其精巧的“徘徊輿”，機關眾多，轉動靈活，近乎現代汽車的古代版。同時，桓玄日夜笙歌，游宴無度，即使在為其兄服喪期間，也“不廢音樂”。由於土木頻興，徭役繁重，督迫嚴促，致使百姓愁苦，紛紛思亂。
桓玄為了拉攏朝臣鎮將，不遺餘力，尤其是對劉裕分外看重，提拔他為徐、兗二州刺史，並在朝會後盛大的酒會上向他親自敬酒。桓玄的皇后劉氏有鑒人之明，對他說：“劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐終不為人下，不如早除之！”桓玄不從，表示：“我正要平定中原，只有劉裕這樣的人才英武可用。等到關、洛平定，我再想除他的辦法。”
劉裕還京口，正所謂放虎歸山。他馬上與何無忌等人密謀興復晉室，討伐桓玄。同時參與密謀的，還有竟陵太守劉邁的弟弟劉毅。主意已定，劉裕遣人入京聯繫，又招兵買馬，以劉穆之為主簿。
桓楚永始二年（404年）二月，以北府舊將劉裕為首的數名將領，起兵討伐桓玄。何無忌詐稱詔使，率人騙開京口城門，直衝府門，立斬桓修，占領了京口重城。
劉毅之兄劉邁怯懦，在京城接到劉裕等人的密信後，驚嚇過度，手持密信向桓玄“自首”。桓玄大驚，立封劉邁為重安侯，斬殺與劉裕有聯繫的王元德、童厚之等人。第二天桓玄又殺掉了劉邁。
見天下大亂，桓玄以堂兄桓謙為征討都督，以姐夫殷仲文代領桓修軍職，派手下悍將吳甫之、皇甫敷率兵抵擋劉裕。桓謙等人要求馬上齊集大軍先發制人，桓玄以持重為由，不從。
當時桓玄憂愁滿面，左右就勸解：“劉裕烏合之眾，成不了大氣候，陛下何必如此憂慮。”桓玄回答說：“劉裕足為一世之雄，劉毅家無餘儲，樗蒲（一種博戲）一擲百萬，何無忌酷似其舅（劉牢之）。此三人共舉大事，何謂無成！”
果然，皇甫敷、吳甫之二將與劉裕苦戰江乘（今江蘇句容），均被斬首，全軍覆沒。而此時的劉裕，其實手下總共只有將士不滿兩千人。
聞聽二將死訊，桓玄驚懼。他命桓謙、卞范之等人合軍二萬，堅守覆舟山（今南京太平門附近）。不進退守，桓玄敗象已定。
劉裕軍早晨進食一飽，悉棄餘糧，以示必死之心。進至覆舟山下，劉裕先派羸弱之兵多帶旗幟登山，以為疑兵嚇唬敵軍。接著，又把軍隊分成無數小隊，數道並進，布滿山谷。桓玄得報，以為劉裕“軍士四塞，人多無數”。
進攻開始，劉裕、劉毅身先士卒，手下將士皆死戰前沖，無不以一當百，呼聲震天動地。桓謙軍隊一時大潰，許多先前的北府兵也不戰而降。
桓玄接到桓謙敗訊，率兵數千人，帶著兒子桓升和侄子桓浚兩個小孩，以赴戰為名，從南掖門往外逃奔。
途中，桓玄昔日的下屬胡藩扣馬進諫，勸他率余軍與劉裕決戰。桓玄以手指天，意是“天亡我也”，鞭馬而走，跑至碼頭，坐上船就跑。由於逃亡倉促，眾人一天都沒進食。
夜間，左右進獻粗米飯一碗，桓玄驚懼交加，竟不能下咽。其子桓升才六歲，“抱其胸而撫之”，安慰這位悲傷的“父皇”。桓玄“悲不自勝”。劉裕入據建康，焚桓溫神主，盡誅桓氏未及逃跑的宗族。
桓玄逃至尋陽，帶上廢帝晉安帝等人，“遷都”江陵。一月之間，倒也威勢復振，有眾兩萬，“樓船器械甚盛”。可是由於桓玄不思己過，卻埋怨諸將無能，輕怒妄殺，使屬下之人紛紛離去。
桓玄接連線到敗報。桓振（桓玄堂侄）、郭銓、何澹之、郭旭等人數道皆敗歸。不忿之下，桓玄自率戰艦二百艘，以苻宏、羊僧壽為先鋒，前往崢嶸洲（今湖北鄂州江上）與劉裕軍決戰。
當時，桓玄兵多船堅，劉裕兵僅有幾千人。但桓玄心怯，大戰前即在指揮艦旁停靠了兩艘便於逃跑的小船。屬眾知之，皆無鬥志。雙方交戰,劉裕軍士乘風縱火，盡銳爭先，不要命地衝殺而來。桓玄軍大潰，燒輜重連夜逃遁。桓玄部將郭銓、殷仲文相繼投降。
桓玄逃返江陵，其將馮該勸他出城復戰。桓玄破膽，不從，欲出漢川，投奔梁州刺史桓希。混亂之間，桓玄乘馬出城門時，在城門洞被左右兵衛襲擊，衛士們混戰一團，前後相殺，交橫於道，桓玄勉強得命，逃到座船中。
當時，益州刺史毛璩的弟弟毛璠病亡，其孫毛佑之與毛璩參軍費悅送喪回江陵，一行有200多人。桓玄身邊的屯騎校尉毛修之是毛璩侄子，眼見大勢已去，很想拿桓玄當做立頭功的籌碼，便勸誘桓玄入蜀。桓玄從之。
毛修之早已和毛佑之等人打好招呼。桓玄一行人大張布帆，向益州軍船駛來。眼看距離不遠，毛佑之令手下人放箭，迎擊桓玄。毛修之趁機跳水而逃。矢下如雨，桓玄身邊太監以身蔽桓玄，皆被射得像刺蝟一樣，登時身死。就這樣，桓玄仍身中數箭，血流不止。他六歲的小兒子桓升一面哭，一面用小手拔去父親身上的羽箭。益州軍士馮遷第一個跳到桓玄船頭，提刀直前。桓玄喝道：“你是何人，敢殺天子！”並拔出頭上價值連城的玉飾，遞向馮遷，暗示求免，馮遷大叫：“我來殺天子之賊耳！”一刀揮下，桓玄頭顱落地，時年三十六。
家族屠滅
朝廷中，桓謙、桓振仍有安帝兄弟在握。聽聞桓玄敗亡，桓振提劍怒向安帝吼叫：“臣一門何負國家，而屠滅若是！”安帝呆望桓振，口不能發一言。倒是其弟司馬德文連忙向桓振施禮道歉，說：“此事豈是我兄弟之意！”桓振才暫時作罷。見桓玄已死，桓振只得與叔父桓謙重推安帝為主，自為荊州刺史。由於桓振勇武，劉裕派去的大將魯宗之被打得大敗。不久，劉毅等人擊敗桓玄將領馮該，桓謙逃走，眾人迎安帝，晉朝光復。
桓振收拾潰軍，復襲江陵，敗中取勝，竟能大敗東晉宗室司馬休之（譙王司馬尚之弟）。最後，桓振身邊僅剩數十人，仍與晉將索邈大戰於沙橋。桓振數戰之後，以酒當水，痛飲完畢，又乘醉突陣。晉軍齊放箭矢，桓振身中數箭，仍前沖不畏，最後戰死沙場。桓謙聞桓振敗亡，奔於後秦。後來，他又入蜀，與譙縱等人反晉，為晉將所殺。
桓氏親族中，只有桓沖之孫桓胤被特赦，徙於新安軟禁。但殷仲文等人日後“謀反”，想推立桓胤為桓玄之嗣。事發，桓胤也為晉廷所殺。桓氏一家，煙消雲散。
家族成員
東漢時代
第一代
桓榮：官拜議郎、太子少傅、太常、五更、關內侯。是東漢桓氏經學世家的始源。
第二代
桓雍：桓榮之子，早死。
桓郁：桓榮之子，嗣爵。官拜太常，繼承父親擔任帝師。
第三代
桓普：桓郁之子，桓郁死後嗣爵，其爵一直傳至曾孫輩。
桓延：桓郁之子。
桓焉：桓郁之子，先後擔任光祿大夫、太常、太傅、大鴻臚。
桓俊：桓郁之子。
桓酆：桓郁之子。
桓良：桓郁之子。
第四代
桓衡：桓焉之子。
桓順：桓焉之子。
桓麟：桓酆之子。
桓鸞：桓良之子，官至議郎。
第五代
桓典：桓順之子，曾與大將軍何進共謀誅滅宦官，官至光祿勛。
桓彬：桓麟之子，著名文學家，與蔡邕齊名。
桓曄：桓鸞之子，以志行聞名於世的名士，最後死於合浦郡的獄中。
東晉時代
先代
桓典生桓范。桓范生桓楷。桓楷生桓顥。桓顥生桓彝。
桓彝父親桓顥：官至郎中。
第一代
桓彝：東晉散騎常侍、宣城內史。
第二代
桓溫：桓彝之子。東晉權臣，曾三度北伐和平滅成漢，官至大司馬。
桓云：桓彝之子。襲爵，官至江州刺史。
桓豁：桓彝之子。東晉將領，官至征西大將軍。
桓秘：桓彝之子。官至輔國將軍、宣城內史。桓溫臨死時與桓溫子桓熙和桓濟合謀殺死將接掌桓溫兵眾的桓沖。事敗後被朝廷棄用。
桓沖：桓彝之子。桓彝幼子，有武乾，受桓溫器重。官至車騎將軍。
第三代
桓熙：桓溫長子。初被立為世子，但因才能不高，桓溫將兵眾都交給桓沖。桓溫臨死時曾與桓濟和桓秘謀殺桓沖，失敗後被徙至長沙。
桓濟：桓溫之子。與桓熙謀殺桓沖失敗，被徙至長沙。
桓歆：桓溫之子。封臨賀公。
桓禕：桓溫之子。愚笨，五榖不分。
桓偉：桓溫之子。東晉將領，官至安西將軍、領南蠻校尉、荊州刺史、使持節督荊益寧秦梁五州諸軍事。
桓玄：桓溫幼子。襲桓溫爵。東晉官至相國，後篡位建立桓楚。最終被劉裕所主持的討伐軍擊敗並被殺。
桓伯子：桓溫次女，嫁王愉。
桓氏：桓溫之女。嫁王裕之。
桓序：桓雲之子。宣城內史。
桓權：桓石康之兄。
桓石虔：桓豁之子。東晉將領。
桓石秀：桓豁之子。博覽群書，喜好老莊，不貪榮譽爵位，亦擅長騎射。
桓石民：桓豁之子。東晉將領。曾派兵擊殺苻丕。
桓石生：桓豁之子。東晉官員。
桓石綏：桓豁之子。東晉官員，後投桓玄。桓玄敗死後被殺。
桓石康：桓豁之子。東晉將領。
桓石松：根據名字推測應為桓豁之子。桓振、桓亮等死後，呼應殷仲文等人，欲擁立桓胤再起。
桓女幼：桓豁之女。嫁予潁川庾宣，她曾向桓溫求情，令其丈夫免於被殺。
桓蔚：桓秘之子。散騎常侍、游擊將軍。桓玄後封其為醴陵王。
桓嗣：桓沖之子。官至江州刺史。
桓謙：桓沖之子。受桓玄倚重。桓玄敗死後投奔姚興，後被殺。
桓脩：桓沖之子。東晉將領，官至右將軍。桓玄篡位後任撫軍大將軍。後被劉裕主持的討伐軍殺害。
桓崇：桓沖之子。
桓弘：桓沖之子。
桓羨：桓沖之子。
桓怡：桓沖之子。
第四代
桓亮：桓濟之子。桓玄敗死後，自號江州刺史，後來又自號鎮南將軍、湘州刺史，最後戰死於益陽。
桓洪：桓石虔長子。襄城太守。
桓振：桓石虔之子。桓玄篡位敗死後曾攻陷江陵劫持晉安帝，後在與劉懷肅的作戰中被殺。
桓誕：桓石虔五子。嗣爵。
桓稚玉：桓石秀之子。嗣爵。後獲桓玄封為臨沅王。
桓胤：桓嗣之子。嗣爵。累任秘書丞、中書郎、秘書監。桓玄後任其為吏部尚書。
桓升：桓玄之子。封豫章王，桓玄死後亦被捕，於江陵被殺。
桓浚：桓玄兄子。
其他族人
桓希：桓玄篡位之後，任梁州刺史。後被益州刺史毛璩殺於漢中。
桓山客：桓楚之輔國將軍。
桓放之：受桓振封為益州刺史。
桓珍：桓楚之輔國將軍。
