背景
1645年，唐王朱聿鍵在福州稱帝，改元隆武，賜黃道周為禮部尚書、武英殿大學士，鄭芝龍為平國公，鄭鴻逵為定國公。黃道周懷著匡復舊國的抱負，希望能和武臣鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟合作，整頓朝綱，出師北伐，收復失土，卻遭鄭氏排斥。
隆武政權一直處於三面受困的境地，一受制於鄭氏家族，二要防魯王軍隊，三則有李成棟率領的清軍節節逼近。清軍中的漢將進展迅速。順治三年春天，金聲桓部隊已經占領了吉安，很快推進到贛南。到了九月間，清軍漢將高進庫（高傑原部下）等人攻克重鎮贛州。如此一來，這個聯結湖南、福建、廣東等地的咽喉要地，落入清朝手中。
贛州失陷，全因湖廣總督何騰蛟等人私心所致。正是因為他安置處理先前的農民軍不當，造成眾心離散，協調不一，最終江西、湖南等地被清軍各個擊破。
過程
無奈之下，隆武帝聲言要親自北伐，以挽頹勢。總領大軍的鄭芝龍只想割據福建，獨享一方，理也不理。而明朝老臣黃道周眼見鄭氏家族按兵不動，軍隊諸部怯懦觀望，已過花甲之年的黃道周對隆武帝表示：“與其坐而待亡，不如君臣共出一拼。我為大臣，當先於皇帝而行，以為人臣表率。” 要先於皇帝北上抗清。
1645年11月（隆武元年）黃道周憑一腔忠義，自己出錢，加上朋友資助，僅帶萬餘兩白銀，攜數名弟子慷慨出征。福建各地義民聞之而附，近萬人加入他的指揮之下。隆武帝非常感動，流涕送行。由於人、財、物皆在鄭芝龍家族掌握之中，隆武帝只能給這位老忠臣一百道空白委任狀，沒能拔給他一兩軍餉和一個士兵。
黃道周組織“扁擔軍”迎戰清軍，這支拼湊起來的軍隊，全無作戰經驗。黃道周救國心切，他出閩入贛，進至江西廣信（今上饒）。清軍已經搶先一步，占領了黃道周原擬為收得基地大本營的徽州。情急之下，黃道周緊急上疏隆武帝，請求增兵益餉。鄭芝龍等人絲毫不為所動，隆武帝只能著急，沒有任何辦法，只能坐視黃道周身陷窘境。黃道周如此臨危不懼冒死出征，鄭氏家族仍舊在朝中散播閒話，說黃道周交通外臣，欲謀不軌。
憂急之間，身在清軍占領縣城的婺源的明朝縣令，是黃道周學生，他給老師發來“密信”，表示說可以充當內應，要老師一定率軍前來攻取婺源。其實，這個人已經為清廷賣命。黃道周不知是計，貿然發三路兵前往。結果，半路皆被預先設伏的清軍各個擊破。黃道周手下僅剩三百人，戰馬十匹，仍舊義無反顧，直前衝殺。一戰全部覆沒，黃道周被擒，押入婺源縣城大牢看管。
關押 三個月後，1646年4月（隆武二年三月）清廷下令殺害黃道周。將其押行南京明孝陵附近東華門刑場上，黃道周坐地不起，高聲說：“這裡與太祖皇帝陵寢甚近，可於此處殺我！”扭頭之際，看見市坊中有福建門牌，黃道周更堅定了要受刑當地的決心：“福建，皇帝正在那裡，臨行拜君，臣子之禮。”言畢，他南向再拜，撕裂衣服，咬破手指，有血書遺家人：“綱常萬古，節義千秋；天地知我，家人無憂。”臨刑前大呼：“天下豈有畏死黃道周哉？”最後頭已斷而身“兀立不仆”。死後，人們從他的衣服里發現“大明孤臣黃道周”七個大字。
與其同死者，還有職方主事趙士超等數位弟子門人。
結果
隆武帝再也不顧鄭氏阻攔，攜數千明兵“御駕親征”從福州抵達延平，準備冒險去湖南。鄭影等人忽然棄新城（今江西黎川）而逃，門戶大開。鄭芝龍早已暗中與清兵約降，福建各關隘均無人把守。 不久鄭芝龍降清，鄭成功與其父決裂，率部南下。李成棟的清軍在浙江等地一路大勝，先後攻下紹興、東陽、金華、平州，很快攻陷鄭鴻逵所守的仙霞關，直入福建，攻陷建寧，直撲延平。楊鳳苞稱“福京之亡，亡於鄭芝龍之通款”。
