早年
黃正元少時家境貧困,唯讀了幾年私塾。他長得魁梧健壯,力氣大得驚人,平日嗜好武藝,喜歡舞槍弄棒。成家後,在岳父何員外幫助下,四處聘請名師,日夜教習各種科舉應試的武藝。黃正元本來身材魁偉,頗有武術基礎,又兼他穎悟靈敏,能刻苦磨鍊,幾年後,便出類拔萃,武藝超群。三十歲那年,黃正元到省城赴鄉試,竟高中武舉人第五名。
中舉
三十四歲這年,黃正元與泉州武舉人黃達祥、黃貽楫等人一同前往京城赴考,三人都高中進士。
光緒皇帝讚嘆說:你們泉州真是人傑地靈,居然連中“三黃”!
光緒皇帝得知黃正元尚有“三絕”武功,就讓黃正元當場表演。
第一絕為“頭功”,黃正元能把千斤重的石臼,當帽子戴著,晃動頭顱使石臼旋轉。第二絕為“臂功”,一把大關刀上壓一塊千斤“奇勇石”,黃正元能平端大關刀托起“奇勇石”繞場一周。三是“肚功”他平躺地上,肚皮上壓上那塊千斤“奇勇石”,一運氣,可使肚皮上的千斤石翻向一邊。
黃正元的表演讓光緒帝讚嘆不已,當即欽點黃正元為御前侍衛,賞頂戴藍翎,可在乾清宮、乾清門自由行走。不久又授武翼都尉,誥封修職郎。自此,黃正元開始了在紫禁城的二十多年侍衛官生涯。
辭官
光緒二十六年(1900年),黃正元的父親黃實芳逝世,黃正元回家奔喪並守孝三年。丁憂一過,光緒皇帝就下旨召回黃正元欲另有任用。這時的黃正元,已厭倦了宮廷生活,再也不想當官了。於是,黃正元表奏光緒皇帝,謊稱自己體弱多病,已不宜出外當官了,只請求退休在家調養身體,光緒皇帝準奏。從此黃正元再也沒有外出做官和上京城了,直至三年後病逝家中 。