雍、乾間學者全祖望最早提出黃宗羲東渡日本“乞師說”。南明魯監國政權臨近覆亡時,曾數次造使東渡日本,乞師求援,全祖望在《梨洲先生神道碑文》中明確記載:“是年(順治六年),監國(魯王)由健跳至翁洲,復召公(黃宗羲)副馮公京第乞師日本,抵長崎,不得請,公為賦《式微》之章以感將士。”(《鮚埼亭集》卷十一)近世學者梁啓超則持“避仇說”。梁氏考訂黃宗羲東渡日本的時間在順治元年。這一年,南明弘光政權在南京建立,阮大鋮重新得勢,便重修舊怨,大肆報復復社人士發布《南都防亂公揭》事。由於黃宗羲在《公揭》上名列第二,所以必然要遭阮大鋮迫害。這就出現“避仇”亡命日本之舉(《黃梨洲朱舜水乞師日本辨》《飲冰室文集》之四十)。
當代一些學者認為,黃宗羲“乞師”日本之行是肯定無疑的。第一,黃宗羲本人的著作中雖無明確記載是否參與了乞師日本之行,但從他寫的《避地賦》和《日本乞師記》中是可以找到比較充分證據的。《避地賦》敘述了他東渡日本的情景、路線和感想,談了由於日本當時“銷兵忘戰”,“粉飾隆平”,“風俗侈汰”,而使東行毫無成果,不得不“返篩西行”。在《日本乞師記》中也談到,日本“承平久矣”,“多忘武備,豈肯渡海為人復仇”。這說明,黃宗羲日本之行的目的是為了“乞師復仇”,而非“避仇亡命”,只不過是沒有達到預定的目的。第二,黃宗羲力主“乞師”。魯監國政權“乞師”之舉,當時曾引起異議,兵部尚書余煌指責此乃“為吳三桂乞師之續”,黃宗羲等人直斥余之見解為“書生之見”。他說:“藎臣義士,苦思窮計,俱出於萬不得已,若徒以利害相權如余煌者,真書生之見也(《行朝錄》卷八《日本乞師記》)。”正因為黃宗羲這樣的主張,加以他抗清復明之決心,在庭堂之上錐擊仇人和發布討阮《公揭》那種遇事敢作敢為的性格,以及從亡大臣的身份,是完全可能應召或主動請求東行乞師的。第三,除經過全祖望“始考得之”的史料外,還有不少明清文獻可證明黃宗羲參與了“乞師”。如與黃氏同時代的浙東人周容所撰《浮光杯記》、與黃氏同時代的浙東人且同為抗清營壘中密友的高宇泰所撰《雪交亭正氣錄》中,所記乞師日本的某些事,與黃氏《行朝錄》所記略同。此外,還有被史學界公認具有較高史料價值的《海東逸史》(明未造民翁洲老民)、《魯之春秋》(李聿求)、《國朝漢學師承記》(江藩)、《國朝先正事略》(李元度)等都記載黃宗羲與兵部侍郎馮京第“乞師”日本之事。至於黃宗羲所遺著作中為何無參與“乞師”日本的明確記載,學者一般認可黃氏裔孫黃炳垕的揣測:“抑其時忌諱甚嚴,欲使起軍、從亡、乞師諸大案冺沒其跡,以避無妄之災耶?”(《遺獻梨洲公年譜敘》)
另一部分學者則認為,黃宗羲有“避仇”日本之行而絕無“乞師”日本之舉。梁啓超曾反駁全祖望的“己丑(順治六年)乞師說”,指出,當時魯監國政權為武將把持,黃宗羲感到抗清之志難伸,遂於順治六年秋以清廷要“錄其家口”為由,憤然出走,潛歸故里。黃宗羲既然已經作出了這樣的抉擇,何以事隔不足兩月,卻又返回舟山奉使日本?這在情理上講不通。如此輕於去就,觀黃氏一生行事,也全然不符。因此,全氏所說的這一年黃宗羲有“乞師”日本之行是不可信的。不少學者認同梁氏的分析,並指出全氏的考辨有不少難以自圓其說的地方。如,全祖望據以判定黃宗羲東渡時間的“馮京第兩度乞師日本”之說,雖屢見於他的《梨洲先生神道碑文》、《馮京第墓碑》及《浮光杯詩注》等文,但始終未見他指出立說的史料來源。而且,同樣出自他手筆的《張蒼水年譜》,述及馮京第東渡日本事,卻僅有順治四年一次,並無順治六年二度乞師之舉。因此,在未找到確鑿依據之前,不能輕信全氏“乞師說”。而較為可信的正是黃宗羲本人所作的《避地賦》,因為此賦中敘述東渡日本的文字,是黃宗羲現存遺著中唯一涉及自己之處。《避地賦》中,黃宗羲對“避仇”的時間(被阮大才鋮斥為黨人之時)和原因(為避黨禍)的交待是比較明確的。如賦中所云;“遂狺狺罵為黨人兮,禍復叢夫俊及。……我亦何罪何辜兮,竊獨罹此橫流。”再從該賦寫作的背景來看,此賦大致寫於康熙十三、四年間(1674至1675年),當時,正值三藩亂起,波及浙江。為避兵禍,黃宗羲奉母轉徙四方。撫今追昔而作此賦,對入清以來的30餘年間自己的避地生涯作了如實的書寫。昔之避黨禍,此時避干戈,今昔之事相聯繫,正說明其當年東行日本“避仇”之事是肯定無疑的。
“乞師”與“避仇”兩說孰是,至今未有定論,另有學者對兩說持“存疑”態度(如謝國楨之《黃梨洲學譜》和一些日本學者),因此更加深了人們的疑惑,以致今人論著或介紹性文章中,或持“乞師說”,或主“避仇說”,亦不乏持兩可說,致使黃宗羲因何東渡日本這個問題成為懸案。