主要職責
一、貫徹執行《水法》、《水土保持法》、《防洪法》、《漁業法》等法律、法規；研究制訂水利、漁業發展的有關政策；組織制訂實施水利和漁業發展的規劃、計畫；組織制訂實施河道及流域綜合規劃和有關專業規劃 。
二、統一管理水資源、漁業資源及水生生物資源 ；組織制訂實施全區水資源和漁業資源開發、利用、保護配置規劃及全區水長期供求計畫和水量分配方案；組織有關國民經濟總體規劃、鄉鎮規劃及重要建設項目的水資源和防洪的論證工作；實施取水許可證制度和水資源費、漁業資源增殖費徵收制度；管理河道采砂；負責全區水文工作。
三、組織、指導和監督全區節約用水工作；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制；監測江河水庫的水量、水質，審定水域納污能力，提出限制排污總量的意見；組織實施漁業水域生態環境的監測和保護工作，並將有關數據和情況通報環保部門。
四、組織水行政執法和漁業行政執法；協調並仲裁水事糾紛和漁事糾紛。
五、編制審查區級水利、水電、漁業基本建設項目建議書和可行性報告；組織指導水利、水電、漁業基建項目的建設管理；監督實施水利、水電行業技術質量標準和水利、水電工程的規程、規範；組織指導水利水電設施、水域及其岸線的管理與保護；組織指導水利、水電工程的運行管理和安全監督。
六、組織、協調、監督、指導全區防汛防旱工作和水土保持工作，負責區政府防汛防旱指揮部和區水土保持領導小組的日常工作。
七、指導農村水利工作；組織協調農田水利基本建設、農村水電電氣化和鄉鎮供水工作。
八、負責水利和漁業科技、教育、對外合作工作；指導全區水利、漁業隊伍建設。
九、制訂水利行業的經濟調節措施；負責監督水利資金的使用；指導水利行業的供水、水電、水產養殖等多種經營工作；研究提出有關水利的價格、稅收、信貸、財務等經濟調節意見。
十、負責漁業行業管理，指導全區水產養殖、捕撈、加工、流通等；組織實施漁業生產經營許可制度；組織實施水生動物防疫、檢疫工作，負責水產品質量、水產苗種生產的監督管理。
十一、承辦區政府交辦的其他事項。
內設機構
根據主要職能，區水利局內設3個職能科室：
辦公室
組織協調局機關日常工作，負責機關內部規章制度的制訂和執行；負責文秘、檔案、會議、信息、保密、保衛、衛生、宣傳、教育、財務等工作；負責機關及直屬單位的人事、勞動工作；負責機關離退休人員管理服務工作；負責機關產權管理和後勤保障。
規劃建設科(產業科)
組織編制全區中長期水利、水電、漁業發展規劃和江河流域水利綜合規劃；安排水利年度投資計畫；編制審查區級水利、水電、漁業基本建設項目建議書和可行性報告；組織協調全區農田水利基本建設和農村水電電氣化建設；負責重點水利工程的建設和驗收；監督實施水利行業技術質量標準和水利、水電工程的規程、規範；管理水利設計、工程招投標、監理及施工；指導水利、水電工程的運行管理和安全生產；指導全區水利行業的供水、水電、水產養殖等多種經營；負責對局屬企業的巨觀管理。
法制科
監督水政監察、水行政執法和漁政執法工作；負責水事、漁事糾紛調處；承辦水利和漁業行政訴訟、行政複議、水法規宣傳和普法教育工作；統一管理和保護水資源和漁業資源；組織實施取水許可制度和水資源費、漁業資源增殖費徵收管理制度；管理河道、水域與水土保持工作；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制；組織監測江河水庫的水量、水質，審定水域納污能力，提出限制排污總量的意見；指導全區計畫用水、節約用水和城鎮供水水源規劃；指導全區水文工作。
領導班子
黨組書記、局長藍小華主持局黨政全面工作。
黨組成員、總工程師林敏協助黨組書記、局長工作。負責水利工程技術和防汛防台抗旱技術、規劃、設計、建設管理、河道管理、“六邊三化三美”、質量監督、創5A景區、水利風景區、小城鎮環境綜合整治、“千人萬項”、財務、水利統計、內部審計、老幹部等工作。
分管：規劃建設科、河道管理所、質監站、水利開發建設有限公司、財務室、設計所。
黨組成員、副局長陳禮聰協助黨組書記、局長工作。負責水政漁政執法、漁政管理、漁業生產、水資源管理、招商引資、應急管理、機關黨委、黨建、組織、人事、紀檢監察、信訪維穩、平安綜治、精神文明、檔案、工青婦、計生、後勤等工作。
分管：辦公室、水政監察大隊（水土保持監督管理站）、漁政管理站、水產技術推廣站、魚種場。
副局長程曉東協助局長工作。負責農田水利、農民飲用水、水電、標準化建設、安全生產、旅遊等工作。
分管：水利管理所（農村飲用水管理站）、水電管理所、安全辦、水利水電總公司、基層水利服務中心站（碧湖灌溉區管理處）、雅一電站、雅二電站、高溪電站、郎奇電站。
區防汛防旱指揮部辦公室主任程濤協助局長工作。主持區防汛防旱指揮部辦公室全面工作，負責法制、審批許可、“五水共治”（河長制）、水文等工作。
分管：行政審批科（法制科）、治水辦、水文站。
