消化道
消化道分為口腔、咽、食道、胃、腸、泄殖腔（軟骨魚類）或肛門（硬骨魚類）。口由上下頜圍繞而成，魚類已經進化為有頜類動物。上、下頜雖然有牙齒，但只有捕捉和咬住食物的作用，無咀嚼功能。牙齒的性狀多樣，性狀與食性有關，肉食性的牙齒較尖，食草性的草魚牙齒，如咽喉齒有櫛狀突起以切割水草。口腔與咽無明顯分界線，食道也很短，胃緊接食道後面。草食性和雜食性魚類的胃分化不明顯，但腸管較長。肉食性魚類不僅有胃，有些硬骨魚類在胃與腸交界處還生有幽門盲囊的突起。其機能一般認為與分泌和吸收有關。幽門盲囊的數目可作為分類的依據之一。魚類腸的分化多數不明顯，軟骨魚類可明顯辨出小腸和大腸兩部分，小腸又分為十二指腸和迴腸，迴腸內具螺旋瓣，螺旋瓣增加了腸的吸收面積，並起到延緩食物向後移動的作用，這種以螺旋瓣來增加吸收面積的方式是一種原始的方式。大腸有分為結腸和直腸。硬骨魚類的腸內一般無螺旋瓣。
軟骨魚類的直腸開口於泄殖腔，泄殖腔是直腸末端略微膨大而成，輸尿管和生殖管均開口於此腔。泄殖腔以單一的泄殖孔通向體外。硬骨魚類的直腸末端有獨立開口的肛門，位於生殖孔之前。
消化腺
魚類的消化腺主要有肝臟和胰臟。肝臟的主要功能是分泌膽汁，並貯存在膽囊內，由膽管輸入小腸，可分解脂肪。軟骨魚類獨有的胰臟，能分泌胰液，沿胰管通入腸內，胰液含有多種消化酶，可消化蛋白質、脂肪、澱粉。有些硬骨魚類的胰臟為彌散腺體，分布在腸系膜上或埋藏於肝中，肝臟和胰腺混雜在一起，故稱為肝胰臟。
頜與牙齒
頜的出現是魚類動物以至於脊椎動物演化的一件大事,它的出現,帶動了齒,鰓,咽部,整個顱骨的進化,太複雜了,今天時間有限還不能詳述
食道與胃
幽門之前的消化管一般成為前消化管,食道在魚類中不很明顯,但胃在大部分現存魚類中已經存在,在魚類的演化史中,一般推測,胃的機能先是為了用來儲存來之不易,並且沒有時間保證的大量的食物,然後是對食物的機械處理,最後才產生了消化酶.圓口類(七鰓鰻,盲鰻)無胃,是原始性的表現,但一些真骨魚也無胃,這可能是次生性的.
腸道
魚的呼吸系統結構 主要的消化過程發生在後消化管,化學處理和吸收兩大功能是由腸來完成的.值得一提的是,各主要魚類中,都有腸部具有螺旋瓣的類型,這種具螺旋瓣的腸可能是脊椎動物中的原始情況,螺旋瓣大大增加了腸的表面積,使魚類的短腸的機能得以大大提高,在魚類中,螺旋瓣最明顯的要見於鯊類,鯊類的螺旋瓣 旋轉數最多,該結構也存在於銀鮫類(全頭類軟骨魚),而且化石表明在盾皮魚中也存在螺旋瓣,在硬骨魚中,現代的肺魚和低等的輻鰭魚中都有保存.一些真骨魚中也存在螺旋瓣的痕跡.圓口類七鰓鰻的腸中有低平的脊,這種結構被推測為退化的螺旋瓣,因為其寄生的特性,也許其食料比較容易消化。
肝和胰
均起源於內胚層,肝臟有分泌,解毒,儲存,甚至排泄等功能,是最大的消化腺體,胰則是有分泌和內分泌的功能,是重要的消化腺文昌魚有一個大的囊狀突起,稱為肝盲囊,被認為是脊椎動物肝臟的雛形.對於魚類來說,肝臟細胞和胰臟細胞常常混合不易區別,共同行使外分泌消化的功能,統稱為肝胰臟,另外一些胰的細胞也散見於魚類的腸壁之中。
鰓耙管
咽上器官處相鄰二鰓弓間的鰓耙緊密毗連成螺狀蝸管的特殊構造。
