官職生涯
馬士英扇面 明朝萬曆四十七年，馬士英與阮大鋮同中會試。又三年，士英授南京戶部主事。天啟時，遷郎中，歷知嚴州、河南、大同三府。崇禎三年，遷山西陽和道副使。五年，擢右僉都御史，巡撫宣府。到官甫一月，檄取公帑數千金，饋遺朝貴，為鎮守太監王坤所發，坐遣戍。然而此乃官場慣例，故而當時頗有東林復社集團之人上書稱此為閹黨構陷。
詩詞習作
馬士英後來流寓南京。跟阮大鋮名掛逆案，失職久廢，以避流賊，與馬士英相結甚歡。
當時阮大鋮的詩詞“流傳演唱，與東嘉、中朗、漢卿、白、馬並行”，又得“識者推重，謂……實得詞家正宗嫡派”，阮家戲班更是冠絕當時，號稱金陵第一；兼且其門庭若市，“南中當事多與游，……嗚騶坐輿，偃蹇如故；士大夫繾綣，爭寄腹心”，可見相結甚歡的並非馬士英一人而已。
不久復社和東林黨人圖謀以周延儒再相，秘密籌集政治資金。大鋮企圖與東林消除敵對，就獻金萬兩佐之。後周大拜，入內閣，為首輔，欲報答。因東林同人反對而作罷。大鋮推馬士英以自代。馬士英遂再起。
發表言論
馬士英曾言：“若輩講聲氣耶？雖然，孰予若？予吊張天如（張溥），走千里一月，為經紀其後事也，人誰問死天如也？”他說你們不是講同氣連聲嗎，你們誰能和我比？我為張溥經營後事，一月奔波千里，那會又有誰和我一樣，去這么弔問一個死張溥？儘管張溥是東林巨子、復社創始人，當時東林諸人大多卻都急著和周延儒討論官位，最後一個關係隔了一層的人為他操辦後事。
馬士英與張溥的關係：原因是阮大鋮與張溥交情頗好，崇禎時動用了自己與馮銓的關係，和張溥一起為周延儒復起而奔走，周延儒復出後，阮大鋮要求他舉薦自己，但周延儒迫於和東林——復社一脈有君子協定，不敢起用“逆案”中人，於是和阮大鋮協商，最後阮提出起用好友馬士英，於是馬士英才被起用。馬士英被起用時，尚在戍籍，也就是說他還是個帶罪流放者，當時茫然不知這任命是怎么回事，至事後才知此乃阮大鋮所為，故對阮感激涕零。而他與張溥的關係就此而起，也因此在張溥死後，為了替其經營後事而一月奔波千里，在此事上可略見一斑。
他對隔了一層的張溥尚且如此盡心，對一手造就了他今日富貴的阮大鋮之舉薦恩義，當然無論怎么都必定要報的，所以南明時才會努力使阮大鋮復出。
有人言：“士英一庸才，不過大鋮之傀儡耳！以為執政，猶沐猴而冠也”，這並非事實。
馬士英遍歷封疆，對實務頗有才幹。雖然不是什麼奇才，但在明末士大夫們普遍無能的情況下，還是有相當的手段。劉超在天啟年間以征討安邦彥有功，積官至四川遵義（清朝雍正以前遵義屬四川）總兵官，坐罪免歸，數營復官不得。李自成圍開封府（今河南開封），劉超請募士冠協擊，乃用為保定總兵官，令率兵赴救。超憚不敢行，宿留家中，以私怨殺御史魏景琦等三家，遂據城反。巡撫王漢討之，被殺。崇禎朱由檢命馬士英偕太監盧九德、河南總兵官陳永福進討。公元1643年四月，圍其城，連戰，賊屢挫，築長圍困之。劉超在貴州時，與馬士英相識，緣舊好乞降。士英佯許之，劉超出見，不肯去佩刀。士英笑曰：“若既歸朝，安用此？”手解其刀。已，潛去其親信，遂就縛。獻俘於朝，磔死。時流寇充斥，士英捍禦數有功。
明崇禎十七年(1644年) 三月，李自成進北京，明毅宗朱由檢自縊。南京諸臣倉卒議立新君。馬士英內結宦官韓贊周、勛臣劉孔昭，外約總兵黃得功、劉良佐、高傑、劉澤清等，擁立福王朱由崧於南京，成立了第一個南明政權，即弘光朝。大抵為各黨之救國聯合政府、統一戰線。但以馬士英、阮大鋮等操實權。馬士英任東閣大學士兼都察院右都御史，仍督鳳陽等處軍務。
政治手段
議立新君
在嘉靖朝的“大禮議”和萬曆朝的“爭國本”事件中，東林朝士們孜孜以爭的就是血統親疏和長嫡，所謂的倫序綱常，按照他們的那套理論，福王朱由崧是當然的不二人選。
首先福王朱由崧的父親老福王朱常洵，要比惠王朱常潤、桂王朱常瀛兩藩都居長，而朱由崧又是其長子，和崇禎是同一輩，乃是崇禎的親堂兄，所以無論是論長幼還是依嘉靖繼位的“兄終弟及”先例，他都顯然優於惠、桂二王。
至於潞王朱常淓，不但血緣關係隔了一層，連輩分也要大崇禎一輩，所以怎么看都不太可能輪得到他。
但這個時候相當部分的東林黨人閉口不講嘉靖“大議禮”和萬曆“爭國本”時他們那套被奉為“萬世法”的倫序綱常了，卻開始講起“立賢”來了。
倫序當屬福王
諸大臣慮福王立，或追怨“妖書”及“挺擊”、“移宮”等案；潞王立，則無後患。陰主之者，廢籍禮部侍郎錢謙益，力持其議者兵部侍郎呂大器，而右都御史張慎言、詹事姜曰廣皆然之。前山東按察使僉事雷縯祚、禮部員外郎周鑣往來遊說。
史可法偷偷約見馬士英，在浦口與之密談。
而馬士英也有心要立個大功，於是兩人很快達成了一致意見，秘密商定出一個兩不得罪的折中方案，即放棄福王和潞王，擁立桂王朱常瀛。史可法遂於到達浦口的第二天，寫信回南京，提出了擁立桂王，同時由潞王仿照古兵馬元帥之制暫時統率兵馬的方案。
而盤踞在南京的東林勢力，其實只要不是福王朱由崧繼位，無論選誰都是不會有意見的，所以他們一接到史可法的方案，禮部就馬上準備了各種儀仗，打算出發去廣西接桂王到南京繼位。
史可法當時心裡都是很清楚的，他在與姜曰廣私下商議擁立人選時，先曾對“擁潞”一事表態道：“此兵端也！”同時也表明他心裡其實很清楚，哪怕就是擁立福王繼位，亦無足為患。
擁桂方案
可惜的是，這位握有擁立大權的殘明第一重臣史可法大人，在關係到社稷安危如此重大的政治問題上，表現有些讓人嗟嘆。
在他以上言論泄露之後，“擁潞”諸人氣勢洶洶，輿論大嘩，史可法既不敢表明自己的政治態度，據理力爭，坦言福王倫序當立、“擁潞”或將開肇兵端，也不敢堅持自己的觀點，站出來闡述自己對這一問題的認識，以打消眾人對“擁嫡”的疑懼之心，而是畏首畏尾至於“引避不言矣”，最後竟搞出了一個試圖兩不得罪，不倫不類的“擁桂”方案。
這個“擁桂”方案，一不合倫序綱常，放著崇禎帝的親堂兄弟不立，卻去立崇禎帝的叔叔，雖然大家都是萬曆皇帝所出，但這樣做置天啟、崇禎二帝於何地？置福王於何地？驅之亦或殺之焉？因此其本質和“擁潞”並無太大的區別。
二是極度缺乏操作性，比之“擁潞”都不如。潞王朱常淓好歹和福王一樣，都近在淮安，幾天就可以到南京。而桂王卻遠在數千里之外的廣西，一個來回幾個月總是要的，到時候只怕這位桂王還沒到南京，大順軍或清軍早已兵臨城下了。
在此一事中，史可法自見識和政治手段上看，雖然有所認識，但優柔寡斷顧慮重重，並無一個卓越政治家的決斷和魄力，不敢快刀斬亂麻安定局勢，以至後來不得不出京避禍，空自喪失重整朝廷的大好時機；在確立國君的問題上，一遇阻力和反對，並無仗義執言之勇氣，只求不得罪各方勢力。這比之他老師左光斗，還是有些許差距的。
在鳳陽“擁嫡”成為定局後，馬士英率軍五萬，擁著福王朱由崧浩浩蕩蕩直奔儀真，福王在那裡捎上史可法後往南京而去，馬士英則率大軍駐紮不動。
起用阮大鋮
馬士英起用阮大鋮後，與東林黨人和依附東林的前齊黨高弘圖等多有爭執。弘光元年 (1645)春，建州偽豫親王多鐸率軍南下，五月初，南京陷落，弘光朝廷滅亡。馬士英南走浙江杭州、紹興等地，最後入太湖投長興伯吳日生軍中繼續抗賊，鬥爭失敗後被建州軍於太湖擒殺。一說馬士英遁逃台州後，入四明山削髮為僧，清兵剝其皮，實之以草，極為慘烈，卻被東林稱為“馬瑤草生懷瑤死懷草”。
在南京城破後，清軍統帥多鐸和寧死不降的弘光朝禮部主事黃端伯之間的一段對話頗能反映馬士英的氣節。黃端伯聽說趙之龍、錢謙益等人獻門率眾投降，在城門大書數字“大明禮部儀制司主事黃端伯不降”因而被抓捕。在審問中：
多鐸拍案叱喝：“你認為弘光帝是何種人物，想為他一死？”
黃端伯朗言：“皇帝聖明！”
多鐸問：“馬士英，又怎樣呢？”
黃端伯：“馬士英，忠臣也！”
多鐸又可氣又可笑，問：“馬士英乃大奸臣，何得為忠？”
黃端伯說：“馬士英不降，擁送太后入浙江，當然是忠臣。”他指著已經剃髮易服的趙之龍等人說：“這些人才是不忠不孝之人。”
結局
正史說法：壯烈殉國
馬士英在弘光朝覆滅後，被南明唐、魯兩王勢力拒之門外，馬士英於是盤桓於浙江一帶，期間多次參與反清戰役，直到在江浙一帶最強大的抗清勢力吳日生的部隊兵敗後，馬士英亦遁入空門躲避清廷緝拿，後因叛徒出賣，被清廷抓獲，最終不屈就義。顧誠先生在《南明史》也對馬士英之死有詳盡的記錄描寫：
清實錄記載，順治三年六月二十日，浙閩總督張存任疏報：副將張國勛等進剿太湖逆賊，擒獲偽大學士馬士英、長興伯吳日生、主事倪曼青。捷聞，令斬士英，其有功將士，所司察敘”。蔣良騏《東華錄》卷五，“（順治三年）六月，浙閩總督張存仁疏報：副將張國勛進剿太湖逆賊，長興伯吳日生、主事倪曼青俱被獲，偽大學士馬士英潛遁新昌縣山內，都統漢岱追至台州，馬士英屬下總兵葉承恩等降，並報稱馬士英批剃為僧，即至寺拘獲，並總兵趙體元，令斬之”。······ 馬士英在唐、魯兩政權中幾乎成了過街老鼠，他並沒有因此就轉投清方，而是盡力以抗清的實際行動改變自己過去的不佳形象。清方檔案證明，馬士英曾經多次參加渡錢塘江攻餘杭、富陽以及會攻杭州之役。1646年六月浙東兵敗，馬士英逃入四明山削髮為僧，被俘就義，實屬難能可貴。
各種檔案資料，和當世之人都很清楚知道馬士英被俘就義而死，黃宗羲等人不敢直接否認馬士英之死，而是在《明史》馬士英傳中這樣寫：
“士英與長興伯吳日生俱擒獲，詔俱斬之。事具國史······而野乘載士英遁至台州山寺為僧，為我兵搜獲，大鋮、國安父子先後降。尋唐王走順昌。我大兵至，搜龍扛，得士英、大鋮、國安父子請王出關為內應疏，遂駢斬士英、國安於延平城下。”
注意，馬士英之死明明沒有任何疑問，東林黨人也承認是“事具國史”，卻偏偏加一段“野史”，故意寫馬士英被俘後，大鋮、國安父子投降，暗示馬士英也同時投降了，隨後清廷發現馬士英、阮大鋮、國安父子有通敵文書，於是才將已經投降的馬士英等人殺害。殺害的地點居然是福建延平城（事實上馬士英始終在浙江北部，和福建根本風牛馬不相及）。
東林黨人的流毒也確實有不少人中招，後世一些人人就由此認為馬士英確實是投降被殺，如謝國楨先生在《明清之際黨社運動考》一書直接沿襲投降說，道：“後來士英投降清朝，也被害了。” 且不論馬士英生前到底是不是大奸臣，但是他已經以自己行動為大明朝英勇就義，我們至少連這一點不能否認，就算馬士英再不濟，也不能讓他在殺身成仁做了烈士後仍讓他蒙受不白之冤。
其實為人冤枉的，當時又何止馬士英一人。弘光朝覆滅，大臣殉難的有高卓、張捷、楊維桓等，其中張捷、楊維桓是東林黨人口中所謂逆黨分子，然而二人均在南京城破時自殺殉國。尤其楊維桓，是全家老小一起死節，但是他和馬士英一樣，在闔家死難殉國後竟然被人污衊為殺妾潛逃而遭亂兵毆打致死。
野乘之說：壽終正寢
近些年，有學者根據明末清初諸多稗官野史的記載，考證出馬士英並不如《明史》所載在南明弘光政權滅亡後死於清軍之手，而是隱居存活了二十載，生前最後六年是在江西青雲圃道院同八大山人一同度過的。
馬士英在正史中最後出現是1646年。《明史·馬士英傳》中這樣寫道：“南明弘光朝亡後次年，士英與長興伯吳日生俱擒獲，詔俱斬之。事具國史。”而野史記載，馬士英逃遁出家，後被清兵抓獲降清，但因與明軍暗通關係被殺。死後，馬士英背負奸臣罵名消失在史冊中。
而據馬士英研究權威專家、江西省收藏家協會會長陳江先生認為，馬士英並未變節降清，也未被殺。他的考證是：南明弘光二年至清順治十八年約十有六年間，馬士英息影；清順治十八年隱身南昌青雲圃道院，康熙五年壽終正寢。
此說無疑給馬士英平添了二十多年、在正史野史中不存在的陽壽。這從何說起？陳江先生自言，是在檢閱清初民間戲曲的過程中，發現了馬士英自南明弘光二年至清順治十八年約十六年的蹤跡的。清嘉慶四年華廣生編有《白雪遺音》一書，卷一《馬頭調·太子逃難》、《藏舟》等原劇中寫有“馬瑤草夫妻雙雙來救駕，興起帝王家”的秘史，“瑤草”即馬士英的別字。通過多種材料參校互證，陳江得出了這樣的結論：期間，馬士英亡命贛西新喻，託庇簡氏家族；載有這段秘史的《馬頭調·太子逃難》、《藏舟》等戲曲，突破並顛覆了清初官書野乘對馬士英史料史實的封鎖與禁止，與膾炙人口的《桃花扇》唱起了對台戲。
清順治十八年，一個名叫“馬道人”的人出現在八大山人創建的江西青雲圃道院。清康熙《青雲圃志略·人物》載：“馬道人者……年可六十許，肢體雄偉，鬚眉間，另具一色相。”又清康熙《池北偶談》卷二十五《談異·化鶴》載：“康熙初，忽有偉丈夫襆被來宿，貌甚雄奇……莫測也。”寥寥數句，馬道人竄伏草莽暫棲方外的末路英雄、亂世豪傑的形象躍然紙上。陳江先生將馬道人“諱莫如深”的詩文、偈語，引經據典，以詩、志、史的方式論證這位“馬道人”就是馬士英。他自認為，“此一論證，不僅撲破了明清官史、稗史誣‘馬死’的彌天謊言，亦是管窺馬士英晚年政治立場及思想觀念演變史的璞玉渾金”。
家族
關於貴陽馬士英家族的史料，大多源自明萬曆年間黔宦郭子章所撰《封御史馬騰海公墓志銘》。而清代《貴陽府志》、《黔詩紀略》等地方典籍收錄郭文時，因“諱惡”之故，有意將馬明卿兒子馬士英之名削隱而去。
貴陽馬氏原為淮南儀真（今江蘇省儀征市）人，明初，始祖馬成自儀真從戎入黔（為馬氏入黔一世祖），以功升至指揮使，子孫世襲其職，遂為黔人。六傳至馬福，為昭勇將軍、貴州衛掌印指揮，“握衛符三十年，衛政肅舉，晚辭榮學禪，築精舍鍵戶修持”。馬福長子應龍承襲祖職；次子云龍，字翔高，號騰海，“弱冠，為郡之諸生，每試輒高等，數入棘闈，屢蹶”。馬應龍科場失意後，攜孺人幼子隱居於貴陽城北谷七堡（今修文縣谷堡鎮境內），其“足不履城闉，口不道世故，家藏書充棟，間於理數、堪輿諸帙一涉獵焉”。卒於萬曆辛丑年（1601年）十一月，享年六十四歲，甲辰年（1604年）四月四日安葬於起龍山。雲龍生有五子：長子禹卿，以軍功世襲指揮；次子文卿，隸籍貴州宣慰司，萬曆乙酉（1585年）舉人、壬辰（1592年）進士，官至山西道監御史、巡按廣東；三子明卿，隸籍貴陽府，萬曆戊子（1588年）舉人，官任至晉寧知府；四子漢卿，武職把總；五子鼎卿；六子台卿。
馬雲龍之後，馬氏家族重視文教，子孫科甲蟬聯，由戍邊將門轉變為文人世家，成為黔中顯宦。明萬曆年間，繼馬文卿、馬明卿兄弟之後，馬明卿之子馬士英壬子（1612年）中舉人，己未（1619年）成進士。馬氏一門三舉人、兩進士，榮及里閭。同時，馬氏與貴陽名門望族顧氏、楊氏、越氏互為姻親，禹卿之女壽妹，適鎮遠侯顧成後裔、世襲指揮顧叢新；明卿之女舉妹（馬士英胞妹），適河南巡撫越其傑;文卿之女，適南明兵部侍郎楊龍友；漢卿之子馬士鰲，娶楊師孔之女（楊龍友胞妹）。由此可見，當年馬氏家族在貴陽顯赫地位。
馬士英的二伯父馬文卿，《貴州通志》載：“馬文卿，字瑞符，貴陽人。萬曆壬辰（1592年）進士，選庶吉士，授御史，按東粵。以戇直忤時輩被謫，遂不赴銓補，居鄉數十年，杜門卻掃，絕跡公庭。年八十三卒……”在《明史》王保傳中有“薊三協南營兵，戚繼光所募也。調攻朝鮮撤還，道石門鼓譟，挾增月餉。（王）保誘令赴演武場，擊殺數百人，以反聞。給事中戴士衡、御史汪以時言南兵未嘗反，保縱意擊殺，請遣官按問。巡關御史馬文卿庇保，言南兵大逆有十，尚書石星附會之，遂以定變功進保秩為真，蔭子。”文卿在直隸巡關御史任上，與都督同知王保等督修長城一段，寫有《游紅螺寺》詩一首：“非雲非霧亦非煙，夕噴紅芒焰觸天。山際翠眉呈秀氣，潭中螺髻照靈巔。虹霓林麓光遙度，老蜃樓台影倒懸。百丈峰頭近百斗，錯疑勝地吐龍泉。”後任山西道監察御史，萬曆戊午年（1618年），應貴陽世家許氏之邀為鄉賢許成德墓誌書丹。後又任職廣東巡按御史，文卿重視《廣東通志》的撰修。貴陽甲秀樓建成，黔人思及罷職離黔的貴州巡撫江東之，在樓前為江刻像豎碑，馬文卿撰有《江公堤碑記》。馬謫官回鄉，隱居於林下。
馬士英之父馬明卿，萬曆戊子（1588年）舉人，萬曆二十四年（1596年）選授華陰知縣，辛丑年（1601年）十一月丁父憂回籍守制。居喪屆滿後，以吏才擢升晉寧知府。在任華陰知縣任內卓有政聲，參與《華岳全集》的修訂編輯工作，“訂訛刪蕪，括聚散逸，圖說增飾，釐改典記，曹分類析”，明卿並撰有《重刻華岳全集跋》。後人評述明卿編輯的《華岳全集》為：“可謂詳且盡矣，然務為摭實而略於考核。”
馬士英堂兄馬士升，《貴陽府志》載：“馬士升，字君秀，貴陽人，監察御史文卿之子也。性孤潔，不喜與人結。幼為諸生，旋自棄去，客居陝西某縣山寺中，一榻蕭然，意澹如也。日以篇什自娛。後遇寇，大罵遇害。乾隆中，祀忠義。”《黔詩紀略》采其《時事》詩一首：“時事已如此，杞憂將奈何？可憐蒿作柱，豈止鏡為荷。屏跡青山淺，逢人白眼多。此身無著處，行坐一悲歌。”莫友芝傳證曰：“布衣承祖父之恬退，清風勁節，光耀里閭。而其從昆弟士英乃乾進誤國，黃口亦羞，道之若凂。一家之中而薰猶不同器乃如此！惠蹠耕魋，真不可解也。”
馬士英子女，見諸史籍的有：長子馬鑾，次子馬錫。馬鑾其人，《黔詩紀略後編》補編採錄馬鑾詩二十首，並傳證曰：“鑾字伯和，貴陽人，大學士士英子。國亡後賣卜金陵以死。士英當國，華亭顧在觀為楊龍友所引，入士英幕，嘗言阮大鋮不可用。大鋮欲起鉤黨之獄，在觀說伯和泣諫，賴以稍止，是亦能幹蠱者。”卓爾堪《明遺民詩》錄其詩五十首，並為之傳云：“馬鑾，一作鳴鑾，字伯和，貴州貴陽人。壯時值南都新建，執政紛張，進言不聽，遂絕仕進。及家國破亡，君子亦深諒之。晚年垂簾白下，有《詠美人》三十六絕句，寓意有在。”馬鑾曾隱居於姑熟（今安徽當塗縣）直至天下安定，清康熙二年（1663年）後應江寧織造曹璽之聘回到金陵，擔任曹璽之子曹寅的啟蒙塾師。在曹寅《楝亭詩集》中收錄有《見雁懷馬伯和》、《哭馬伯和先生二首》詩，從詩文中可窺曹馬的師生之誼。馬鑾約生於明萬曆末，卒於康熙十六年以前，以其南都建言和民族氣節為士林所重。馬士英次子馬錫，計六奇《明季南略》曰：“（弘光元年三月）十二乙未，史可法自劾師久無功。馬士英請蔭內官三人，各錦衣千戶世襲。阮大鋮薦馬錫充總兵，仍蒞京營。錫即士英長子，以白衣徑仕。”作者計六奇將馬錫誤作“士英長子”。劉廷錫《廣陽雜記》記錄了其結局：“馬錫，士英子也，為禁軍提督。大兵渡江，梟首於市。”馬士英女婿章爾佩，字靈藥，貴陽人，以孝廉仕澄江太守。“弘光時，身在南京，忽思家而歸，以此得免”。
馬士英的堂妹夫楊龍友，名文驄，號山子，貴陽人。萬曆戊午年（1618年）舉人，詩書畫皆擅，堪稱三絕，著有《山水移》、《洵美堂》詩文集，為明末著名的書畫家。《黔詩紀略》採錄的詩作中有《送馬瑤草北上》、《和馬瑤草挽羽生鴻怨三首》、《寄馬瑤草》，可見楊龍友對當年馬士英寄予厚望。楊龍友歷官華亭教諭、青田知縣。南明馬士英當國，任兵部職方主事，官至右僉都御史。唐王隆武政權成立，任兵部右侍郎。率部與清軍交戰，於仙霞嶺被俘，不降被戮。其子鼎卿及全家三十六人同時殉難。士英胞妹夫越其傑，字自興、卓凡、漢房，貴陽人。萬曆丙午年（1606年）舉人，歷官夔州府同知、霸州兵備副使。弘光政權時，官至河南巡撫，清軍攻入南京時不知所蹤。著有《薊門》、《白門》、《知非草》、《屢非草》等詩文集。衝然（謂馬士英）為《屢非草》作有序文。楊龍友、越其傑二人，因與馬士英姻親之故，亦遭時人詬病。
故鄉遺蹤
馬家橋
民國修《修文縣誌》有：“馬家橋，在城（修文縣城）東十五里，馬騰海建。上倚金鐘山，下跨雞心石流來之水”；“馬文卿祖墓，在城東十五里石安寨右側。文卿，明代官御史”；“馬世英祖墓，在修文中南區第五保石鞍寨右側，有馬世英閣老祖墓一冢。形勢頗佳，鄉人名曰交椅穴”之記載。如今，馬騰海所建之古橋——“馬家橋”早已損毀，但作為一個大地名卻永遠地留存了下來。石鞍寨的“馬文卿祖墓”、“馬士英閣老祖墓”早已難覓蹤跡，詢之當地村民卻一臉茫然。幸有縣誌確載，否則人們連“馬家橋”之來歷都難以道明。馬家橋、石鞍寨原為明代貴州衛屬下谷七堡轄地，即馬雲龍隱居之所，亦為馬氏卜葬家人之“風水寶地”。之後其裔孫遷往貴陽、馬家寺等地定居，馬氏家族在此銷聲匿跡。
馬士英墓
民國修《貴州通志》記載：馬雲龍（馬士英祖父）之墓在貴陽府城南觀風台側。而郭子章所撰馬雲龍墓誌則指明葬地“起龍山”，也許就是貴陽觀風台的前稱。觀風台，明萬曆三十二年（1604年）貴州巡撫畢三才建亭其上，郭子章題亭額曰“觀風”而得名。1928年建無線電台於其上，尚存明代馬福及其子馬雲龍墓。後觀風山麓闢為住宅區，其亭台、古墓等蕩然無存。又據貴陽師專中文系主任劉隆民教授介紹：“在今貴州省老乾中心附近，有兩個名勝，一個是盧濤的半日山莊，另一個就是馬士英墓”。“我曾向馬士英的後代賢偉先生打聽，他也不清楚，只聽說長輩曾去上過墳”，“因馬士英被清軍殺於福建，其棺難於運行千里到貴陽安葬，馬士英墓，無論在貴陽哪裡，都可能只是個衣冠墓”。關於馬士英傳說，如馬士英回鄉至觀風台祭掃祖墓，于山寺中“指認前身”，老貴陽北門城隍廟前，馬士英家人曾居住於此，街道得名“一品坊”等等。
據《貴陽府志》明陳（文學）湯（冔）二馬（廷錫、雲龍）吳（淮）傳中，有“馬文卿……孫羲誥，康熙二十三年（1684年）舉人，官知縣”，《碭山縣誌》歷任知縣中有：“馬羲浩，定番人，舉人，康熙三十七年（1698年）任”。馬羲浩寄學定番州（明清貴陽府所屬州縣之一），任官碭山知縣；《貴陽府志·選舉》舉人表中有：“乾隆三年（1738年）戊午科，貴陽，馬瑹，羲浩孫，官知縣”。四年後，馬瑹高中壬戌科進士。至馬士英之後，貴陽馬氏家族再無與之相埒的達官顯貴，誰也不會去深究傳說的淵源了。
馬家巷
貴陽城內黔靈西路馬家巷，就是馬士英的花園宅第。過去的馬家巷是一條專門前往馬府的死胡同，後來巷子被打通，一頭連著毓秀路，一頭連著黔靈西路。隨著馬氏家族的衰落，馬府風流早被風吹雨打去，主人後裔不知遷徙何地。
馬家寺
馬家寺，即今貴陽市白雲區麥架鎮馬堰村馬堰寨。道光年修《貴陽府志》載：“馬家寺寨，在（貴陽）城北四十里。原名麥架下寨，因萬曆四十年（1612年）馬文卿建寺，更名焉”，“馬家寺，在馬家寺寨後，有將軍殿、金剛台，里人馬文卿兄弟建”。據世居當地的顧懷正老人介紹：馬家寺，也叫馬家祠，是“馬閣老”（謂馬士英）家的祠堂。這個寨子裡，建有家祠的只有顧、馬二姓。當年馬家有名有勢，所以寨子就取名馬家寺。在清鹹同年間太平天國起義時，太平軍入寨，將顧、馬二姓的祠堂放火燒毀了。後來，兩姓人家再無能力修復家祠。寨子後山馬家寺的雕花基石尚有幾塊，還有遺蹟可見。又據自稱“馬閣老”後人的馬尚全家人說，他們的老祖公原來居住在修文馬家橋，馬家寺是馬閣老修建的，家裡的人就從馬家橋遷入此地居住。在反亂年間，馬家幾乎被殺絕。原來的族譜存放於祠堂，祠堂被太平軍放火燒毀時一同毀掉了。寨子附近還有許多老祖墳，也分不清是哪一代老祖公、老祖太的墳，曾有貴陽等地的馬氏人家來這裡上過墳。
故鄉遺蹤 1986年，國家曾到馬堰一帶進行過文物普查，在馬家寺寨（今馬堰村）附近佛牙洞側“石墓墳”發現明清時期立有碑記的馬氏古墓群。其中，有“萬曆丁已（1617年）仲春”、“明誥封太淑人馬母越氏墓”，因碑石風化嚴重，立碑人名無法辨認；一座為無法辨認立碑時間及立碑人的“明誥封太淑人馬母□氏墓”；另一座明墓碑石風化更堪，碑文都無法辨認，相鄰的還有一些難確認的土墳堆。明墓碑石材質為白棉石，系整塊石材雕刻，上仿歇山頂，有瓦檐、門柱，碑面凹進，碑文鐫刻較淺，下仿須彌座束腰，鐫刻有捲雲紋，民間謂之“神龕碑”。其餘碑記格規格大小相近。石墓群中有“嘉慶丁丑年（1817年）八月吉日立”碑的古墓葬三座：其中一座碑記為“高祖勇略將軍伯□馬公墓”，立碑人為“男德元、貞，曾孫履豊、升祀”，碑面刻有“生於明萬曆庚申年十一月九日；卒於清康熙戊□年九月二十一日”兩行小字(“□”為無法辨識文字)，墓石為青石，墓碑則為白棉石。另一座墓為“安仁馬公之墓”、“侄履豊、升祀”。這些明清古墓早已被盜掘，有的碑石殘破，倒置墓前，慘不忍睹。但這些古墓葬可以證明馬氏與貴陽越氏聯姻事實。“明誥封太淑人”為明代三品官員的母親或祖母封號，在明萬曆年間貴陽馬氏家族中，只有御史馬文卿才能達此品級，似與馬文卿有關。“勇略將軍”之封號，也許是南明弘光時馬士英“請蔭內官三人”而獲取之封號，此墓是否馬士英獲得封蔭的其中一子之墓（根據其生卒年之記，疑為馬鑾墓），還有待於貴陽馬士英家族譜的現身，才能確考。
歷史評價
《明史》謂馬士英“為人貪鄙無遠略，復引用大鋮，日事報復，招權罔利，以迄於亡”。顧誠的《南明史》評價馬士英固然不是救時之相，但把他列入《明史·奸臣傳》似乎過重。至於把他同阮大鋮掛在一起稱之為“閹禍”更是無中生有。陳垣《明季滇黔佛教考》云： “弘光閣臣貴陽馬士英，兵敗後，亦削髮入四明山中，為清兵擒戮，事見劉鑾《五石瓠》……老友安順姚大榮先生謂《明史》以士英入《奸臣傳》不當，撰《馬閣老洗冤錄》以駁之，其說允否，自有公論。惟士英實為弘光朝最後奮戰之一人，南京即覆，黃端伯被執不屈，豫王問 ‘馬士英何相？ ’端伯曰 ‘賢相。 ’問 ‘何指奸為賢？ ’曰 ‘不降即賢 ’。諒哉！
歷史上，馬士英的一大污點是出任南明弘光皇朝的宰輔後，重用其同年友阮大鋮，為時論所不容。阮大鋮一朝大權在握，便對諷刺他的復社成員大張韃伐，或拘捕下獄，或肆意殺害，但根據當時的一些歷史資料記載，認為馬士英對阮大鋮的行為是有所限制的，沒有放任阮氏恣意妄為，對江南文士，並非抱敵視態度，對其中一些正直有為之士，有意加以啟用；對復社人士更沒有趕盡殺絕。
《明史》在《奸臣傳》中，將馬士英、阮大鋮二人交錯而寫，造成兩人關係非同尋常的印象。作為正史，不僅不加考證和辨識地採用大量言無實據、似是而非的傳言，而且為世間言南明者必稱馬阮誤國提供了依據。馬士英同阮大鋮，兩人在特定處境之下，結成了詩酒雅集但並非政治同盟的關係。後來，阮大鋮助馬士英復出之說被渲染傳播，而馬又不肯在施政時遷就復社東林黨人，造成“被對立”的局面，馬阮這種關係就被方方面面有意誇大。
貴州省文史館館員張祥光先生則認為，馬士英在弘光政權中，排擠史可法自掌兵權，最後使弘光朝廷滅亡，沒有留下什麼值得肯定的事，結果“身敗名裂”，但“奸臣”這個罪名判得太重了，理由是：馬士英始終在抗清，他並沒有向清朝“投降”，馬士英與史可法等人的矛盾，是南明政權的內部鬥爭，與“奸臣”罪名不應混為一談。
清廷詔修《明史》時，原先的東林復社黨人將馬士英列入奸臣傳。康熙十八年，清廷重開史局纂修明史，特旨以禮敦請劉宗周弟子黃宗羲入史局，黃以老病辭，卻派出了其高足萬斯同、萬言叔侄，其子黃百家入局，而萬斯同則是《明史》的實際總纂。明史纂修過程中，黃宗羲常與明史總裁等人書信往來，從內容到體例，影響明史的修撰。全祖望曾說：“公雖不赴征書，而史局大案，總裁必咨於公。”“至於死忠之籍，猶多確核。”弘光一朝人事，更要特別的關心，因為對馬阮的定位、評價，直接關係到亡國的責任、東林復社的歷史地位兩個大問題。最便捷的解決辦法，就是將馬阮列入奸臣傳，亡國的責任自然就由他們承擔，東林復社留在歷史上的形象，也就永遠是“正人君子”“清流”。黃宗羲開創的“浙東學派”影響極大，三百多年來，沒有人敢為馬士英說一句公道話，更不要說翻案了。民國二十三年（1934年），安順姚大榮先生才寫了一本《馬閣老洗冤錄》，鉛印出版，公開為馬士英翻案。姚大榮是第一個為馬士英鳴冤的人，其膽量雖可佩，但姚大榮出於鄉誼，把馬士英說成完人，遂又走極端。
