歷史沿革
馬元，是取境內馬家灣和元頂山兩地名首字而得名。
解放前是九龍鄉的駐地。
1949年解放後設伏虎、元頂兩鄉。
1953年設馬元區，轄伏虎、金化、元頂、佛孔四鄉。
1955年撤銷馬元區，復設伏虎、佛孔兩鄉。
1958年始建馬元公社。
1968年與曬經鄉合併。
1980年另設曬經公社，仍為馬元公社。
1983年撤公社設馬元鄉。
2014年撤銷馬元鄉設立馬元鎮 。
2015年全鎮經歷年脫貧任有5個貧困村，分別為瓦溝村，馬溝村，沙水村，園丁村。
自然環境
該鎮東至徽縣，西鄰石堡、稍峪，南與曬經、興隆接壤，北依天水秦城、禮縣，可謂地接兩市之處，雞鳴四縣之地，地理位置獨特。平均海拔1800米左右，年降雨量300——400毫米，平均氣溫7.8℃，無霜期170天左右；土壤以山地褐土為主，多系紅砂岩石，水土流失嚴重，黃土覆蓋稀薄，農業基礎較差。該鎮大多數村落沿河坐落，沿馬元河南北分布，故村名大多帶有溝字，全鎮14個行政村70個社2810戶13494人，總勞動力6988人，有耕地面積25820畝，農業產業結構單一，主要以小麥、玉米、洋芋為主，輔種油菜籽、胡麻、蕎麥、藥材等作物。近年來該鄉發展中藥材、林果業，大力推廣花椒核桃產業，地埂核桃在全鄉境內適生區達到了全覆蓋。
行政區劃
全鎮在2006年以前是17個行政村，2006年以後合併為14個行政村70個社，沿馬元河從上而下依次為周富村、鮑河村、王莊村、佛孔村、瓦溝村、北溝村、南溝村、馬灣村、馬溝村、沙水村、金星村、元丁村、老人山村和金泉村。
教育
全鎮有九年制中學一所，五年制國小6所，村級學校5所
