設立的背景和過程
在上個世紀非洲非殖民化過程中，31個非洲國家於1963年5月25日在衣索比亞首都亞的斯亞貝巴舉行的會議上通過了《非洲統一組織憲章》，宣告非洲統一組織（下稱“非統組織”）的成立。為了實現非統組織的目的，成員國應當協調它們的一般政策，特別是在政治外交、經濟、教育文化、健康、衛生與營養、科學技術以及國防和安全領域的合作（《非洲統一組織憲章》第2條）。作為實現其目的的一個組成部分，非統組織國家元首和政府首腦大會於1981年6月28日在肯亞首都奈洛比通過了《非洲人權和民族權憲章》。 該憲章於1986年10月21日開始生效。目前，所有非統組織的53個成員國都是該憲章的締約國。 該憲章的唯一執行機制是在非統組織內部專門設立的非洲人權委員會（下稱“非洲人權委員會”）。該委員會保護人權和民族權的主要機制是第47條至第54條規定的締約國之間的相互指控制度。但是，這種機制在實現《非洲人權和民族權憲章》中確立的人權和民族權方面是非常薄弱的。出於外交關係等多種因素的考慮，國家一般不願意對其他國家嚴重侵犯其本國人權的行為向人權保護機構提出指控。因此，早在該委員會出現的五年時間裡，就不斷出現要求改革該憲章執行機制的呼聲。儘管該委員會在成立之後採取了一些積極的措施，包括引入個人申訴機制， 但是，根據這種機製作出的決定是沒有拘束力的。
在這種情況下，非統組織國家元首和政府首腦大會意識到了該機制的缺陷，在1994年6月在突尼西亞召開的大會上通過了第230號決議，要求非統組織秘書長召集政府專家會議，審查提高非洲人權委員會工作效率的方式，並特別考慮設立一個非洲人權法院的問題。 1995年9月，非統組織秘書長將其準備的一份議定書草案提交給在南非開普敦舉行的首次政府專家會議。1997年4月和12月，第二次和第三次政府專家會議分別在毛利塔尼亞首都努瓦克肖特和衣索比亞首都亞的斯亞貝巴舉行。1997年12月，在非統組織法務部長會議上通過了最後的議定書草案。1998年6月9日，非統組織國家元首和政府首腦高峰會議在布吉納法索首都瓦加杜古最後通過了《議定書》。《議定書》的制定受到了現有的法律檔案的啟發，包括設立歐洲人權法院、美洲人權法院的條約、《國際法院規約》以及國際法委員會《關於設立國際刑事法院的報告》等。 截至2004年7月20日，已經有19個非洲國家批准了該議定書，另有24個國家簽署了該議定書。
基本概況
非洲人權與民族權法院是由非統組織通過條約的形式（《議定書》）而設立的，它將在非統組織內建立（《議定書》第1條）。由於非統組織已經在2002年7月轉變成非洲聯盟（下稱“非盟”） ，因此，非洲人權與民族權法院將在非盟內設立。儘管非盟是受到歐盟的啟發而設立的，但是現在的歐洲人權法院並不是由歐盟設立的，而是由歐洲理事會根據條約的形式（《歐洲人權公約》第11號議定書）而設立的。在這個方面，非洲人權與民族權法院更像美洲人權法院。美洲人權法院是美洲國家組織根據1969年的《美洲人權公約》而在美洲國家組織框架內設立的一個人權機構。
管轄權
根據《議定書》第3條和第4條的規定，非洲人權與民族權法院具有訴訟管轄權和諮詢管轄權兩種形式。這與歐洲人權法院、美洲人權法院相同。就訴訟管轄權而言，《議定書》第5條規定了非洲人權與民族權法院的對人管轄權。非洲人權與民族權法院的對人管轄權又分為兩種形式：強制性管轄權和任擇性管轄權。第5條第1款規定了強制性管轄權。根據該條款的規定，非洲人權委員會、向該委員會提出指控的締約國、在該委員會內被提出指控的締約國、其公民是侵犯人權案件的被害人的國籍國以及非洲的各種政府間組織都有權向非洲人權法院提交案件。而且，根據第5條第2款的規定，對案件具有利害關係的任何締約國都可以向非洲人權法院申請參加訴訟。第5條第3款規定了任擇性管轄權。
根據該條款的規定，在非洲人權委員會中具有觀察員地位的非政府組織 、個人都有權直接向非洲人權法院提起訴訟。之所以是任擇性管轄權，是因為根據《議定書》第34條第6款的規定，在批准該議定書或以後任何時候，該國應當宣布接受非洲人權與民族權法院受理根據該議定書第5條第3款提起的案件。非洲人權與民族權法院不受理關於沒有作出此種聲明的締約國根據第5條第3款提出的任何申請。這樣，只有當該議定書的締約國在批准或以後任何時候宣布接受第5條第3款時，非洲人權與民族權法院才有權受理非政府組織和個人針對該國提起的訴訟。因此，就非政府組織和個人的起訴權而言，非洲人權與民族權法院與歐洲人權法院和美洲人權法院又不一樣。在現在的歐洲人權法院，只要是《歐洲人權公約》的締約國，其公民和非政府組織可以直接向歐洲人權法院提起訴訟。在美洲人權法院，只有《美洲人權公約》的締約國和美洲人權委員會才有權向美洲人權法院提交案件。個人和非政府組織無權向美洲人權法院直接提交案件，也不存在任擇性管轄權的可能。
因此，就個人和非政府組織能否直接向人權法院提交案件而言，非洲人權與民族權法院似乎介於歐洲人權法院和美洲人權法院之間。根據《議定書》第4條的規定，非盟任何成員國、非盟、非盟內的任何機構或任何非盟承認的非洲組織都有權請求非洲人權與民族權法院就與《非洲人權和民族權憲章》或任何其他相關的人權檔案相關的任何法律事項提供意見，只要該事項與非洲人權委員會正在審查的事項沒有關係。這樣，非洲人權與民族權法院的諮詢管轄權範圍顯然要比美洲人權法院和歐洲人權法院的諮詢管轄權範圍廣泛。根據《美洲人權公約》第64條第2款的規定，只有在美洲國家組織成員國的請求下，美洲人權法院才有權對該國任何國內法律同《美洲人權公約》是否一致向該國提供意見。根據《歐洲人權公約》第11號議定書第47條的規定，在部長委員會請求時，歐洲人權法院可以就與《歐洲人權公約》及其各項議定書有關的法律問題提供諮詢意見。
適用法律
就適用的法律而言，《議定書》第7條規定，非洲人權與民族權法院應當適用《非洲人權和民族權憲章》以及有關國家已經批准的任何其他相關的人權檔案。這點可以說是非洲人權法院與歐洲人權法院和美洲人權法院的最大不同之處。歐洲人權法院適用《歐洲人權公約》及其各項議定書。美洲人權法院適用《美洲人權公約》。但是，非洲人權與民族權法院除了適用《非洲人權和民族權憲章》之外，還適用有關國家已經批准的任何其他相關的人權檔案。就案件的可受理性而言，《議定書》第6條第1款規定，在決定根據該議定書第5條第3款提起的案件的可受理性時，非洲人權與民族權法院可以請求非洲人權委員會給出意見，而且還規定，非洲人權委員會應當儘快給出意見。第6條第2款規定，非洲人權法院在裁定案件的可受理性時，應當考慮《非洲人權和民族權憲章》第56條的規定。《非洲人權和民族權憲章》第56條規定了非洲人權委員會受理案件的一些具體標準，包括來信不能是匿名、不得與非統組織發生矛盾、不得用毀謗的語言寫成、不得僅僅以大眾媒介傳播的訊息為依據、已經用盡當地救濟、已經由締約國依據《聯合國憲章》或《非洲統一組織憲章》的原則或依據《非洲人權和民族權憲章》的規定加以解決的案件除外。這些標準同時也成為非洲人權與民族權法院在受理訴訟時應當參照的標準。不過，非洲人權與民族權法院有最終的權力決定自己審理案件或決定將案件轉移給非洲人權委員會來審理。
法院組成
根據《議定書》第11條至第15條的規定，法院將由11位法官組成，他們由非盟成員國選舉產生，每屆任期6年，只可連任一次。只有《議定書》的締約國才有權提出法官候選人。《議定書》的締約各國只可以推薦3位候選法官，其中至少有兩位是其國民，但是正式選出的法官中只能有一位法官來自同一國家。而且，《議定書》的締約國在推薦法官人選時應當考慮性別代表性。非盟的成員國在選舉法官時，也必須考慮法官性別代表性、非洲各個地區的地區代表性以及他們主要的法律傳統的代表性。法官在非盟的國家元首和政府首腦大會通過秘密投票選出。為了保證法院工作的連續性，《議定書》第15條規定，在第一次宣布中選出的4位法官的任期在兩年後到期，另外4位法官的任期則在4年後到期，其餘3位法官的任期則在6年後到期。除法院院長全職外，其他法官是以業餘時間履行職責。院長和副院長在法官之間選舉產生，任期兩年，只可連任一次。根據《議定書》第16條的規定，儘管法官候選人由國家提名，但是以個人身份選舉產生，而且必須從具有最高道德權威和在人權方面具有公認的實踐、司法或學術經歷的法學家中產生。因此，法官並不是國家代表。他們應當不偏不倚和誠信地履行職責。《議定書》第17條規定法官的獨立性受到國際法的保證，他們享有履行職責所必需的外交豁免和特權。為了確保他們道德方面的獨立性，法官不得審理以前曾經以任何身份參加的案件，不得就與其國籍國有關的所有案件出具意見。《議定書》第18條規定了他們的職業道德，法官不得從事任何與其職位要求不相符的活動，也不得從事任何可能影響其獨立性和公正性的活動。在紀律事項方面，《議定書》第19條規定，法官不應被暫停職位或者撤職，除非根據法院其他法官全體一致的決定，該法官被發現不再滿足成為法院法官所需要的條件。法院的這種決定必須是終局的，除非在下一次國家元首和政府首腦大會上被撤銷。與歐洲人權法院不同，非洲人權法院具有單一的結構，不存在法庭和大法庭之分。
訴訟程式
《議定書》第10條規定法院審判案件應當公開進行，除非根據《訴訟規則》的規定，在特殊的案件中可以採用照相機。案件的任何一方當事人有權選擇法律代表進行訴訟。當情形需要時，可以提供無償的法律代表或協助。根據國際法，任何出庭的人、證人或當事人的代表應當獲得必要的保護和便利。審判案件時，至少應當有七位法官進行。根據第26條的規定，法院審理案件應當在正當聽取了各方的意見之後進行。法院可以收集所有其認為適當的證據，無論是口頭的還是書面的。在審判案件時，它可以詢問證人；必要時，還可以展開調查。根據第27條第2款的規定，在案件非常嚴重和緊急並且為了避免對人造成不可彌補的損害時，法院可以採取其認為適當的臨時措施。
法院應當在結束其審議之後90天內作出判決。判決以多數票得出。每位法官有權對法院的多數判決發表不同意見或反對意見。判決必須給出理由，必須公開宣布，並給當事人合理的事先通知。如果法院發現存在違反人權和民族權，它應當發布適當的命令提供救濟，包括支付公正的賠償或補償費用。法院的判決是終局的，不得提出抗訴。但是，法院可以對自己的判決進行解釋，甚至進行複查，但是只能在出現新的證據的情況下才能進行。執行法院的判決基本上是自願的。根據第30條的規定，《議定書》的締約國承諾遵守其作為當事人的判決，保證在法院限定的時間內執行判決。部長委員會負責監督法院判決的執行。在法院向非盟國家元首和政府首腦大會提交的報告中，法院有權指出沒有遵守法院判決的國家的情況。
法官
姓名 國籍 職位 當選時間 任期結束時間
Gerard Niyungeko 蒲隆地 院長 2006 2012
Modibo Tounty Guindo 馬利 副院長 2006 2012
Jean Mutsinzi 盧安達 法官 2006 2012
Fatsah Ouguergouz 阿爾及利亞 法官 2006 2010
Kellelo Justina Masafo-Guni 賴索托 法官 2006 2010
Hamdi Faraj Fanoush 利比亞 法官 2006 2010
El Hadji Guissé 烏干達 法官 2006 2010
Bernard Ngoepe 南非 法官 2006 2008
George W. Kanyeihamba 烏干達 法官 2006 2008
Sophia A.B. Akuffo 加納 法官 2006 2008
Jean Emile Somda 布吉納法索 法官 2006 2008
