同源重組
同源重組也稱一般重組，多發生於兩條DNA鏈的同源區，同源性愈大，重組愈頻繁。
非同源重組
非同源重組又包括位點專一重組和非常規重組。
位點專一重組位點專一重組只需要很少的順序同源性，它發生在兩種DNA的專一位點上，如入噬菌體整合到寄主大腸桿菌的染色體DNA上，就是發生在入- DNA及宿主DNA的特定位點上。
非常規重組非常規重組不是發生在固定位點上，面是發生在任意位點上，兩個DNA分子間可能只有幾個鹼基對的同源性，通常把由於轉位因子引起的缺失、倒位等現象歸於此類。
其他說明
重組的種類繁多，分子機制和過程也很複雜，但DNA鏈的斷裂和重接是最基本的重組機制。由於斷裂後需要填平缺口和重新連線，這就牽涉到DNA的複製合成，所以一些參與DNA複製和修復的酶都可能與重組有關。基因作為遺傳的物質基礎應該是相對穩定的，以保持生物的遺傳性，作為一種生物而繁衍下去，但生物的基因並不是一成不變的，基因重組為生物的變異和生物進化增添了新的內容。
生物進化樹顯示：在低等的大腸桿菌和啤酒酵母中基本上沒有非同源重組；某些高等真菌和原蟲中，同源重組和非同源重組大體各占一半；到了線蟲和果蠅等無脊椎動物中，同源重組在所有重組事件中比例已經很小，而在哺乳動物中這一比例是最小的。
“回歸機制” (fallbackmechanism ) 的理論具有一定權威性。這種機制假定，當染色體DNA發生雙鏈斷裂時，距離中心粒較遠的DNA將在下一個細胞分裂周期中丟失。因此，通過非同源重組將脫落的DNA片斷隨機地連在染色體的任何一個地方，都比讓它們完全丟失更有利。這是一種保持染色體完整性的方法，對動物個體的存在是有利的。
