背景
清軍入關後，面對各地風起雲湧的反清運動，清朝委派的官員束手無策，七月間巡撫方大猷在啟本中說：“今則無百姓、無官、無兵，而總因無餉。雖奉令旨準免三分之一，部臣王鰲永復推廣德意請免新、練二餉。臣又除去荒地，止就成熟者姑征一分。然究竟民無以應也。久已拋棄農業，漸有從賊巢中觀望來歸，而一旦聞有開徵之示，掉臂而返，有以相率從賊為得計者。此開徵兩字求之一百四州縣中不過十數處耳。” 方大猷的啟本說明了山東百姓留戀大順政權的免徵賦稅，才以永昌年號為旗幟奮起抗清，這和當地明朝官紳的動向正好相反。它還清楚地反映了清廷雖然在名義上接管了山東，統治力量卻非常單薄。
過程
在明亡清興的變革之時(這裡主要說甲申年)，占領青州城的鬥爭也相當複雜，古城腥風血雨，經歷非凡。
清光緒《益都縣圖志》載：順治元年春三月“丁未，李自成陷京師，僭尊號。夏旱。李自成遣偽官姚某以五百人鎮青，青人殺之。五月，我大清定鼎京師。六月，遣戶部右侍郎王鰲永招撫山東。秋七月，王鰲永撫定青州郡縣，齎故明衡王朱由棷降書以聞。請蠲免山東錢糧如河北例，從之。冬，流賊餘黨詐降，殺侍郎王鰲永。梅勒章京和托等率師至，討平之。”此志所記基本源自明末清初人毛奇齡作的《馮文毅公年譜》。
1989年2月出版的《青州市志》大事記載：順治元年(1644)“起義軍李自成部將姚某率五百人進駐青州城，被明裨將李士元刺殺。七月，清廷派戶部侍郎王鰲永來青州‘招撫’。冬，農民軍領袖趙應元入城，殺王鰲永，‘封府庫，禁殺略’。與衡王朱由棷商議共同反清。李士元刺殺趙應元，納清兵入城。”
史志記載的時代背景不同，政治傾向不同，但所記大事件是相同的。概括為：這一年之中，明朝的青州(益都縣)被大順的姚某接管，姚某被李士元刺殺；清廷派王鰲永來青州招撫，被起義軍趙應元部所殺；趙應元又被李士元刺殺，清軍入城，青州歸清政府所轄。
甲申年在青州發生的巨變，被稱為“青州之變”。此時間，明青州知府何永清見明朝滅亡，大勢已去，削髮為僧，遁跡石門山寺窟。明朝被推翻，衡王沒了主心骨，只好縮首縮尾，觀察動靜，提心弔膽混天。原青州的守軍渙散失序，無所作為。青州城人心惶惶，六神無主，何去何從，完全由歷史老人導演，演繹了一幕幕激烈的戲劇。
圍繞青州這場輪番爭奪，其中的關鍵角色有姚某、王鰲永、趙應元和李士元等。這幾人猶如閃電，在青州大地上一瞬即逝，有的僅知其姓，有的則見於史籍，他們各有其背景，結果多是一場悲劇。
姚某，其身世不詳(一說名姚應奉)，農民起義軍將領。李自成坐鎮北京以後，派出許多人員，分別到河北、山東等各地占領地盤，出任地方長官，改官名：知府為府尹、知縣為縣令。姚某被派往青州。他以勝利者的身份輕而易舉地來青州任益都縣令(有的文獻提到“偽益都令”)，卻在慶功宴會上被李士元殺死了。姚某為李自成部下將領，是否就是李所派來的益都縣令，還須進一步考證。 據《甲申傳信錄》載，李自成派往各地任縣令者，有一名叫姚文然的人。其人為南直(江蘇)桐城人，癸未(崇禎十六年，即1643年)庶吉士，是位新進士選為庶吉士。但該書中沒有記載姚某是何處縣令，所列中無其他姚姓人員，所以對姚某之名暫且存闕。
王鰲永，字克鞏，山東淄川人，明天啟五年(1625)進士，任襄陽知縣、宣城知縣。崇禎五年(1632)升戶部主事，成績突出，升按察司僉事、都察院僉都御史巡撫鄖陽。甲申之變，李自成在北京令其手下人對明朝的大臣進行“追贓”，多數大臣被追逼，包括大學士陳演等大貪。王鰲永被李自成追贓後委以官職，當清軍擊垮李自成進入北京，遂投降清廷。他以戶部侍郎招撫山東，經德州、濟南至青州。被李自成餘黨趙應元部殺死。
趙應元，傳為淄川城北小趙家莊人(見《孝婦河畔明清名人傳》)。家世習武，一身功夫，曾給同縣人王螯永當過保鏢。王螯永在治鄖陽時，趙應元竟把王鰲永的私密外泄給了張獻忠的部下，被訓斥，因此離王而去。趙出走後加入了李自成的農民起義軍，擔任小頭目。甲申之變中，隨大軍進京。當清兵襲來，軍伍潰散，隻身逃回家。他在周村一帶與楊玉林把此地的兵匪亂軍組織成一支部隊。這年冬，王螯永在青州招撫山東即將大功告成。趙應元以詐降進城，突殺王螯永。孰知，明守備李士元以其人之道，還治其人之身，殺趙應元於青州城北門。趙應元占了青州之後，“封府庫，禁殺戮”有明確的目的。因為當時明朝在江南另立朝廷，仍有半壁江山，青州的衡王還存在，趙應元抱有很大希望。他想聯合衡王，抗清自立，所以採取了一些措施來實現這一目的。趙應元還像王鰲永一樣，派人持符(李自成對官印的改稱)對青州所屬地方進行招撫。結果，清軍大兵壓境，李士元復出，把趙應元送歸黃泉，楊玉林同時被殺。
楊玉林，河北鹽城人，崇禎三年(1630)舉人，崇禎末官陝西潼關兵備道。(見《甲申傳信錄》)李自成攻下潼關，楊玉林投降，進北京後封為戶政府(戶部改名)侍郎。李自成軍潰敗後，楊玉林與趙應元連為一體，抵抗清軍。有的青州文獻把楊玉林寫成了“楊王休”，實為錯誤。
李士元，字小溪，明清直隸通州(今河北通州)人，生卒年代無考。他身材高大魁梧，有臂力，以膽略著稱。自青年參加行伍，積功升為裨將，守備青州。明代政府重文輕武，李士元鬱郁不得志，只是在青州西南山區追捕山莽盜賊，無用武之地。
崇禎十五年(1642)，清八旗軍隊繞過北京，進軍山東，圍攻青州城。李士元負責防守西北段城牆。清軍萬餘人馬駐紮堯山溫家窪。攻城激戰相持了三天，清兵忽然拔寨撤離。明守兵都解除警惕，放心睡覺，惟獨李士元感到蹊蹺，繼續巡城。至夜半，聽到城外有動靜，望外一看，清軍已兵臨城下。李士元大聲疾呼，守城兵士驚醒，一看大事不妙，紛紛走散。李士元大聲疾呼，加以阻止。李士元力大無窮，投放一種名叫“萬人敵”的火炮武器，響如轟雷，燒壞敵軍雲梯，城池巋然不動。清軍只好撤圍，拔營東去。
崇禎十七年(1644)三月，李自成攻陷北京，派遣姚某為益都縣令，帶領500兵馬來到青州。李士元乘姚某在邢尚書宅擺筵席之機，率領數十人闖入，將其刺殺。清朝定鼎北京後，派戶部侍郎王鰲永來青州招撫山東、河南地方。此時，李士元找到末代衡王朱由棷，勸他即位稱帝，挑旗抗清。但朱由棷不敢冒險，甘願聽天由命，投降清朝，遞交了降書。李士元知事不可為，乃棄官，怏怏回到老家。不久，李士元降清，回到山東，帶領部分人馬，在高密一帶參與鎮壓農民起義軍。李自成舊部趙應元，經過一番準備，率起義軍數千人，以詐降進入青州，殺王鰲永。李士元與清兵一起來到青州近郊駐紮，準備攻城。為避免大規模廝殺，李士元欲智取，遂帶領數人入城，假意要與趙應元聯合抗清。趙應元亦仰慕李士元的名聲，未加防備。是夜，趙應元在北門瞻辰樓設宴招待李士元，二人貼肩而坐，很是親熱，甚至要歃血為盟結為兄弟。這時，李士元早已同清兵暗中聯絡，以炮聲為號，裡應外合，殺趙應元。事畢，李士元沒有做官，遁跡故里。此後二十年，有人看到李士元經商為生，做起販賣馬匹的生意。
李士元三全青州城的事跡非常突出，影響很大，青州城北門內建有李將軍祠。時人壽光安致遠的《李將軍全城記略》專門記述了李士元的事跡。
當王鰲永來青州的時候，清廷同時委任韓昭宣為山東參議(縣誌記其順治三年為青州兵備道)，張文衡為青州知府。在謀殺趙應元的過程中，韓、張二人俱為參與者。為剿滅趙應元，八旗將領和托率大軍圍困了青州城，列陣以待。李士元計除趙應元，沒大動干戈，而為青州之變劃上了句號。
衡府之變
青州之變必然涉及到衡王府，這是其明朝宗室的地位所決定的。
衡王在青州共傳六世七王，他們是：恭王朱佑楎、莊王朱厚燆、康王朱載圭、安王朱載封、定王朱翊鑊、憲王朱常氵庶和朱由棷。
朱由棷(？—1645)，末代衡王。這位衡王在位期間，風波艱難最多，結局至慘。崇禎十五年(1642)冬至次年春，清兵入山東，數次圍攻青州。在青州保衛戰中，衡王曾起過積極作用。史料記載：“逆虜大眾攻青，官兵奮勇堵殺，仰仗憲威，力保藩封。……衡藩親臨城頭，前後斬獲功級將士，逐名給賞花紅，大張鼓樂，勸勇懲怯，眾皆踴躍，人人有殺賊之志。……藩王念切維城，多方鼓勵，與世子暨臣督率道府廳縣，宿城防禦；會移督鎮將領，城下列營，各分信堵防。”
朱由棷在危難時機，還能挺身而出，動員將士，親臨城頭，抵禦敵兵，因為當時還是明朝的天下，有朝廷和明朝軍隊為後盾。在這次戰鬥中，指揮黃垣戰死，守備李士元有勇有謀，身先士卒奮勇抗敵，保住了城池。此次虛驚過後，崇禎帝念及宗室之情，派出了劉澤清等四支隊伍來青州作四圍防護。孰料，這些軍隊紀律渙散，欺略百姓，不亞於土匪，清軍鐵騎再至，他們潰逃不迭了。
崇禎十七年(1644)，李自成率起義軍攻進北京，派姚某為益都縣令。不久，清軍又把李自成擊敗而占領北京，派王鰲永至青州進行招撫。衡王府是北方惟一沒有損傷元氣的親藩，財力雄厚，若因勢乘時，自可做出一番轟轟烈烈的事業。青州守將李士元曾勸告衡王自立，抗擊清兵，但被朱由棷拒絕。不久，朱由棷便向清朝廷使臣王鰲永遞了投降表。此後，農民軍將領趙應元、楊玉林又帶兵殺王鰲永，占領青州，招兵買馬，抗擊清兵。他們也想扶持衡王朱由棷登基，事又不成。李士元又殺趙應元，清軍入青州城，自此青州歸清朝統治。
朱由棷為典型的末代王爺的形象。他為啥前期還能指揮抗清保城而在甲申之變中成了懦夫呢？關鍵是大明王朝的存在與否。為啥李士元、趙應元對他的勸說無效呢？答案是，朱由棷對他們都信不過，人微言輕，李、趙只是一介武夫而已。江南的南明小朝廷，是由一部分明朝大臣擁戴而立的，當然，其條件截然不同。甲申之變，朱由棷對李自成所派縣令沒有反抗，更不敢反抗已經強盛的清朝軍隊。
清順治二年(1645)正月，衡王朱由棷奏請入覲，清廷命候旨來朝。十一月，清廷命登萊巡撫楊聲遠督發衡王及至親眷屬起程，送往北京。次年五月，清朝廷借謀反為名，殺衡王朱由棷等明宗室11人。清廷處死衡王后，隨即命令將青州衡王府的其他郡王拿送至京。這些人到北京後，再無後話。正是：管弦已散城西水，劍佩難招地下魂。
據有關資料記載和民間傳說，在甲申年前後，衡府宗人有的潛逃各方。明朝建國後，分封若干藩王，隨著時間的推移，王府人口越來越多。明末，王室的物資供應已經匱乏，大部分宗人度日艱難。甲申年之前，就已有自謀生路的；甲申年，明朝滅亡，李自成的人占了青州，有的郡王、將軍、都尉和宗人感到天翻地覆，大膽的便瞅機會外逃了。以後陸續有潛逃者。順治末、康熙初的查抄衡王府，也有逃者。總之，外逃者畢竟是少數的幸運者。潛逃的衡府宗人，開始隱姓埋名，找偏僻之地落戶。康熙初，朝廷詔復明室朱姓，衡王府後裔的朱和睦還考中了舉人。
結果
青州事件發生後，在省會濟南的清山東巡撫方大猷惶惶不安，他手頭只有兵馬六百多人，防守省城還不夠，只好請求清廷發“真滿洲官兵一萬，星夜南馳”。 清廷得報知道事態嚴重，派梅勒章京和託、李率泰領兵趕赴山東。十月初六日，和託、李率泰部到達濟南，初八日前往青州。 早已降清的明青州守備李士元獻計智取，他同清廷委任的青州道韓昭宣 等官紳暗中勾結，進入青州城內充當說客。李士元對趙應元威脅利誘，勸他轉投清方，由巡撫上疏清廷解釋青州之變“只以總督虐民誅之，其餘不戮一人，今復以全城歸命天子，則通侯之賞可立至矣”。趙應元果然受騙，帶了甲士數百名出城同清將和託等會面，雙方鑽刀歃血對天起誓。當天晚上，趙應元在府城北門的瞻辰樓設筵，大張酒樂。清軍按李士元等約定的計畫，伏兵城外。席間炮聲突發，李士元、韓昭宣和隨從當場擊殺趙應元、楊王休，趙軍大亂。清軍擁入城中，格殺招降餘黨，青州的反清事件遂告失敗。
