電子保函是擔保人以電子化文檔為介質通過計算機網路向受益人開立的具有法律效力的擔保憑證。電子保函一般由投保人通過計算機網路向保證人發出申請，保證人以替被擔保人提供保證為目的，利用電子化文檔通過計算機網路為媒介，向受益人開立具有法律效力的電子信用擔保憑證。
電子保函是資訊時代的產物，同紙質保函一樣，由銀行、保險公司、擔保公司或其他擔保人應投保人的請求，向受益人開立的一種電子化擔保憑證，保證在申請人未能按雙方協定履行其責任或義務時，由擔保人代其履行一定金額、一定時限範圍內的某種支付或經濟賠償責任。
電子保函是一種電子商務或信用服務工具，相關業務必須遵守《中華人民共和國契約法》、《中華人民共和國擔保法》、《中華人民共和國電子簽名法》以及電子商務有關法律法規的規定，遵循PKI體系的數字簽名系統和數字證書技術標準和規範。通過擔保機構企業數字證書為受益人簽發的具有擔保機構電子簽名的電子保函，可以保證電子保函的真實性、防偽性、不可篡改性和不可抵賴性，與紙質保函具有同等的法律效力，同時可以進行第三方電子保函存證備案，具有高效、快捷、保密、全生命周期低成本、可信賴的優點。
海關總署是國內較早推廣使用電子保函的政府部門，率先明確規定了電子保函業務，並成功地與金融機構合作開展了電子保函服務，開展在京津冀、長江經濟帶和廣東地區區域通關一體化改革，在區域內海關推動電子保函“一關備案、區域通用”改革試點，打破關區界限，降低通關成本，促進貿易便利化。
