初步審核
自2006年7月5日開始，中共中央紀委會同有關部門，對反映上海市勞動和社會保障局違規運營社保基金問題進行調查。在調查中發現，時任中共中央政治局委員、上海市委書記的陳良宇涉嫌嚴重違紀。
2006年8月24日，中共中央政治局常委會議作出了對陳良宇有關問題進行初核的決定。中央紀委隨即組織力量進行了初核。
立案調查
2006年9月24日，中共中央政治局召開會議，審議了中共中央紀律檢查委員會《關於陳良宇同志有關問題初核情況的報告》。
根據調查的情況，陳良宇同志涉及上海市勞動和社會保障局違規使用社保資金、為一些不法企業主謀取利益、袒護有嚴重違紀違法問題的身邊工作人員、利用職務上的便利為親屬謀取不正當利益等嚴重違紀問題，造成了惡劣的政治影響。
中央決定，依據《中國共產黨章程》和《中國共產黨紀律檢查機關案件檢查工作條例》的有關規定，由中共中央紀律檢查委員會對陳良宇同志的問題立案檢查，免去陳良宇同志上海市委書記、常委、委員職務，停止其擔任的中央政治局委員、中央委員職務。
中央認為，對陳良宇同志嚴重違紀問題的查處，充分表明我們黨加強黨風廉政建設和反腐敗的堅強決心和鮮明態度，不論是誰，不論其職務多高，只要觸犯黨紀國法，都要受到嚴肅追究和嚴厲懲處。
中央強調，廣大黨員幹部特別是領導幹部一定要進一步認識反腐敗鬥爭的長期性、複雜性、艱巨性，牢固樹立正確的世界觀、人生觀、價值觀和權力觀、地位觀、利益觀，常修為政之德、常思貪慾之害、常懷律己之心，真正經受住權力、金錢、美色的考驗。各級黨組織要切實加強對黨員幹部特別是領導幹部的教育和管理，加強制度建設和體制創新，加強對權力運行的制約和監督，毫不動搖地推進黨風廉政建設和反腐敗工作。
中央相信，在以胡錦濤同志為總書記的黨中央堅強領導下，經過全黨同志和廣大人民民眾不懈努力，一定能夠有效遏制腐敗現象的滋生蔓延、促進黨風和社會風氣的根本好轉，一定能夠把中國特色社會主義偉大事業不斷推向前進。
會議通報
2006年9月25日上午，上海市召開黨員領導幹部大會，宣布中央關於市委主要領導調整的決定，通報陳良宇嚴重違紀問題。受中央委派，中共中央政治局委員、中央書記處書記、中央組織部部長賀國強出席會議並作重要講話。他強調，中央對陳良宇問題的查處和對上海市委主要領導的調整，充分表明了我們黨加強黨風廉政建設和反腐敗的堅強決心和鮮明態度，充分表明了中央對上海工作的高度重視。廣大幹部特別是黨員領導幹部要認真學習鄧小平理論、“三個代表”重要思想和黨中央關於黨風廉政建設與反腐敗工作的一系列重要論述，牢固樹立馬克思主義的世界觀、人生觀、價值觀和正確的權力觀、地位觀、利益觀，自覺維護和嚴格執行黨的紀律。
中共上海市委代理書記、市長韓正主持會議，傳達中共中央《通報》並講話。
賀國強指出，陳良宇身上發生的問題充分說明，在改革開放和發展社會主義市場經濟的條件下，黨員領導幹部自覺抵禦腐朽思想侵蝕、提高拒腐防變能力的極端重要性。各級黨組織必須始終堅持黨要管黨、從嚴治黨的方針，毫不動搖地推進黨風廉政建設和反腐敗工作，加快建立健全懲治和預防腐敗體系。要進一步加強領導班子和幹部隊伍建設，加強對領導幹部行使權力的監督，有效防止腐敗。要嚴格依法依紀，堅決懲處少數腐敗分子，又要教育和挽救犯錯誤的同志。要認真總結經驗教訓，舉一反三，建立健全各項制度，剷除腐敗現象滋生蔓延的土壤和條件。
賀國強指出，中央決定韓正代理上海市委書記職務，是對韓正本人的信任，對上海市委班子的信任，也是對上海廣大幹部的信任。改革開放以來，上海各項工作取得了顯著成績，中央對此是充分肯定的，上海的幹部隊伍是好的。這次上海市委主要領導的調整，各方面十分關注，要採取有力措施，加強思想政治工作，堅持正確的輿論導向，教育和引導廣大幹部民眾把思想統一到中央精神上來。全市各級黨組織和廣大幹部民眾要高舉鄧小平理論和“三個代表”重要思想偉大旗幟，全面落實科學發展觀，緊密團結在以胡錦濤同志為總書記的黨中央周圍，倍加顧全大局，倍加珍惜團結，倍加維護穩定，不辜負中央的期望，把上海的改革開放和現代化建設事業繼續推向前進。
韓正在主持會議時指出，上海市委、市政府堅決擁護中央的決定。我們要從政治和全局的高度，深刻認識中央決定的重大意義，更加緊密地團結在以胡錦濤同志為總書記的黨中央周圍，高舉鄧小平理論和“三個代表”重要思想偉大旗幟，認真貫徹落實科學發展觀，帶領全市廣大幹部民眾，把中央的要求貫徹到上海改革發展穩定的各項工作中，決不辜負黨中央、國務院對上海的殷切期望，決不辜負老領導為上海打下的堅實基礎，決不辜負全市人民的重託。
韓正說，中央決定由我代理上海市委書記，深感擔子很重，責任重大。我一定不負重託，不辱使命，團結帶領市委、市政府一班人，緊緊依靠全市廣大幹部民眾，切實維護上海的穩定，保持發展的良好勢頭。多年來，歷屆市委、市政府及老領導為上海的工作打下了堅實基礎，樹立了良好的風氣，也培養了一支好的幹部隊伍。當前上海正處在關鍵時期，做好當前工作，確保上海的穩定和發展，尤為重要。
韓正強調，要把全市廣大黨員幹部的思想認識統一到中央精神上來，與黨中央在政治上、思想上保持高度一致。各級領導幹部要進一步加強思想政治工作，理直氣壯地講上海的大好形勢，理直氣壯地講團結、穩定、和諧，理直氣壯地講深入開展反腐敗鬥爭，堅定不移地推進黨風廉政建設。要全力以赴保穩定。穩定是發展的前提，是廣大人民民眾的共同利益所在。我們要增強憂患意識和責任意識，深入基層、深入民眾，密切跟蹤研究出現的新情況、新問題，協調好、解決好各方的利益關係，切實解決好人民民眾最關心、最直接、最現實的利益問題，確保上海的穩定。要集中精力抓發展。各級領導幹部要堅持發展是黨執政興國的第一要務，把主要精力集中到抓發展上，咬住目標不放鬆，狠抓工作不鬆勁，繼續堅決貫徹中央巨觀調控政策措施，深入實施科教興市主戰略，全力推進“四個中心”建設，努力實現“四個率先”的要求，繼續保持上海經濟社會健康協調平穩發展的良好勢頭。
中共中央組織部副部長李建華，市領導龔學平、蔣以任、劉雲耕、羅世謙、殷一璀、王安順、馮國勤、周禹鵬、范德官、王仲偉、姜斯憲、杜家毫等出席會議。
罷免代表
2007年7月24日，上海市第十二屆人大常委會召開第三十七次會議，依照選舉法的有關規定，決定罷免陳良宇第十屆全國人大代表職務。此前，上海市黃浦區第三屆人大常委會已依法罷免陳良宇上海市第十二屆人大代表職務。在隨後舉行的十屆全國人大常委會第二十九次會議上，陳良宇的全國人大代表資格被依法終止。
開除公職
2007年7月26日，中共中央政治局會議審議了中央紀委《關於陳良宇嚴重違紀問題的審查報告》，根據章程和中國共產黨紀律處分條例的有關規定，決定給予陳良宇開除黨籍處分，待召開中央委員會全體會議時予以追認；根據公務員法的有關規定，決定給予陳良宇開除公職處分；對陳良宇涉嫌犯罪問題移送司法機關依法處理。
開除黨籍
2007年10月9日至12日舉行的中共第十六屆中央委員會第七次全體會議，審議並通過了《中共中央紀律檢查委員會關於陳良宇問題的審查報告》，確認中央政治局此前作出的給予陳良宇開除黨籍的處分。
案件審理
天津市第二中級人民法院認為，陳良宇犯受賄罪，數額特別巨大；犯濫用職權罪，致使公共財產、國家和人民利益遭受重大損失，情節特別嚴重。鑒於其對於所犯受賄罪有悔罪表現，能夠退繳全部贓款，可對其酌情從輕處罰，遂依法判處有期徒刑18年，沒收個人財產人民幣30萬元。
在陳良宇一案中，高子程與陳良宇打了一個漂亮的“配合戰”：高子程負責將無罪和罪輕的理由辯得充分和徹底，而陳則要保留一個好態度。
在法庭辯論階段，控辯雙方就陳良宇弟弟倒賣土地的問題上，陳良宇該不該承擔刑事責任展開激烈辯論。高子程和公訴方在第三輪辯論中爭論得非常激烈，無罪的理由已經闡述得非常清楚，快要結束的時候，陳良宇突然打斷說，‘你們不要爭了，在這個問題上我是有責任的。"
這是兩人提前商量好的策略。結果非常理想，法官肯定了“陳良宇在整個庭審過程中，認罪態度很好，回答問題實事求是”，天津市二中院的一審判決因此撤銷了玩忽職守罪，僅認定受賄罪、濫用職權罪兩項罪名，判處陳良宇有期徒刑18年。
犯罪事實
1988年至2006年，陳良宇利用擔任上海市黃浦區區長，上海市副市長、市長，中共上海市委副書記、書記的職務便利，為上海新黃浦（集團）公司、上海申花足球俱樂部等單位在拆遷補償、獲得財政補貼款、解決樓盤閒置問題等方面謀取利益，索取或收受有關單位和個人財物總計折合人民幣239萬餘元。案發後，陳良宇動員其親屬退繳全部贓款。
2002年，陳良宇在擔任上海市代理市長、市長期間，違反有關程式規定，擅自決定上海市城市建設投資開發總公司持有的上海路橋發展股份有限公司的股許可權期轉讓給福禧投資控股有限公司，導致該股權價值未按規定進行評估而被低價轉讓，給國家造成直接經濟損失3.2億餘元。
2002年至2003年，陳良宇在擔任上海市市長、中共上海市委書記期間，明知其弟陳良軍不具備土地開發的資質和條件，為徇私情同意有關部門違規為陳良軍徵用土地，導致537畝土地被徵用，其中183畝系由耕地轉為建設用地。陳良軍最終違規獲得354畝土地使用權，給國家造成直接經濟損失3441萬餘元。後陳良軍將其獲得的土地使用權變相倒賣，非法獲利1.18億元。
2004年，陳良宇在擔任中共上海市委書記期間，違反規定，幫助某公司從上海市勞動和社會保障局融資，致使10億元社會保險基金被違規動用而置於巨大的風險之中。
