生於越南山西省，1953-1954年先後在法屬摩洛哥馬喀什航空學校和法國高級空軍學校受訓，1954年起在法國空軍任飛行員，同年回國。歷任南越空軍運輸飛行團團長和新山空軍基地司令，1956年赴美國空軍指揮與參謀學院深造，1958年回國在南越空軍司令部任職，1958年任第43運輸聯合飛行隊指揮官，和台灣國民黨搞 “南星計畫”，進行對北越的滲透，空投特種部隊等行動，1963年任空軍司令，1965年同少壯派軍人一起發動政變，推翻吳庭艷文官政府，自任戰時內閣總理，以鐵腕統治而著稱。他的經典名言就是：“我看誰不順眼，就可以一槍崩了他。”阮高其的兩年總理生涯是在動盪不安中度過的。1967年，他開始擔任美國操縱下的副總統，一直到1971年。1975年逃亡美國，並於加州定居，他在當地經營雜貨店。1986年任南越軍人海外總協會指導委員會第一副主席。2004年，阮高祺到訪越南，是自越戰後首名踏足越南的前南越政治人物，成為了報章頭條。但他自己對此次回鄉顯得非常低調，儘量避開過去不談，只是說他很遺憾越南在1954年被外國勢力所瓜分，從而使北部和南部陷入21年的內戰，同胞自相殘殺的結果是300萬人被奪去了生命。阮高其的回歸在越南國家媒體上幾乎未掀起什麼波瀾，普通民眾的心態也同樣平靜。在這個國家裡，一半以上的人口是在戰後出生的。對他們來說，阮高其只是個歷史人物而已。上了歲數的人則抱有寬容的態度。一個59歲的男子說：“我還清楚記得他血腥殘暴的樣子，他的雙手沾滿了越南人的鮮血。但這么多年過去了，他和其他的遊客沒什麼兩樣。” 2005年初偕同妻子再度訪越，在政府領導及海外越橋主辦的接待會表示有意回到越南定居，又表示會盡力為越南吸引更多投資。不過，一些反對者認為阮高祺此舉是出賣了自己。2011年7月23日病逝於馬來西亞吉隆坡的一家醫院，享年八十歲。
阮高祺在年青時也喜歡新潮打扮，紫色領巾及香菸成為了他的標誌。他曾結婚三次，並有最少6名子女。阮高祺的女兒阮高祺娫（Nguyễn Cao Kỳ Duyên）在海外越僑娛樂圈中也頗為知名，她曾在多個音樂節目中擔任司儀。
