適用條件
29號文規定，房地產開發企業按規定對開發項目進行土地增值稅清算後，在向稅務機關申請辦理註銷稅務登記時，如註銷當年彙算清繳出現虧損，可按規定的辦法進行退稅，即適用的必要條件是註銷當年彙算清繳出現虧損。
29號文第三條又規定，企業按規定對開發項目進行土地增值稅清算後，在向稅務機關申請辦理註銷稅務登記時，如註銷當年彙算清繳出現虧損，但土地增值稅清算當年未出現虧損，或儘管土地增值稅清算當年出現虧損，但在註銷之前年度已按稅法規定彌補完畢的，不執行本公告。上述條款規定了兩種情況不適用本法：
第一，註銷當年彙算清繳出現虧損，但土地增值稅清算當年未出現虧損，也就是說註銷當年彙算清繳出現虧損，但其虧損與申請註銷的納稅人對其開發項目進行清算而補繳繳納土地增值稅沒有關係，則不適用本法。
第二，儘管土地增值稅清算當年出現虧損，但在註銷之前年度已按稅法規定彌補完畢的，也就是說由於土地增值稅清算當年出現虧損，但該虧損已經被註銷之年應納稅所得彌補，也不適用本法。
適用方式
（一）開發各年度應分攤土地增值稅的計算
29號文根據配比原則來計算開發各年度應分攤土地增值稅。企業整個項目繳納的土地增值稅總額，按照項目開發各年度實現的項目銷售收入占整個項目銷售收入總額的比例，在項目開發各年度進行分攤，具體公式計算：各年度應分攤的土地增值稅=土地增值稅總額×（項目年度銷售收入÷整個項目銷售收入總額），其中，銷售收入包括視同銷售房地產的收入，但不包括企業銷售的增值額未超過扣除項目金額20%的普通標準住宅的銷售收入。由於銷售的增值額未超過扣除項目金額20%的普通標準住宅土地增值稅免徵，因此，對應的銷售普通標準住宅的銷售收入，不作為分配清算應繳的土地增值稅的權數。
（二）開發各年度退稅或補稅額的計算
29號文採用追溯調整法重新計算開發各年度應納稅所得額，即項目開發各年度應分攤的土地增值稅減去該年度已經稅前扣除的土地增值稅後，餘額屬於當年應補充扣除的土地增值稅。也就是項目開發各年度應分攤的土地增值稅與對應年度已經稅前扣除的土地增值稅差額調整當年應納稅所得額。上述調整存在以下三種情況：
1、項目開發各年度應分攤的土地增值稅減去該年度已經稅前扣除的土地增值稅後，餘額屬於當年應補充扣除的土地增值稅；企業應調整當年度的應納稅所得額，並按規定計算當年度應退的企業所得稅稅款；
2、當年度已繳納的企業所得稅稅款不足退稅的，應作為虧損向以後年度結轉，並調整以後年度的應納稅所得額。?
3、企業對項目進行土地增值稅清算的當年，由於按照上述方法進行土地增值稅分攤調整後，導致當年度應納稅所得額出現正數的，應按規定計算繳納企業所得稅。?
此外，企業按上述方法計算的累計退稅額，不得超過其在項目開發各年度累計實際繳納的企業所得稅。
