長潭河侗族鄉元朝屬東鄉五路軍民府，明朝屬東鄉安撫司轄，清乾隆元年（公元1736年）之後屬宣恩縣東鄉里。
1949年11月，屬獅長區轄，1953年設定長潭河區。1951年3月屬第三區。1958年10月，全縣實行人民公社建制，改稱東方紅人民公社。1959年1月，改稱為長潭人民公社。
1984年，撤銷人民公社、管理區、生產大隊、生產隊建制，設定區、鄉、村、組建制。撤銷長潭河、會口、中間河3個人民公社，合併設立長潭河區，原管理區改為鄉（鎮），轄長潭鎮、中間河鄉、大臥龍鄉、諾西鄉、會口鄉、苦草坪鄉、洗馬坪鄉等11個鄉鎮。
1986年7月，經省人民政府批准，設立會口侗族鄉（原會口鄉管轄範圍）。
1995年10月，經州委、州政府批准，將長潭河區分為長潭河區、會口區。長潭河區轄長潭河鎮、中間河鄉、大臥龍鄉、諾西鄉、東鄉鄉。會口區轄會口侗族鄉、洗馬坪鄉。
1996年12月，經省政府批准，撤區建鄉，將原來的鄉（鎮）改稱為管理區，屬鄉管轄。會口區更名為會口侗族鄉，轄會口、洗馬坪2個管理區，長潭河區更名為長潭河鄉，轄長潭、東鄉、諾西、中間河、大臥龍5個管理區。
1997年1月，經省政府批准，將長潭河的中間河、大臥龍、諾西3個管理區劃出，設定中間河鎮。
2001年3月，經省政府批准，將長潭河鄉、會口侗族鄉、中間河鎮合併，成立長潭河侗族鄉。
