錦州醫科大學研究生教育工作始於1979年，首先與中國醫科大學聯合培養碩士研究生，1984年成為全國第二批擁有碩士學位授予權的高等院校之一，1999年獲得具有同等學力人員申請碩士學位授予權資格，2003年經教育部批准開始與中國醫科大學聯合培養博士研究生。三十多年來，在上級領導的大力支持和學校黨委的正確領導下，在學校各部門的支持配合下，經過全體研究生指導教師和研究生管理工作人員的辛勤努力，錦醫的研究生教育工作取得長足進步，教育規模逐步擴大，教育水平不斷提高。
現有基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、藥學、生物學、公共衛生與預防醫學、食品科學與工程和護理學一級學科碩士學位授權點8個；二級學科碩士學位授權點59個；臨床醫學、口腔醫學、藥學、護理學和獸醫學專業學位授予點5個；聯辦博士點1個。形成以醫學為主體的圍繞醫學各領域理學、工學、法學、哲學、農學各學科全方位協調發展的學科體系。現有在校研究生2208人，碩士研究生指導教師900餘名。
臨床教學方面，有遼寧醫學院附屬第一醫院、口腔醫學院（原附屬二院）和附屬第三醫院三所直屬教學醫院；北京武警總醫院、第二炮兵總醫院、解放軍總醫院第一附屬醫院、北京空軍總醫院、北京航天中心醫院、天津武警後勤學院附屬醫院、上海市奉賢區中心醫院、瀋陽軍區總醫院、濟南軍區總醫院、解放軍第二○二醫院、解放軍第四六三醫院、瀋陽奧新全民口腔醫院和錦州市中心醫院等多家校外研究生培養基地，搭建高水平科研平台。
錦醫研究生培養本著教書育人的理念，注重研究生思想道德培養和個人能力培養，切實加強導師隊伍建設及導師對研究生培養的引領作用，關心學生全面健康發展。抓好學生黨支部建設，採取科學有效的學生管理模式，開展豐富多彩的學生課餘活動，促進學生全面健康發展。
研究生學院成立至今，已有28屆碩士畢業生。隨著研究生培養質量的逐步提高，畢業生總體素質也在提升，在全國各省地級醫療衛生單位和企事業單位就業後，受到了用人單位的好評。儘管每年的就業形勢不同，畢業生就業壓力逐年增加，但是我院畢業生仍然保持著良好的就業前景。
在未來，遼醫學位與研究生教育將堅持以人為本，以質量為本的原則，繼承“勤儉攻堅” 的遼醫精神，根據社會發展和現代化建設對高層次人才培養的需要，規劃研究生教育發展的宏偉藍圖，為遼西地區醫療事業發展，為國家醫藥衛生事業發展培養和造就更多優秀的全面發展、素質過硬且具有創新才能的醫學專業人才。
