時鄱陽湖為贛北門戶,一向以水運為主,有人想招引洋人以輪船代替帆船運輸,他怕外權內侵,終沒採用。
光緒十七年(1891),江南發生蝗蟲災害,兩江總督劉坤一委他購賑谷二十萬石,他節省糧價及運費四萬餘兩,獲朝廷嘉勉。後又奉命令他賑捐順直水災,籌解陝甘協餉,加按察使銜,賞戴花翎,曾三署江西按察使職。鄧蓉鏡以政績卓著,奉旨以應升之缺開列在前,升缺後賞頭品頂戴,又以前任國史館勞績加二品銜。他為官二十餘年,以儉自處。他幾次請求終養,未獲批准。光緒十九年冬,因母喪歸家,不再仕宦,後主持廣雅書院四年。光緒二十六年,粵督李鴻章命他總辦全省團練,積勞成疾而逝,卒年69歲。著有《續國朝先正事略》、《知止堂隨筆》、《誦芬堂詩文稿》、《東莞志稿》等。