宇宙背景
雖然《超神學院》有著重度科學幻想的元素，但是，仍然堅持以霍金宇宙為綱，也就是目前人類認知的宇宙觀為主，而不介入其他科幻作品的世界觀，比如多維世界等。也就是說，時間線是不可逆的，主生物文明皆生活在同一個維度。而宇宙則被視為一個巨大的星系樹，樹狀結構下，各個文明坐落在不同的星系。
文明分類
主生物文明
也就是在同一個維度互相認知理解的文明，地球屬於主生物文明。在這個層面上，設定了最高階層的文明為3個：神河文明、天使文明、和暗世界。
在這個設定上，最高文明可以跨越巨大星系，並對整個宇宙星系樹有非常直觀的掌握，可以通過最高科技相互穿越；擁有最高的永恆能源系統，即恆星能源，以及諸多如反物質能源、暗能量等，並且開啟了生命的永恆時代。顯然，單純的星球、行星，已經無法捆綁這樣的文明，他們的生活方式以及存在方式，都屬於星雲級別。
也就是說，他們的世界屬於：神河星雲、天使星雲、黑暗星雲。
此後，天使星雲的高階天使莫甘娜叛逃，並建立了與天使星雲相當的惡魔星雲。
次生物文明
未被主生物定義甚至發現的未知領域。
無論主生物文明如何發展，始終會遇到更強大的不可抗力；在主生物科技下，無法逾越。簡單的說，宇宙容不下最高智慧。智慧突破不了宇宙，便無法理解。他們將其定義為終極恐懼，也就是智慧無法逾越的障礙。在終極恐懼狀態下，所有一切認知都可能是完全錯誤的。比如說，我們科技的發展，探索到了宇宙的邊緣；當文明的智慧向邊緣探索時，就會發現，無論何種科技理論，以及過去數十萬年積累的知識，都無法定義宇宙邊緣，但它卻存在。於是，必然仍然有一種文明所未能了解的知識能破解這一切，破解連最高智慧都無法穿透的一切。而黑暗星雲的最高智慧者——死神卡爾，將其定義為終極虛空。而這個世界的知識必將全面超越已知智慧。
可是有很多蛛絲馬跡都表達了，虛空確實存在，並且存在虛空級別的文明。
就好像，天使星雲的文明發展了10萬年，當她們自認為到了智慧的頂端並可以永恆時，不可否認她們不能是第一個這樣的文明，宇宙誕生了137億年，即便往前走100億年，也可能出現相當的文明，他們永恆並傳承到當代；可是，我們卻完全發現不了，最高智慧的天使也發現不了。即便能將整個宇宙樹完美交通並解算的神河文明大時鐘，也無法捕捉到更古老文明的存在。
這是不符合宇宙邏輯的。
那么如果存在，它們就一定不是主流生物，甚至更多的可能，它們以某種宇宙概念存在。
於是，終極恐懼，就成了最高智慧者所真正恐懼的東西。
但是，諸多智者在繼續的研究中，發現了基因密碼最終仍然不過是一段概念數據。雖然這個數據量非常龐大，但他們可以被記錄被保存被重新創造出來。
天使文明的神聖凱莎最先領悟到超級基因密碼，並且將其運用在了為數不多的天使戰士和自己身上。這就是最終的永恆，密碼可以被散布在宇宙的任何地方，只要有當量的能量和物質，就可以再生。
但是，這屬於文明的終極機密；無論凱莎，還是天使族的任何人，都沒有對外公布過這種科技。也就是說，外界並不清楚天使的所謂永恆，到底源自何處。
同樣，卡爾和基蘭也早早地解密了這層技術，但基蘭實際上走的比較慢，只能把最高技術延用在三個神身上。卡爾則研究更多。
那么，當一個神僅僅只是以一個數據，甚至一段信息存在時，或許整個宇宙框架就可以改寫，時代就可以過渡到虛空時代（假設虛空的概念是正確的）。那么，飄忽在宇宙的信息生命，或許就是虛空生命。而認識宇宙的方式，則將完全不同。
而基蘭也不再以有機生命的形式存在，他已經開始潛入虛空邊緣，探索新的宇宙。他給宇宙留下的信息，則是超神學院：超越神。當然，每個時代對超神學院的解讀都不同：在冷兵器時代，叫人定勝天；工業時代，叫民主自由；在當代，叫人權至上；在宇航時代，叫突破智慧；在造神時代，叫超越神權。
天使文明的神權主義
每一個文明都會經歷無數次災難，從隕石落地，到火山爆發，到戰爭瘟疫，接著迎來了核科技、核戰、生化戰、人文衰退、行星隕落，
太陽枯竭、超新星爆發等等。終有一個文明能支撐到最後，他們生活在恆星遺蹟，宇宙星雲中。
當文明的最終形態下，高等生命的數量已經非常稀少，而資源高度集中；以至於最後，資源集中得最多的那位，被選舉為文明的最高執事，也就是被稱之為神的時候；那么，這個神，就應該是最權威、最公正並且最客觀的存在，即是神的旨意。因為這個神是由文明的最高智慧選舉出來的。
簡單地理解，一個1億人口的國家，需要一個1000人組成的議會團，但是一個只有1000人的國家，或許只需要數十人的領導層，甚至只有1個領導者。但這1000人擁有了宇宙的最高智慧，所以他們選擇的領導者必定是最高智慧的擁有者。實際上，他只要判斷1000人的是非曲直。
然而，或許他治下仍然還有其他的低等文明，最高智慧者對低等文明的認識和理解，必然超越了低等文明的任何人。那么，這位最高智者即是神神，所做出的判斷，必將是最公正併合乎文明發展邏輯的，此乃神的旨意。
這就是神聖凱莎的神權主義。神可以判斷並決議對低等文明的任何事情，如果這位神有興趣的話。而凱莎擁有自己的理念，文明的理念，即正義戰勝邪惡，天使懲戒惡魔。
凱莎以這個理念作為準則，向全宇宙的所有文明傳播並用以做文明進步的精神指導，但不直接介入文明的管理。而天使的美麗和聖潔往往是低等文明瘋狂信仰的動力。
天使文明實際擁有的天使數量並不多，大約只有數萬名天使。而其中高等天使往往就是其他低等文明信仰的神。
神的概念
超神學院的基本設計框架，是假設當文明已經發展到了瓶頸，最後產生的超級智慧生命，他們會超越我們對科技的理解，對宇航的嚮往，對未知宇宙的探索，而進化到一種難以理解的狀態，即神。
文明的發展，在核前時代，生命蓬勃發展；但是核戰爆發，文明的生命最終被大量抹殺，剩下來的生命將更頑強更強大。但文明的進程也將隨之改變，生命開始不再以繁衍為主題，更多的是對人類脆弱生命的思考和探索。
與其發動國家資源去建設龐大的星際戰艦，不如把所有餘力集中起來研究如何抵禦下一次核戰爭，甚至其他文明的毀滅式入侵。
科技朝著超級基因的方向發展下去。
生命之於宇宙的意義，不應該只是生老病死，生生不息；更多美好的事物，是生命更追求更嚮往的。
當數百千萬年的研究慢慢展開後，人類的壽命漸漸得以延展，智慧漸漸提高，精神漸漸升華；最後，人們會發現，生育率越來越低，人口越來越少。人們已經不再思考30歲生孩子，相反，他們可能1000年後才開始考慮後代的問題。而資源越來越集中，醫療、能源、食物都要為保障一個活著的生命1000年甚至1萬年的需求。他們能受得住太陽風的衝擊卻同樣要覓食當量的能量。在核輻射下，他們維持生存靠的是補充相當的能源。這都會造就，文明到了最後，生命實際越來越少，但越來越強。
甚至更多的生命在探索其他星系的時候早早地離開，都讓文明最終走向衰亡，以及同樣還有比超新星爆炸更可怕的宇宙災難。
於是，神不知不覺誕生了。
只有神，才具備真正探索宇宙的能力。因為他們可能接近永恆，有足夠的時間，或許他們的基因能應對各種宇宙災難，甚至能去到更多凡人去不了的地方；並且不必駕駛需要數萬人在裡頭生生死死的星際戰艦，一個人就能完成所有的事情，以及傳播自己文明的故事和信仰。
目前，我們地球探索不到外星生命的跡象，不是因為它們沒有，而是因為，宇航時代根本只是一個星際探索的啟蒙，它們甚至靠光速移動也離不開自己的小小星系。只有進化到造神時代，才真正步入宇宙。我們地球探索不到宇宙飛船，遺蹟等等。因為他們不是開著飛船探索宇宙，他們是神。當你覺得外星人不存在，神不存在的時候，你的生命里，你的智慧里出現了正義這個概念；是因為她們，神聖天使曾經來過。
這就是超神宇宙。
神河編年史
30000年前，神的搖籃，神河文明被終極恐懼吞噬。於是，最後剩下的時光神，帶著宇宙最高智慧的大時鐘，開始漫遊宇宙。
25000年前，基蘭發展了德諾文明，並建立了超神學院。
20000年前，基蘭來到了天使文明，並在天使文明創立了超神學院。
17000年前，凱莎執政天使文明，大天使涼冰與大天使凱莎產生意識形態分歧，並將超神學院逐出天使城。涼冰也隨即離開天使文明，利用超神學院的最高智慧建立了惡魔文明。
14000年前，第一次天使與惡魔的戰爭爆發。
13000年前，卡爾離開超神學院，建立黑暗文明。
11000年前，德諾星系戰爭爆發，超神學院高級文明內戰，以德諾星系毀滅，烈陽星元氣大傷為結局。
6000年前，第二次天使與惡魔的戰爭爆發，天使戰敗。
4000年前，第三次天使與惡魔的戰爭爆發，惡魔戰敗。
2000年前，第四次天使與惡魔的戰爭爆發，對地球造成了影響，惡魔戰敗。
地球2014年，卡爾幫助涼冰逃入銀河系地球。
2015年，涼冰（即莫甘娜）在地球與卡爾一起，利用超神學院的最高毀滅者——太陽之光，一舉將凱莎徹底摧毀， 同時超神學院雄兵連總指揮杜卡奧被狙擊，基地巨俠號被消滅，雄兵連被打散。
2016年在葛小倫在洛陽製造雄芯，恢復部分通訊，最終在北之星葛小倫、劉闖、帝蕾娜等雄兵連成員勝利會師，雄兵連重新組隊。
